| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 102238 = | 191 (1.000) | 10 (0.060) | 8/142 | NT | 5.6% | intergenic (+224/+131) | gltR/USA300HOU_RS00485 | HTH‑type transcriptional regulator GltR/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 102291 = | 169 (1.000) | intergenic (+277/+78) | gltR/USA300HOU_RS00485 | HTH‑type transcriptional regulator GltR/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
TGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGTTTTCTAATGTTGATAATAATAACTTTAAATCTGTACTTTCATTGTGAGATA > USA300TCH1516_ALE/102201‑102381 | tGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTc > 1:544453/1‑91 (MQ=255)gactaaaataatttatctgaacttattaataataaagAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTc > 1:790476‑M1/38‑91 (MQ=255) aaTCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCtt < 1:835599/91‑1 (MQ=255) taaaataatttatctgaacttattaataataaagAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCttt > 2:533132‑M1/35‑91 (MQ=255) aTCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCttt > 2:2355750/1‑91 (MQ=255) cATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTttat < 1:2500861/91‑1 (MQ=255) aTACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTttatt > 1:2426517/1‑91 (MQ=255) aTACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTttatt > 1:764911/1‑91 (MQ=255) aCTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTttattat > 1:2652587/1‑91 (MQ=255) cTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTttattatt < 2:1668493/91‑1 (MQ=255) tagttagtATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTttattatta < 1:519544/91‑1 (MQ=255) taactagtATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTttattatta > 1:2833048/5‑91 (MQ=255) agttagtATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATtaa < 1:216031/91‑1 (MQ=255) agttagtATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATtaa < 2:2658693/91‑1 (MQ=255) ttagtATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATtaata < 2:1797433/91‑1 (MQ=255) agtATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAg > 1:3229206/1‑91 (MQ=255) agtATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAg > 2:3573144/1‑91 (MQ=255) agtATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAg < 1:578876/91‑1 (MQ=255) tATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGtt < 1:3047545/91‑1 (MQ=255) tATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGtt > 1:3789460/1‑91 (MQ=255) tATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGtt > 2:2514448/1‑91 (MQ=255) tGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCa < 1:1912243/91‑1 (MQ=255) ggATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAg > 2:631397/1‑91 (MQ=255) ggATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAg > 2:1732214/1‑91 (MQ=255) attgattAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGAt > 1:2984318/1‑91 (MQ=255) ttgattAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATa < 2:1876353/91‑1 (MQ=255) tgattAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATaa < 1:1272387/91‑1 (MQ=255) gattAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATaaa > 1:970618/1‑91 (MQ=255) aataataaagaacctgctagatgacagctatttaaaatacataagctactcatttagcaggttCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAatt > 2:693597‑M2/64‑91 (MQ=255) tAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAatta < 2:2841119/91‑1 (MQ=255) tAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAatta > 2:1405496/1‑91 (MQ=255) tAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAatta < 2:1852455/91‑1 (MQ=255) tAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAatta > 1:2268127/1‑91 (MQ=255) aaTATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAattat > 2:323647/1‑91 (MQ=255) atatTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAattatt > 2:297571/1‑91 (MQ=255) atatTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAattatt > 2:403965/1‑91 (MQ=255) atatTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAattatt > 1:1024333/1‑91 (MQ=255) tatTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTAttt < 2:3286295/91‑1 (MQ=255) tttAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAg < 2:1109748/91‑1 (MQ=255) ttAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGt > 2:3319444/1‑91 (MQ=255) ttAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGt < 2:87215/91‑1 (MQ=255) AACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCt < 1:3190959‑M1/91‑1 (MQ=255) AACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCt > 1:3312865‑M1/1‑91 (MQ=255) AACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCt < 2:1266397‑M1/91‑1 (MQ=255) acctgctagatgacagctatttaaaatacataagctactcatttagcaggttCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTg > 2:572075‑M2/53‑91 (MQ=255) acctgctagatgacagctatttaaaatacataagctactcatttagcaggttCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTg > 1:1142856‑M2/53‑91 (MQ=255) ACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTg < 1:1420623‑M1/91‑1 (MQ=255) CCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGt < 1:45152‑M1/91‑1 (MQ=255) CCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATCATTTTCGTCTGt < 1:1714420‑M1/91‑1 (MQ=255) CCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTAGTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGt < 1:173665‑M1/91‑1 (MQ=255) TGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGttt < 2:3441085‑M1/91‑1 (MQ=255) GCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGtttt < 2:2173824‑M1/91‑1 (MQ=255) GCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGtttt > 1:2903554‑M1/1‑91 (MQ=255) CTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGTTTTc > 2:1406212‑M1/1‑91 (MQ=255) CTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGTTTTc > 2:1496704‑M1/1‑91 (MQ=255) CTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGTTTTc > 2:764911‑M1/1‑91 (MQ=255) CTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGTTTTc > 2:2426517‑M1/1‑91 (MQ=255) TAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGTTTTCt < 2:3864194‑M1/91‑1 (MQ=255) aTGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGTTTTCTAAt > 2:461080/1‑91 (MQ=255) tGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGTTTTCTAATg < 2:3665564/91‑1 (MQ=255) gaggagCTTATGTATTTTAAATAGCAGTCATCTAGCAGGTTCTGTATTATGAATAAGTTCAGATAACTTATCTTAGTCTGTTTTCTAATGt > 2:3801813/1‑91 (MQ=255) aGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTATTTTAGTCTGTTTTCTAATGtt > 1:3529071/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |