| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 329211 | 183 (0.960) | 30 (0.180) | 17/140 | NT | 15.9% | intergenic (+79/+64) | USA300HOU_RS01475/ssaA2_1 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 329244 | 158 (0.950) | intergenic (+112/+31) | USA300HOU_RS01475/ssaA2_1 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 | |||||
Only 100 of 380 total aligned reads displayed.
ATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAAC > USA300TCH1516_ALE/329121‑329301 | cTTTCGTAAACGATTTGGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AAtt < 2:3705747/91‑1 (MQ=255) ttCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AAtttt > 2:946975/1‑91 (MQ=255) cGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGc > 1:3569535/1‑91 (MQ=255) aaaCGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAgt > 1:2295434/1‑91 (MQ=255) aCGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAgtgt < 1:1016373/91‑1 (MQ=255) cGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGtt < 1:3774382/91‑1 (MQ=255) cGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGtt < 2:3028865/91‑1 (MQ=255) cGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGtt < 2:1183896/91‑1 (MQ=255) cGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGtt > 2:2239721/1‑91 (MQ=255) cGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGtt > 2:1892065/1‑91 (MQ=255) gATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTa > 2:2877963/1‑91 (MQ=255) tGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAAt < 2:2617318/91‑1 (MQ=255) tGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAAt > 1:2139039/1‑91 (MQ=255) tGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAAt > 1:3194085/1‑91 (MQ=255) 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tGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAAc < 2:2561129/91‑1 (MQ=255) tGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAAc > 1:422400/1‑91 (MQ=255) ggggAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACt < 1:408385/91‑1 (MQ=255) ggggAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACt > 1:835961/1‑91 (MQ=255) tcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACC‑AGTTC‑GCAGTGTTACGAATTGTAAACTGc > 1:3793996‑M1/54‑91 (MQ=255) ggAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGc > 2:754389/1‑91 (MQ=255) ggAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGc > 2:3270790/1‑91 (MQ=255) gAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCg > 1:2504678/1‑91 (MQ=255) tGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑Agttcgcagtttacaattcgtaacactgcaaaat < 2:2499970‑M1/91‑34 (MQ=255) tGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAAc > 1:3237689/1‑91 (MQ=255) tGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAAc > 1:3375520/1‑91 (MQ=255) agtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAAc > 1:1058718‑M1/49‑91 (MQ=255) gTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑Agttcgcagtttacaattcgtaacactgcaaaatt < 2:1660411‑M1/91‑35 (MQ=255) gTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACt < 1:373360‑M2/91‑2 (MQ=255) gTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACt > 1:1103502‑M2/1‑90 (MQ=255) gTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACt > 1:182427‑M2/1‑90 (MQ=255) gTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACt > 2:2751575‑M2/1‑90 (MQ=255) tttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTg > 1:2021101‑M1/47‑91 (MQ=255) agagAACATTTCTTTGTAA‑TTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑Agttcgcagtttacaattcgtaacactgcaaaattggt < 2:2115303‑M1/91‑38 (MQ=255) tcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGt > 1:1928679‑M1/45‑91 (MQ=255) gagaACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑Agttcgcagtttacaattcgtaacactgcaaaattggt < 2:3427991‑M1/91‑38 (MQ=255) gagaACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtggt < 2:1221120‑M2/91‑5 (MQ=255) gagaACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtggt > 1:1781980‑M2/1‑87 (MQ=255) catcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTc > 1:557792‑M1/44‑91 (MQ=255) catcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTc > 1:722130‑M1/44‑91 (MQ=255) gaACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑Agttcgcagtttacaattcgtaacactgcaaaattggtcg < 1:753874‑M1/91‑40 (MQ=255) aaCATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtggtcgc > 2:1135113‑M2/1‑84 (MQ=255) cATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑Agttcgcagtttacaattcgtaacactgcaaaattggtcgctt < 1:332371‑M1/91‑43 (MQ=255) aTTTCTTTGTAATTTTGTAATCGCATAACATACAAAATAAAGCGACC‑Agttcgcagtttacaattcgtaacactgcaaaattggtcgcttt < 2:2971049‑M1/91‑44 (MQ=255) aTTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTTCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtggtcgcttt > 1:3270790‑M2/1‑81 (MQ=255) aTTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtggtcgcttt > 2:2519531‑M2/1‑81 (MQ=255) tttCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑Agttcgcagtttacaattcgtaacactgcaaaattggtcgcttta < 2:887820‑M1/91‑45 (MQ=255) tttCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCtttt > 2:2683757/1‑91 (MQ=255) ttCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCttttt > 2:2450251/1‑91 (MQ=255) cTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTAt < 2:3111763/91‑1 (MQ=255) cTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTAt > 2:522110/1‑91 (MQ=255) tttGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTAtt > 2:510815/1‑91 (MQ=255) ttGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTg > 1:274755/1‑91 (MQ=255) ttGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTg > 1:2632500/1‑91 (MQ=255) tAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑Agttcgcagtttacaattcgtaacactgcaaaattggtcgctttattttgtat < 1:1729650‑M1/91‑53 (MQ=255) 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AGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATatg < 1:3047017‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATatg < 2:3454505‑M1/91‑1 (MQ=255) GCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATatga < 1:1937366‑M1/91‑1 (MQ=255) cGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtggtcgctttattttgtatgttattcgattataaaattacaaagaaatgttc < 1:2795471‑M2/91‑53 (MQ=255) cGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtggtcgctttattttgtatgttattcgattataaaattacaaagaaatgttc < 1:3854948‑M2/91‑53 (MQ=255) CGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATatgat < 1:1842332‑M1/91‑1 (MQ=255) CGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATatgat < 1:796091‑M1/91‑1 (MQ=255) CGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATatgat < 1:1570225‑M1/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |