| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 329202 = | 181 (0.950) | 28 (0.170) | 13/140 | NT | 15.1% | intergenic (+70/+73) | USA300HOU_RS01475/ssaA2_1 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 329255 = | 158 (0.950) | intergenic (+123/+20) | USA300HOU_RS01475/ssaA2_1 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 | |||||
GTTTCATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/329301‑329202‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggtcgctttTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCACC > USA300TCH1516_ALE/329255‑329343 GTTTCATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATT < 1:2833051/91‑1 TTTCATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTG > 1:163598/1‑91 TTTCATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTG > 1:410764/1‑91 TTCATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGG > 2:2536628/1‑91 TTCATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGG < 1:2512276/91‑1 TCATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGT < 1:3039475/91‑1 TCATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGT < 1:1112577/91‑1 TCATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGT > 2:2772396/1‑91 TCATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGT > 2:1937366/1‑91 TCATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGT < 2:2127832/91‑1 CATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTC > 1:826685/1‑91 CATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTC > 2:1749098/1‑91 ATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCG < 1:1842332/91‑1 ATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCG < 1:1570225/91‑1 ATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCG < 1:1570565/91‑1 ATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCG < 2:325485/91‑1 ATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCG < 1:796091/91‑1 ATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCG < 1:3780872/91‑1 ATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCG < 1:3780959/91‑1 ATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCG < 2:1897968/91‑1 ATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCG < 1:2477992/91‑1 ATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCG < 1:2062684/91‑1 ATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCG < 1:1831154/91‑1 ATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCG < 1:3781075/91‑1 ATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCG > 2:2507115/1‑91 ATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCG < 1:1843559/91‑1 TCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGC < 1:1937366/91‑1 TCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGC > 2:2641366/1‑91 TCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGAAAAATTGGTCGC > 2:18052/1‑91 CATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCT < 1:3044961/91‑1 CATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCT < 2:3454505/91‑1 CATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCT < 2:1539644/91‑1 CATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCT < 1:2683586/91‑1 CATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCT > 2:860167/1‑91 CATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCT < 1:3044930/91‑1 CATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCT < 1:3047017/91‑1 ATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTT < 1:3210937/91‑1 ATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTT < 1:2772396/91‑1 TATAATTACATCCATTAAATTAATCATGGCATCAATAAAAAGCGACCAGTGCGCAGTTTACATTTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTT < 2:1372827/91‑1 TATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTT > 1:814894/1‑91 CAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTATTTTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTA > 1:2521199/1‑91 ATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTATTTTGTATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAA > 1:2734964/1‑91 AAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATAT > 1:183084/1‑91 GCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGA > 1:1967528/1‑91 GACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATG > 1:1813610/1‑91 GACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATG > 2:3443665/1‑91 GACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATG > 1:1695393/1‑91 GACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATG > 1:722526/1‑91 GACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATG > 1:722130/1‑91 GACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATG > 1:557792/1‑91 GACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATG > 1:1813149/1‑91 GACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATG > 2:2477317/1‑91 ACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGA > 2:2810108/1‑91 ACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGA > 1:1929557/1‑91 ACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGA > 1:1928679/1‑91 CAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTACTTATATGATGAAA > 2:1809896/1‑91 CAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAA > 1:2021101/1‑91 AGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAAC > 2:1233774/1‑91 AGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAAC > 2:1716324/1‑91 GTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACT > 1:1058858/1‑91 GTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACT > 1:1058718/1‑91 GCAGTTTACAATTCGTAACACTGC‑GAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGA > 1:3794473/1‑91 GCAGTTTACAATTCGTAACACTGC‑GAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGA > 1:3793996/1‑91 CAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGA > 2:3620395/1‑91 CAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGA > 2:3213020/1‑91 TTTACAATTCGTAACACTGC‑GAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCA > 1:3773741/1‑91 TTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCA > 2:3434210/1‑91 TTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCA > 2:2521314/1‑91 TGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATA > 1:3805700/1‑91 GGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATAT > 1:3209258/1‑91 GTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATTGTTCTTGATGAAACGATATA < 1:9645/91‑1 TCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATAT < 2:1284309/91‑1 CGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTCTATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATT > 1:3364739/1‑91 CGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAAC > 2:436171/1‑83 CGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAAC > 2:436181/1‑83 CGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAAC < 1:436171/83‑1 CGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAAC < 1:436181/83‑1 CTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCA > 2:1593608/1‑91 CTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCA > 2:1592996/1‑91 CTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCA > 1:2849922/1‑91 TTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCAC > 2:1169017/1‑91 TTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCACC < 2:2541781/91‑1 TTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCACC < 1:981732/91‑1 TTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCACC < 1:2691833/91‑1 TTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCACC > 2:89671/1‑91 TTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACGTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCACC < 2:373360/91‑1 GTTTCATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/329301‑329202‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggtcgctttTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCACC > USA300TCH1516_ALE/329255‑329343 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |