| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 329202 = | 181 (0.950) | 28 (0.170) | 13/140 | NT | 15.1% | intergenic (+70/+73) | USA300HOU_RS01475/ssaA2_1 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 329255 = | 158 (0.950) | intergenic (+123/+20) | USA300HOU_RS01475/ssaA2_1 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 | |||||
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
TTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCACC > USA300TCH1516_ALE/329165‑329343 | tttCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCtttt > 1:1486373/1‑91 (MQ=255)tttCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCtttt > 1:299779/1‑91 (MQ=255) tCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTa > 2:3308619/1‑91 (MQ=255) tCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTa > 2:3112201/1‑91 (MQ=255) tCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTa < 1:2720846/91‑1 (MQ=255) tCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTa > 1:533596/1‑91 (MQ=255) cTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTAt > 1:3872710/1‑91 (MQ=255) cTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTAt > 2:522027/1‑91 (MQ=255) ttGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTg > 1:2632500/1‑91 (MQ=255) tAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATg > 2:1261916/1‑91 (MQ=255) tAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATg > 2:3512853/1‑91 (MQ=255) aaTTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGt > 1:871769/1‑91 (MQ=255) tttATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCCACTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCAt < 2:821010/91‑1 (MQ=255) tataATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGa < 2:700153/91‑1 (MQ=255) ataATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGAt > 2:3111756/1‑91 (MQ=255) ataATCGAACAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGAt < 1:3720948/91‑1 (MQ=255) aaTCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGAtta > 2:2504262/1‑91 (MQ=255) aaTCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGAtta < 2:2563644/91‑1 (MQ=255) aaTCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTAAGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGAtta < 1:3076668/91‑1 (MQ=255) tCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGAttaat < 1:1076462/91‑1 (MQ=255) cGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGAttaatt > 1:933884/1‑91 (MQ=255) cGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGAttaatt > 2:861098/1‑91 (MQ=255) cGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTAGTG‑ATGTCATGAttaatt > 1:3329861/1‑91 (MQ=255) cGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAAATGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGAttaatt > 2:334068/1‑91 (MQ=255) gAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGAttaattt < 1:2430935/91‑1 (MQ=255) aTAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGAttaatttaa < 1:2688183/91‑1 (MQ=255) cATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGa > 2:2600956/1‑91 (MQ=255) cATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGa > 2:1847214/1‑91 (MQ=255) cATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGa > 2:2285797/1‑91 (MQ=255) aTACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGAt > 1:1929519/1‑91 (MQ=255) aTACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGAt > 2:3684042/1‑91 (MQ=255) tACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATg < 2:2631842/91‑1 (MQ=255) aCAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGt < 2:2697712/91‑1 (MQ=255) caataaaaagcgaccagttcgcagtttacaattcgtaacactgcaaaattggtcgctttATTTTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTa > 1:2521199‑M2/60‑91 (MQ=255) cAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTa < 2:2432881/91‑1 (MQ=255) aaaaTAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTaa < 2:2161363/91‑1 (MQ=255) ataaaaagcgaccagttcgcagtttacaattcgtaacactgcaaaattggtcgctttATTTTGTATGTCATGATTAATTTAATGGATGTaa > 1:2734964‑M2/58‑91 (MQ=255) aTAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATta < 1:2776333/91‑1 (MQ=255) aTAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATta > 1:3750934/1‑91 (MQ=255) tAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATtat > 2:2324439/1‑91 (MQ=255) tAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATtat > 1:1731477/1‑91 (MQ=255) AAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAAATGTAAACTGCGCACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGCCATGATTAATTTAATGGATGTAATtata < 2:1372827‑M1/91‑1 (MQ=255) aagcgaccagttcgcagtttacaattcgtaacactgcaaaattggtcgctttTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTatat > 1:183084‑M2/53‑91 (MQ=255) AGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATatg < 1:3044961‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATatg < 2:1539644‑M1/91‑1 (MQ=255) gcgaccagttcgcagtttacaattcgtaacactgcaaaattggtcgctttTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATatga > 1:1967528‑M2/51‑91 (MQ=255) GCGACCAATTTTTCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATatga > 2:18052‑M1/1‑91 (MQ=255) GCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATatga < 1:1937366‑M1/91‑1 (MQ=255) CGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATatgat < 1:1843559‑M1/91‑1 (MQ=255) CGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATatgat < 1:796091‑M1/91‑1 (MQ=255) CGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATatgat < 1:3780959‑M1/91‑1 (MQ=255) gaccagttcgcagtttacaattcgtaacactgcaaaattggtcgctttTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATatgatg > 2:3443665‑M2/49‑91 (MQ=255) gaccagttcgcagtttacaattcgtaacactgcaaaattggtcgctttTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATatgatg > 1:722130‑M2/49‑91 (MQ=255) ACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATAtgatga > 2:2772396‑M1/1‑91 (MQ=255) CAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGaaa > 1:163598‑M1/1‑91 (MQ=255) AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAAc < 1:2833051‑M1/91‑1 (MQ=255) gttcgcagtttacaattcgtaacactgcaaaattggtcgctttTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACt > 1:1058718‑M2/44‑91 (MQ=255) aTTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACt < 2:2901083/91‑1 (MQ=255) aTTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACt < 1:430336/91‑1 (MQ=255) aTTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACt < 2:2028993/91‑1 (MQ=255) tttGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTc > 1:2093875/1‑91 (MQ=255) tGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTg > 1:3415404/1‑91 (MQ=255) gcagtttacaattcgtaacactgcgaactggtcgctttTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGa > 1:3794473‑M2/39‑91 (MQ=255) gCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGa < 2:776023/91‑1 (MQ=255) gCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGa > 1:484769/1‑91 (MQ=255) cagtttacaattcgtaacactgcaaaattggtcgctttTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGa > 2:3213020‑M2/39‑91 (MQ=255) cAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGaa > 1:2263057/1‑91 (MQ=255) cAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGaa > 1:3557516/1‑91 (MQ=255) gtgtTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGc > 1:2670484/1‑91 (MQ=255) gtgtTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGc > 2:3873213/1‑91 (MQ=255) ttacaattcgtaacactgcaaaattggtcgctttTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCa > 2:2521314‑M2/35‑91 (MQ=255) tACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCagag < 2:1335491/91‑1 (MQ=255) aCGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAgaga < 2:1654776/91‑1 (MQ=255) cGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGAt < 1:2504262/91‑1 (MQ=255) taaTGGTAAGCTGCAAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATg < 2:248615/90‑1 (MQ=255) gAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATg < 2:422400/91‑1 (MQ=255) gAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATg < 2:807101/91‑1 (MQ=255) aaTTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATgg > 1:1573235/1‑91 (MQ=255) aaTTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATgg < 2:2862642/91‑1 (MQ=255) gTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCt > 2:1486838/1‑91 (MQ=255) gTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCt > 1:3241347/1‑91 (MQ=255) tAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATCG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCtt > 2:2212485/1‑91 (MQ=255) aaaCTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATatga < 1:3286275/62‑1 (MQ=255) aaaCTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTtg < 2:937429/91‑1 (MQ=255) aaaCTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTtg < 1:3134626/91‑1 (MQ=255) aaCTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTtga < 2:299779/91‑1 (MQ=255) aaCTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTtga > 2:1090309/1‑91 (MQ=255) aaCTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTtga < 2:471057/91‑1 (MQ=255) aCTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTtgat > 2:2327094/1‑91 (MQ=255) gCGAAGTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGAGTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGaa < 2:3569535/91‑1 (MQ=255) gCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGaa < 2:2004149/91‑1 (MQ=255) cGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGaaa < 2:2466346/91‑1 (MQ=255) gAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAAc > 1:2368368/1‑91 (MQ=255) aaCTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACg < 1:2488231/91‑1 (MQ=255) aCTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACgc > 2:3849637/1‑90 (MQ=255) aCTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGa < 1:1214858/91‑1 (MQ=255) cTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGat > 1:1218742/1‑91 (MQ=255) ggtcgctttTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGatat > 1:3209258‑M2/10‑91 (MQ=255) gtcgctttTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATTGTTCTTGATGAAACGatata < 1:9645‑M2/83‑1 (MQ=255) tttTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCAc > 2:1169017‑M2/4‑91 (MQ=255) | TTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTG‑ATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCACC > USA300TCH1516_ALE/329165‑329343 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |