| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 329211 | 183 (0.960) | 30 (0.180) | 17/140 | NT | 15.9% | intergenic (+79/+64) | USA300HOU_RS01475/ssaA2_1 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 329244 | 158 (0.950) | intergenic (+112/+31) | USA300HOU_RS01475/ssaA2_1 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 | |||||
Only 100 of 321 total aligned reads displayed.
TGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGAT > USA300TCH1516_ALE/329154‑329334 | tGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAAc > 1:3375520/1‑91 (MQ=255)tGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAAACGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAAc > 1:3238720/1‑91 (MQ=255) gTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACt < 1:373360‑M2/91‑2 (MQ=255) gTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACt > 2:2410613‑M2/1‑90 (MQ=255) agagAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtgg < 2:515003‑M2/91‑4 (MQ=255) tcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGt > 1:1929557‑M1/45‑91 (MQ=255) gagaACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtggt < 1:2901083‑M2/91‑5 (MQ=255) gagaACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtggt < 2:1221120‑M2/91‑5 (MQ=255) catcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTc > 1:557792‑M1/44‑91 (MQ=255) catcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTc > 1:722526‑M1/44‑91 (MQ=255) catcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTc > 1:1813610‑M1/44‑91 (MQ=255) agaACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtggtc > 1:1045143‑M2/1‑86 (MQ=255) agaACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtggtc < 1:375768‑M2/91‑6 (MQ=255) agaACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtggtc > 1:2299226‑M2/1‑86 (MQ=255) gaACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtggtcg > 1:2497740‑M2/1‑85 (MQ=255) tcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGc > 1:1967528‑M1/42‑91 (MQ=255) cATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtggtcgctt > 2:1296885‑M2/1‑82 (MQ=255) cATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtggtcgctt > 2:2050574‑M2/1‑82 (MQ=255) cATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtggtcgctt < 1:400605‑M2/91‑10 (MQ=255) tttCTTTGTAATTTTATAAGCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCtttt < 2:2456661/91‑1 (MQ=255) tCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTa > 2:3112201/1‑91 (MQ=255) tCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTa < 1:2720846/91‑1 (MQ=255) ttGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTg > 1:2632500/1‑91 (MQ=255) ttGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTg > 1:274755/1‑91 (MQ=255) tAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATg > 2:3513055/1‑91 (MQ=255) tataATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGa < 2:3335373/91‑1 (MQ=255) aaTCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGAtta < 2:2563644/91‑1 (MQ=255) tCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGAttaat < 2:921393/91‑1 (MQ=255) tCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGAttaat < 1:1076462/91‑1 (MQ=255) cGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGAttaatt < 1:16537/91‑1 (MQ=255) tAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtggtcgctttattttgtatgttattcgattataaa < 2:3300969‑M2/91‑36 (MQ=255) tAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGAttaatttaat > 1:2466346/1‑91 (MQ=255) cATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGa > 2:2600956/1‑91 (MQ=255) tACTAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATg < 1:3133680/91‑1 (MQ=255) tACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATg < 2:3678983/91‑1 (MQ=255) tACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATg < 1:2172059/91‑1 (MQ=255) tACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATg < 2:2631842/91‑1 (MQ=255) aCAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGt < 2:2697712/91‑1 (MQ=255) tAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATtat > 2:2324332/1‑91 (MQ=255) tAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATtat > 2:182246/1‑91 (MQ=255) tAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATtat > 1:1731477/1‑91 (MQ=255) AAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAAATGTAAACTGCGCACTGGTCGCTTTTTATTGATGCCATGATTAATTTAATGGATGTAATtata < 2:1372827‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTatat < 1:3210937‑M1/91‑1 (MQ=255) aGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtggtcgctttattttgtatgttattcgattataaaattacaaagaaatgt < 1:2553246‑M2/91‑51 (MQ=255) AGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATatg < 2:3454505‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATatg > 2:860167‑M1/1‑91 (MQ=255) cGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtggtcgctttattttgtatgttattcgattataaaattacaaagaaatgttc < 1:2795471‑M2/91‑53 (MQ=255) CGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATatgat > 2:2507115‑M1/1‑91 (MQ=255) CGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATatgat < 1:1831154‑M1/91‑1 (MQ=255) CGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATatgat < 1:1570225‑M1/91‑1 (MQ=255) CGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATatgat < 1:3781075‑M1/91‑1 (MQ=255) CGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATatgat < 2:325485‑M1/91‑1 (MQ=255) GACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATatgatg > 2:1749098‑M1/1‑91 (MQ=255) aCCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtggtcgctttattttgtatgttattcgattataaaattacaaagaaatgttctc < 2:3428075‑M2/91‑55 (MQ=255) ACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATAtgatga > 2:2772396‑M1/1‑91 (MQ=255) ACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATAtgatga < 1:3039475‑M1/91‑1 (MQ=255) ACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATAtgatga > 2:1937366‑M1/1‑91 (MQ=255) CCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGaa < 1:2512276‑M1/91‑1 (MQ=255) aTTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtggtcgctttattttgtatgttattcgattataaaattacaaagaaatgttctctaca < 2:2500022‑M2/91‑59 (MQ=255) aTTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACt > 2:2177960/1‑91 (MQ=255) aTTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACt < 2:2901083/91‑1 (MQ=255) aTTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACt < 2:2328851/91‑1 (MQ=255) aTTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCAAAAttggtcgctttattttgtatgttattcgattataaaattacaaagaaatgttctctac < 1:805600‑M2/91‑59 (MQ=255) ttttGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtggtcgctttattttgtatgttattcgattataaaattacaaagaaatgttctctacat < 1:3684643‑M2/91‑60 (MQ=255) ttttGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtggtcgctttattttgtatgttattcgattataaaattacaaagaaatgttctctacat < 1:3421324‑M2/91‑60 (MQ=255) tttGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTc < 2:80885/91‑1 (MQ=255) tGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCAAAAttggtcgctttattttgtatgttattcgattatacaattacaaagaaatgttctctacattc < 2:2971320‑M2/91‑63 (MQ=255) gCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGa > 1:484769/1‑91 (MQ=255) cAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGaa > 1:3557516/1‑91 (MQ=255) gtgtTACGAATTGTAAACTGCGAACtggtcgctttattttgtatgttattcgattataaaattacaaagaaatgttctctacattccccat < 1:1307906‑M2/91‑67 (MQ=255) gtgtTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGc < 2:80280/91‑1 (MQ=255) gtgtTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGc > 2:3873213/1‑91 (MQ=255) tgtTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGaacca < 1:2674852/91‑4 (MQ=255) tgtTACGAATTGTAAACTGCAAAAttggtcgctttattttgtatgttattcgattataaaattacaaagaaatgttctctacattccccat < 2:1994237‑M2/91‑68 (MQ=255) tACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCagag < 2:1335491/91‑1 (MQ=255) aCGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAgaga < 2:1654776/91‑1 (MQ=255) cGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGAt < 1:3308619/91‑1 (MQ=255) cGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGAt < 2:741318/91‑1 (MQ=255) gAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATg < 2:248555/91‑1 (MQ=255) aaTTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGGTGTCATGATTAATTTCATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATgg > 1:1573245/1‑91 (MQ=255) aaTTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATgg < 2:2862642/91‑1 (MQ=255) aTTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGt < 1:889382/91‑1 (MQ=255) tGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTc < 1:1212025/91‑1 (MQ=255) gTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCt > 2:1486838/1‑91 (MQ=255) gTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCt < 1:325450/91‑1 (MQ=255) aaaCTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTtg < 1:520563/91‑1 (MQ=255) aaaCTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTtg > 2:1020208/1‑91 (MQ=255) aaaCTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTtg > 2:1139338/1‑91 (MQ=255) aaaCTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTtg < 2:2258447/91‑1 (MQ=255) aaCTGCGCACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTtga > 2:3751628/1‑91 (MQ=255) aaCTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTtga < 2:471057/91‑1 (MQ=255) aaCTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTtga < 1:1918775/91‑1 (MQ=255) aCTGCGAGCTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTtgat < 2:566007/91‑1 (MQ=255) gCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGaa < 1:3064550/91‑1 (MQ=255) cGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGaaa < 1:194893/91‑1 (MQ=255) gAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAAc > 1:2368368/1‑91 (MQ=255) aCTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGa < 2:2148180/91‑1 (MQ=255) cTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGat > 1:1218713/1‑91 (MQ=255) cTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGat > 2:3010606/1‑91 (MQ=255) cTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGat > 1:945056/1‑91 (MQ=255) | TGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGAT > USA300TCH1516_ALE/329154‑329334 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |