| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 161003 = | 186 (0.980) | 18 (0.120) | 10/124 | NT | 12.3% | intergenic (+17/+114) | deoB/phnE_1 | Phosphopentomutase/Phosphate‑import permease protein PhnE |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 161059 = | 113 (0.770) | intergenic (+73/+58) | deoB/phnE_1 | Phosphopentomutase/Phosphate‑import permease protein PhnE | |||||
ATCAGGATACTCCTAAATAAGAAGTCCTACCGTCTTACGTTTCTCTATTATAATAAAAACAGCAGTGAAGAAAACTATTGTTATAGTTAACTTCACTGCTGTTTTTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/161110‑161003‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cttcactgctgtttttatTATAATAGAGAAACGTAAGACGGTAGGACTTCTTATTTAGGAGTATCCTGATTTAATGTTAAACAATACGTTTTCGGATTGAACCGGAAA > USA300TCH1516_ALE/161059‑161148 ATCAGGATACTCCTAAATAAGAAGTCCTACCGTCTTACGTTTCTCTATTATAATAAAAACAGCAGTGAAGAAAACTATTGTTATAGTTAAC < 2:909645/91‑1ATCAGGATACTCCTAAATAAGAAGTCCTACCGTCTTACGTTTCTCTATTATAATAAAAACAGCAGTGAAGAAAACTATTGTTATAGTTAAC > 1:2262236/1‑91ATCAGGATACTCCTAAATAAGAAGTCCTACCGTCTTACGTTTCTCTATTATAATAAAAACAGCAGTGAAGAAAACTATTGTTATAGTTAAC < 2:910179/91‑1ATCAGGATACTCCTAAATAAGAAGGCCTACCGTCTTACGTTTCTCTATTATAATAAAAACAGCAGTGAAGAAAACTATTGTTATAGTTAAC < 2:909702/91‑1 TCAGGATACTCCTAAATAAGAAGTCCTACCGTCTTACGTTTCTCTATTATAATAAAAACAGCAGTGAAGAAAACTATTGTTATAGTTAACT > 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TAAATAAGAAGTCCTACCGTCTTACGTTTCTCTATTATAATAAAAACAGCAGTGAAGAAAACTATTGTTATAGTTAACTTCACTGCTGTTT > 2:3131212/1‑91 TAAATAAGAAGTCCTACCGTCTTACGTTTCTCTATTATAATAAAAACAGCAGTGAAGAAAACTATTGTTATAGTTAACTTCACTGCTGTTT < 1:1397424/91‑1 AAATAAGAAGTCCTACCGTCTTACGTTTCTCTATTATAATAAAAACAGCAGTGAAGAGAACTATTGTTATAGTTAACTTCGCTGCTGTTTT < 1:20600/91‑1 AAATAAGAAGTCCTACCGTCTTACGTTTCTCTATTATAATAAAAACAGCAGTGAAGAAAACTATTGTTATAGTTAACTTCACTGCTGTTTT < 1:20524/91‑1 AAATAAGAAGTCCTACCGTCTTACGTTTCTCTATTATAATAAAAACAGCAGTGAAGAAAACTATTGTTATAGTTAACTTCACTGCTGTTTT < 2:1752535/91‑1 AAATAAGAAGTCCTACCGTCTTACGTTTCTCTATTATAATAAAAACAGCAGTGAAGAAAACTATTGTTATAGTTAACTTCACTGCTGTTTT > 2:379091/1‑91 AAATAAGAAGTCCTACCGTCTTACGTTTCTCTATTATAATAAAAACAGCAGTGAAGAAAACTATTGTTATAGTTAACTTCACTGCTGTTTT < 1:3163301/91‑1 TAAGAAGTCCTACCGTCTTACGTTTCTCTATTATAATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACTATAACAATAGTTTTCTTCACTGCTGTTTTTAT < 2:3759665/91‑1 CTATTATAATAAAAACAGCAGTGAAGAAAACTATTGTTATAGTTAACTTCACTGCTGTTTTTATAATAATAGAGAAACGTAAGACGGTAGG > 1:738337/1‑91 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ATCAGGATACTCCTAAATAAGAAGTCCTACCGTCTTACGTTTCTCTATTATAATAAAAACAGCAGTGAAGAAAACTATTGTTATAGTTAACTTCACTGCTGTTTTTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/161110‑161003‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cttcactgctgtttttatTATAATAGAGAAACGTAAGACGGTAGGACTTCTTATTTAGGAGTATCCTGATTTAATGTTAAACAATACGTTTTCGGATTGAACCGGAAA > USA300TCH1516_ALE/161059‑161148 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |