| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 371234 | 159 (0.830) | 28 (0.160) | 14/150 | NT | 14.9% | coding (707/1362 nt) | ylbJ | Sporulation integral membrane protein YlbJ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 371261 | 171 (0.960) | coding (680/1362 nt) | ylbJ | Sporulation integral membrane protein YlbJ | |||||
TGGCGGTAGCCATGCAGTAATTGCAGTCACGACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/371140‑371234‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agtttCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGCTAAAACTTTAGGATTAATGCCGCATTGGAATTTATACTTTTGGATAACTTTAGTCATCACATTTG < USA300TCH1516_ALE/371261‑371172 TGGCGGTAGCCATGCAGTAATTGCAGTCACGACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAA > 1:1141003/1‑91TGGCGGTAGCCATGCAGTAATTGCAGTCACGACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAA > 1:1134274/1‑91 GGCGGTAGCCATGCAGTAATTGCAGTCACGACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAG > 1:3738674/1‑91 GGCGGTAGCCATGCAGTAATTGCAGTCACGACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAG > 1:3738589/1‑91 GGCGGTAGCCATGCAGTAATTGCAGTCACGACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAG > 1:3737417/1‑91 GGCGGTAGCCATGCAGTAATTGCAGTCACGACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAG > 1:3737346/1‑91 GCGGTAGCCATGCAGTAATTGCAGTCACGACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGT < 2:2170856/91‑1 GCGGTAGCCATGCAGTAATTGCAGTCACGACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGT < 2:1567839/91‑1 CGGTAGCCATGCAGTAATTGCAGTCACGACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTT > 2:1279823/1‑91 GGTAGCCATGCAGTAATTGCAGTCACGACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTT > 2:1092959/1‑91 GGTAGCCATGCAGTAATTGCAGTCACGACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTT > 2:1933983/1‑91 GGTAGCCATGCAGTAATTGCAGTCACGACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTT > 2:1128099/1‑91 GGTAGCCATGCAGTAATTGCAGTCACGACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTT > 1:809589/1‑91 GGTAGCCATGCAGTAATTGCAGTCACGACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTT > 1:3011792/1‑91 GGTAGCCATGCAGTAATTGCAGTCACGACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTT > 1:3011775/1‑91 GTAATTGCAGTCACGACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTTCAGCAACTTTTA < 1:2638830/91‑1 ATTGCAGTCACGACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTTCAGCAACTTTTATGA < 2:2906729/91‑1 TTGCAGTCACGACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTTTAGCAACTTTTATGAT > 1:210161/1‑91 GTCACGACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTTTAGCAACTTTTATGATTATCG < 1:87117/91‑1 TCACGACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTTCAGCAACTTTTATGATTATCGT < 2:2257066/91‑1 ACGACAGATGTGATCACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAAGGCGGCATTAATCCTAAAGTGGCAGCAACTTTTATGATTATCGTTG < 2:593022/91‑1 ACGACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTTCAGCAACTTTTATGATTATCGTTG < 2:3276672/91‑1 ACGACAAATGTCAGGTCTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTCATTTTTCAGCAACTTTTATGACTATCGTTG < 2:593037/91‑1 CGACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTTTAGCAACTTTTATGATTATCGTTGC < 2:210161/91‑1 GACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTTCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGCT < 2:1992644/91‑1 GACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTTCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGCT < 2:936004/91‑1 GACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTTCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGCT < 2:3738674/91‑1 GACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTTCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGCT < 2:3738589/91‑1 GACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTTCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGCT < 2:3737417/91‑1 GACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTTCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGCT < 2:3737346/91‑1 GACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTTCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGCT < 1:3362299/91‑1 ACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTTCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGCTA < 2:1496525/91‑1 ACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTTCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGCTA < 2:1491931/91‑1 ACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTTCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGCTA < 1:896640/91‑1 ACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTTCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGCTA < 1:2155881/91‑1 CAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTTCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGTTAA < 2:880237/91‑1 CAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTTCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGCTAA < 2:490226/91‑1 CAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTTCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGCTAA < 2:370471/91‑1 ATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTTCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGCTAAAAC < 1:2307112/91‑1 GATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTTCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGCTAAAACTTTA < 1:1859885/91‑1 CTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTTCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGCTAAAACTTTAGGATT < 1:1621618/91‑1 CTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTTCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGCTAAAACTTTAGGATT < 1:1621697/91‑1 AAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTTCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGCTAAAACTTTAGGATTAATGCCGCATTGGAATTTAT < 1:2094808/91‑1 AGTTTCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGCTAAAACTTTAGGATTAATGCCGCATTGGAATTTATACTTTTGGATAACTTTAGTCATCACA > 1:2254993/1‑91 GTTTCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGCTAAAACTTTAGGATTAATGCCGCATTGGAATTTATACTTTTGGATAACTTTAGTCATCACAT > 1:2210267/1‑91 GTTTCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGCTAAAACTTTAGGATTAATGCCGCATTGGAATTTATACTTTTGGATAACTTTAGTCATCACAT > 2:461323/1‑91 TTTCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGCTAAAACTTTAGGATTAATGCCGCATTGGAATTTATACTTTTGGATAACTTTAGTCATCACATT > 1:3769456/1‑91 TCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGCTAAAACTTTAGGATTAATGCCGCATTGGAATTTATACTTTTGGATAACTTTAGTCATCACATTTG < 2:3289630/91‑1 TCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGCTAAAACTTTAGGATTAATGCCGCATTGGAATTTATACTTTTGGATAACTTTAGTCATCACATTTG > 2:3024306/1‑91 TCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGCTAAAACTTTAGGATTAATGCCGCATTGGAATTTATACTTTTGGATAACTTTAGTCATCACATTTG < 1:3810011/91‑1 TCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGCTAAAACTTTAGGATTAATGCCGCATTGGAATTTATACTTTTGGATAACTTTAGTCATCACATTTG < 1:1878322/91‑1 TCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGCTAAAACTTTAGGATTAATGCCGCATTGGAATTTATACTTTTGGATAACTTTAGTCATCACATTTG < 1:3348133/91‑1 TGGCGGTAGCCATGCAGTAATTGCAGTCACGACAAATGTGATGACTAAAGTTATCCAAAAGTATAAATTCCAATGCGGCATTAATCCTAAAGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/371140‑371234‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agtttCAGCAACTTTTATGATTATCGTTGCTAAAACTTTAGGATTAATGCCGCATTGGAATTTATACTTTTGGATAACTTTAGTCATCACATTTG < USA300TCH1516_ALE/371261‑371172 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |