New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 329211 | 183 (0.960) | 30 (0.180) | 17/140 | NT | 15.9% | intergenic (+79/+64) | USA300HOU_RS01475/ssaA2_1 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 |
? | USA300TCH1516_ALE | = 329244 | 158 (0.950) | intergenic (+112/+31) | USA300HOU_RS01475/ssaA2_1 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 |
GCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑A‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/329112‑329211 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaagcgacc‑aGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTATTTTGTATGTTATTCGATTATAAAATTACAAAGAAATGTTCTCTAC < USA300TCH1516_ALE/329244‑329155 GCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATA > 1:1426301/1‑91 GCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATA > 1:3427407/1‑91 GCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATA > 2:3297834/1‑91 CTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAA > 1:1206930/1‑91 CTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAA > 1:62093/1‑91 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |