| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 161003 = | 186 (0.980) | 18 (0.120) | 10/124 | NT | 12.3% | intergenic (+17/+114) | deoB/phnE_1 | Phosphopentomutase/Phosphate‑import permease protein PhnE |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 161059 = | 113 (0.770) | intergenic (+73/+58) | deoB/phnE_1 | Phosphopentomutase/Phosphate‑import permease protein PhnE | |||||
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
GTGCAACTATAGCAGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACTATAACAATAGTTTTCTTCACTGCTGTTTTTATTATAATAGAGAAACGTAAGACGGTAGGACTTCTTA > USA300TCH1516_ALE/160913‑161093 | tttccggttcaatccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataa > 1:3764744‑M1/91‑91 (MQ=255)gTGCAACTATAGCAGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGAtatta < 1:1290372/91‑1 (MQ=255)gTGCAACTATAGCAGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGAtatta > 1:431338/1‑91 (MQ=255) tGCAACTATAGCAGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGAtattat > 2:912377/1‑91 (MQ=255) tGCAACTATAGCAGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGAtattat > 1:3121639/1‑91 (MQ=255) tccggttcaatccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataata < 2:786686‑M1/3‑1 (MQ=255) tccggttcaatccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataata < 1:308120‑M1/3‑1 (MQ=255) tccggttcaatccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataata > 1:3807918‑M1/89‑91 (MQ=255) tccggttcaatccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataata < 1:1809075‑M1/3‑1 (MQ=255) gCAACTATAGCAGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTACAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATtata > 2:3480793/1‑91 (MQ=255) cggttcaatccgaaaacgtattgtttaacattagatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataATaaa > 1:3173789‑M1/87‑91 (MQ=255) ggttcaatccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataATaaaa > 1:244034‑M1/86‑91 (MQ=255) ggttcaatccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataATaaaa > 1:3003987‑M1/86‑91 (MQ=255) aCTATAGCAGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATaaaa > 2:2177263/1‑91 (MQ=255) 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caatccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataATAAAAAcag > 2:856971‑M1/82‑91 (MQ=255) caatccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataATAAAAAcag > 2:1126517‑M1/82‑91 (MQ=255) tccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataATAAAAAcagcag > 1:2680212‑M1/79‑91 (MQ=255) tccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataATAAAAAcagcag < 1:339983‑M1/13‑1 (MQ=255) cAGATAATTTCAACGTCACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAAcagcag < 2:2972398/91‑1 (MQ=255) cAGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAAcagcag > 2:621629/1‑91 (MQ=255) aGATCATTTCAACGTAACATTACCAGCGTACGGTAAAAGTTATTTAAAGCAATTGAAACAGAATAACTTTAGAGATTATAAACAcagcagg > 2:3820052/1‑90 (MQ=255) gATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTg < 2:1586417/91‑1 (MQ=255) 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aaCATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACTATAAc > 2:336738/1‑91 (MQ=255) aaCATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACTATAAc < 2:3074803/91‑1 (MQ=255) aaCATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACTATAAc < 1:3194074/91‑1 (MQ=255) aTTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACTATAACAAt < 1:1950085/91‑1 (MQ=255) ccAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACTATAACAATAGtt > 2:2897899/1‑91 (MQ=255) cAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACTATAACAATAGttt < 1:507869/91‑1 (MQ=255) aaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACTATAACAATAGttt > 2:1333979‑M1/55‑91 (MQ=255) agagTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACTATAACAATAGtttt < 2:3696112/91‑1 (MQ=255) gagTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACTATAACAATAGTTttc < 1:3822512/91‑1 (MQ=255) gagTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACTATAACAATAGTTttc > 2:2768876/1‑91 (MQ=255) agTTCTGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACTATAACAATAGTTttct < 2:3569496/91‑1 (MQ=255) caggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACTATAACAATAGTTttctt > 1:3268989‑M1/51‑91 (MQ=255) ggTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACTATAACAATAGTTTTCTTCAct < 2:862458/91‑1 (MQ=255) ggTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACTATAACAATAGTTTTCTTCAct < 1:3535344/91‑1 (MQ=255) tAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACTATAACAATAGTTTTCTTCActgc < 2:1534022/91‑1 (MQ=255) aaaaGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACTATAACAATAGTTTTCTTCActgct > 1:1649665/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |