| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 102238 = | 191 (1.000) | 10 (0.060) | 8/142 | NT | 5.6% | intergenic (+224/+131) | gltR/USA300HOU_RS00485 | HTH‑type transcriptional regulator GltR/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 102291 = | 169 (1.000) | intergenic (+277/+78) | gltR/USA300HOU_RS00485 | HTH‑type transcriptional regulator GltR/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
AATTGCGGGCATTCATTTTCAAAATAGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCT > USA300TCH1516_ALE/102148‑102328 | atctcacaatgaaagtacagatttaaagttattattatcaacattagaaaacagactaaaataatttatctgaacttattaataataaaga < 2:375284‑M1/1‑1 (MQ=255)atctcacaatgaaagtacagatttaaagttattattatcaacattagaaaacagactaaaataatttatctgaacttattaataataaaga > 1:1753466‑M1/91‑91 (MQ=255) aTTGCGGGCATTCATTTTCAAAATAGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTaa > 1:3048102/1‑91 (MQ=255) ttGCGGGCATTCATTTTCAAAATAGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAAc < 2:1110531/91‑1 (MQ=255) ttGCGGGCATTCATTTTCAAAATAGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAAc < 2:2976157/91‑1 (MQ=255) ttGCGGGCATTCATTTTCAAAATAGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAAc > 2:801819/1‑91 (MQ=255) ctcacaatgaaagtacagatttaaagttattattatcaacattagaaaacagactaaaataatttatctgaacttattaataataaagAAc > 2:3408599‑M1/89‑91 (MQ=255) ctcacaatgaaagtacagatttaaagttattattatcaacattagaaaacagactaaaataatttatctgaacttattaataataaagAAc > 2:2888886‑M1/89‑91 (MQ=255) ctcacaatgaaagtacagatttaaagttattatcatcaacattagaaaacagactaaaataatttatctgaacttattaataataaagAAc > 1:3172113‑M1/89‑91 (MQ=255) gCGGGCATTCATTTTCAAAATAGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCt > 1:647498/1‑91 (MQ=255) cacaatgaaagtacagatttaaagttattattatcaacattagaaaacagactaaaataatttatctgaacttattaataataaagAACCt > 1:531130‑M1/87‑91 (MQ=255) cGGGCATTCATTTTCAAAATAGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTg < 2:1607281/91‑1 (MQ=255) cGGGCATTCATTTTCAAAATAGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTg > 2:1379664/1‑91 (MQ=255) acaatgaaagtacagatttaaagttattattatcaacattagaaaacagactaaaataatttatctgaacttattaataataaagAACCTg > 2:1833982‑M1/86‑91 (MQ=255) acaatgaaagtacagatttaaagttattattatcaacattagaaaacagactaaaataatttatctgaacttattaataataaagAACCTg < 1:1187389‑M1/6‑1 (MQ=255) gggCATTCATTTTCAAAATAGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGc < 1:727586/91‑1 (MQ=255) gggCATTCATTTTCAAAATAGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGc > 2:2729230/1‑91 (MQ=255) ggCATTCATTTTCAAAATAGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCt > 1:1270392/1‑91 (MQ=255) ggCATTCATTTTCAAAATAGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCt < 1:478807/91‑1 (MQ=255) ggCATTCATTTTCAAAATAGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCt > 1:1079058/1‑91 (MQ=255) aatgaaagtacagatttaaagttattattatcaacattagaaaacagactaaaataatttatctgaacttattaataataaagAACCTGCt < 2:2136236‑M1/8‑1 (MQ=255) gCATTCATTTTCAAAATAGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTa > 1:2465498/1‑91 (MQ=255) gCATTCATTTTCAAAATAGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTa > 1:2877473/1‑91 (MQ=255) cattcattTTCAAAATAGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTaa < 1:1357537/91‑1 (MQ=255) ttcattTTCAAAATAGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAAt < 2:1544497/91‑1 (MQ=255) ttcattTTCAAAATAGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAAt < 2:2583823/91‑1 (MQ=255) ttCAAAATAGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAg > 2:578876/1‑91 (MQ=255) cAAAATAGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCt < 2:3231283/91‑1 (MQ=255) cAAAATAGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCt < 2:42075/91‑1 (MQ=255) cAAAATAGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCt > 1:1797433/1‑91 (MQ=255) aaaTAGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTa < 1:3146353/91‑1 (MQ=255) aaaTAGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTa > 2:1902878/1‑91 (MQ=255) aaaTAGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTa > 1:2745215/1‑91 (MQ=255) aTAGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATg > 1:3373912/1‑91 (MQ=255) aTAGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATg < 2:3182242/91‑1 (MQ=255) aGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTa > 2:2626884/1‑91 (MQ=255) gTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTAt < 1:3837738/91‑1 (MQ=255) aaGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTAtttt > 1:1559949/1‑91 (MQ=255) aGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTa > 2:845472/1‑91 (MQ=255) aGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTa < 2:3779013/91‑1 (MQ=255) gAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTaa < 1:1665059/91‑1 (MQ=255) tttAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATa < 2:2662199/91‑1 (MQ=255) tAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGc > 1:375284/1‑91 (MQ=255) aaTAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCt < 1:3228360/91‑1 (MQ=255) aGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTc < 1:2055175/91‑1 (MQ=255) gATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCa > 1:1056983/1‑91 (MQ=255) gATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCa < 2:951104/91‑1 (MQ=255) tGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATc < 1:818709/91‑1 (MQ=255) gAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCt < 2:2282933/91‑1 (MQ=255) aaaaCCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTa < 2:3048102/91‑1 (MQ=255) aaCCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGc > 2:3209758/1‑91 (MQ=255) aaCCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGc < 1:1381456/91‑1 (MQ=255) aaCCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATCTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGc > 2:3608072/1‑91 (MQ=255) aCCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCa < 1:3422709/91‑1 (MQ=255) ccTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAg < 1:788498/91‑1 (MQ=255) ccTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAg > 2:3528590/1‑91 (MQ=255) cTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAgg > 1:1302182/1‑91 (MQ=255) tttGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGt > 2:2671172/1‑91 (MQ=255) cagactaaaataatttatctgaacttattaataataaagAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGt > 2:571753‑M1/40‑91 (MQ=255) ttGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGtt < 1:2362193/91‑1 (MQ=255) ttGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGtt > 2:1187389/1‑91 (MQ=255) agactaaaataatttatctgaacttattaataataaagAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGtt > 1:2986156‑M1/39‑91 (MQ=255) tGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTc > 1:544453/1‑91 (MQ=255) gAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCt > 1:894027/1‑91 (MQ=255) gAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCt < 2:2911233/91‑1 (MQ=255) aTCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCttt > 1:1414579/1‑91 (MQ=255) cATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTttat < 1:2500861/91‑1 (MQ=255) aTACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTttatt > 1:3561442/1‑91 (MQ=255) aTACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTttatt > 1:765077/1‑91 (MQ=255) aCTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTttattat > 1:2652587/1‑91 (MQ=255) cTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTttattatt < 1:2254654/91‑1 (MQ=255) cTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTttattatt < 2:1668493/91‑1 (MQ=255) aatttatctgaacttattaataataaagAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTttattatt > 2:693597‑M1/29‑91 (MQ=255) tagttagtATGGATTGATTAATATATTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTttattatta < 2:3597844/91‑1 (MQ=255) agttagtATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATtaa < 1:3085137/91‑1 (MQ=255) ttagtATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATtaata > 1:258185/1‑91 (MQ=255) ttagtATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATtaata < 1:1902878/91‑1 (MQ=255) ttagtATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATtaata < 2:1797433/91‑1 (MQ=255) 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ttgattAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATa < 2:1876507/91‑1 (MQ=255) tgattAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATaa < 2:3275012/91‑1 (MQ=255) gattAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATaaa > 1:970618/1‑91 (MQ=255) ttAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAatt > 2:1729584/1‑91 (MQ=255) tAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAatta > 2:1405496/1‑91 (MQ=255) atatTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAattatt > 1:1024333/1‑91 (MQ=255) atatTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAattatt > 1:3596948/1‑91 (MQ=255) tatTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTAttt < 2:3637676/91‑1 (MQ=255) atTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTAtttt < 2:454539/91‑1 (MQ=255) ttttAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTa > 2:1858068/1‑91 (MQ=255) tttAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAg < 1:576836/91‑1 (MQ=255) tttAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAg < 2:2801626/91‑1 (MQ=255) ttAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGt > 1:1124569/1‑91 (MQ=255) ttAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGt < 2:87215/91‑1 (MQ=255) | AATTGCGGGCATTCATTTTCAAAATAGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCT > USA300TCH1516_ALE/102148‑102328 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |