| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 329202 = | 181 (0.950) | 28 (0.170) | 13/140 | NT | 15.1% | intergenic (+70/+73) | USA300HOU_RS01475/ssaA2_1 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 329255 = | 158 (0.950) | intergenic (+123/+20) | USA300HOU_RS01475/ssaA2_1 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 | |||||
Only 100 of 335 total aligned reads displayed.
GCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATA > USA300TCH1516_ALE/329112‑329292 | gCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATA > 1:1426301‑M1/1‑91 (MQ=255)gCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATA > 1:3427407‑M1/1‑91 (MQ=255) ggtgaatatatcgtttcatcaagaaccatctctgcttcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaaa > 2:89671‑M1/90‑91 (MQ=255) cTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAA > 1:1206930‑M1/1‑91 (MQ=255) tgaatatatcgtttcatcaagaaccatctctgcttcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAg > 2:1593608‑M1/88‑91 (MQ=255) aTTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGA > 2:887604‑M1/1‑91 (MQ=255) aTTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGA < 1:659513‑M1/91‑1 (MQ=255) aTTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGA < 1:830306‑M1/91‑1 (MQ=255) ttATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGAC > 1:566007‑M1/1‑91 (MQ=255) atatcgtttcatcaagaaccatctctgcttcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGAcc > 1:3209258‑M1/83‑91 (MQ=255) tatcgtttcatcaagaaccatctctgcttcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACC‑a > 1:3805700‑M1/82‑91 (MQ=255) aCTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATACCATACAAAATAAAGCGACC‑AAt > 2:3125252/1‑91 (MQ=255) ttCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AAtttt > 2:946975/1‑91 (MQ=255) ttCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACA‑AAtttt > 2:3088884/1‑91 (MQ=255) 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cGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGtt > 2:1892065/1‑91 (MQ=255) cGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGtt < 1:3774382/91‑1 (MQ=255) cGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGtt < 2:1183896/91‑1 (MQ=255) ttttGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACg < 2:370228/91‑1 (MQ=255) ttGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGaa < 1:443683/91‑1 (MQ=255) tGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAAt < 2:2617318/91‑1 (MQ=255) gATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAAtt < 2:2928235/91‑1 (MQ=255) gATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAAtt > 1:2683316/1‑91 (MQ=255) aTTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTg > 1:3526789/1‑91 (MQ=255) tAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTa < 2:1222194/91‑1 (MQ=255) tgcttcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTaa > 2:2521314‑M1/58‑91 (MQ=255) aTGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAAttttgcagtttacaattcgtaaca < 2:1994237‑M1/91‑25 (MQ=255) tGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAAc < 1:2397115/91‑1 (MQ=255) tGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAAc > 1:422400/1‑91 (MQ=255) ggggAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACt < 1:841364/91‑1 (MQ=255) tcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTg > 2:3213020‑M1/54‑91 (MQ=255) ggAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGc < 2:2136425/91‑1 (MQ=255) ggAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGc > 1:2674311/1‑91 (MQ=255) ggAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGc > 2:754389/1‑91 (MQ=255) gAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCg > 2:1743771/1‑91 (MQ=255) gAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTGTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAAttttgcagtttacaattcgtaacactgca < 2:2971320‑M1/91‑30 (MQ=255) aaTGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTg > 1:789183/1‑88 (MQ=255) aaTGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGa > 1:2130859/1‑91 (MQ=255) aTGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑Agttcgcagtttacaattcgtaacactgcaaaa < 1:3684643‑M1/91‑33 (MQ=255) tGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑Agttcgcagtttacaattcgtaacactgcaaaat < 2:2500022‑M1/91‑34 (MQ=255) tGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAAc > 1:3375520/1‑91 (MQ=255) tGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAAACGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAAc > 1:3238720/1‑91 (MQ=255) agtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAAc > 1:1058858‑M1/49‑91 (MQ=255) gTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACt > 1:956317‑M2/1‑90 (MQ=255) gTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACt < 1:373360‑M2/91‑2 (MQ=255) gTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACt > 2:2751473‑M2/1‑90 (MQ=255) tAGAGAATATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑Agttcgcagtttacaattcgtaacactgcaaaattg < 1:1937519‑M1/91‑36 (MQ=255) agagAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtgg > 2:3745348‑M2/1‑88 (MQ=255) tcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGt > 1:1928679‑M1/45‑91 (MQ=255) gagaACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑Agttcgcagtttacaattcgtaacactgcaaaattggt < 2:3427991‑M1/91‑38 (MQ=255) gagaACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtggt > 2:2358779‑M2/1‑87 (MQ=255) catcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTc > 2:3443665‑M1/44‑91 (MQ=255) catcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTc > 1:1813149‑M1/44‑91 (MQ=255) agaACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtggtc > 2:3274496‑M2/1‑86 (MQ=255) gaACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtggtcg > 1:2497740‑M2/1‑85 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |