| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 494152 = | 175 (0.920) | 22 (0.130) | 11/142 | NT | 13.3% | intergenic (+101/+68) | bltD_1/USA300HOU_RS02360 | Spermine/spermidine acetyltransferase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 494194 = | 133 (0.790) | intergenic (+143/+26) | bltD_1/USA300HOU_RS02360 | Spermine/spermidine acetyltransferase/hypothetical protein | |||||
ACAGCGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/494250‑494152‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aggtcgcttAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCGTAAT > USA300TCH1516_ALE/494194‑494282 ACAGCGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTA > 2:890178/1‑91ACAGCGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTA > 2:1022253/1‑91ACAGCGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTA < 1:478106/91‑1 CAGCGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAG < 2:1562940/91‑1 GCGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGT > 1:2121316/1‑91 GCGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGT < 1:3278143/91‑1 GCGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGT < 1:3178090/91‑1 GCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCG < 2:2446068/91‑1 GCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCG > 2:3491011/1‑91 CAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGC > 2:1070608/1‑91 CAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGC < 2:3455296/91‑1 AAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTT > 1:3813919/1‑91 AAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTT > 2:2416692/1‑91 AAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTT < 2:282501/91‑1 AAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTT < 2:1086032/91‑1 TTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTA > 1:389898/1‑91 CAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTG > 2:3456505/1‑91 AAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATC > 1:2334971/1‑91 AGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTT > 1:582983/1‑91 CGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGC > 2:1740107/1‑91 GACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCG > 1:2957385/1‑91 GACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCG > 1:2734872/1‑91 GACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCG > 1:2402075/1‑91 GACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCG > 1:1475100/1‑91 CCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCT > 2:3646796/1‑91 CCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCT > 2:3646907/1‑91 CCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCT > 2:3647422/1‑91 GTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATACTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTC > 2:765199/1‑91 GTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCACTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTC > 2:183148/1‑91 TGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCG > 2:2491894/1‑91 TGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCG > 2:2491979/1‑91 TGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCG > 1:1609490/1‑91 TGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTC > 2:1271268/1‑91 TGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTC > 2:1271180/1‑91 TGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTC > 1:1409797/1‑91 TGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCCGTCGAGATGGTC > 2:1271189/1‑91 GTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGTGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCT > 2:1728611/1‑91 AGGTCGCTTAACTTGAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATG < 2:850847/91‑1 GGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGC < 2:2280016/91‑1 GGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGC > 2:3079719/1‑91 GTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCC > 1:1187091/1‑91 GTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCC > 1:2789267/1‑91 TCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCG < 2:2375244/91‑1 TCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCG > 1:2959471/1‑91 TCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCG < 2:2678146/91‑1 CGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAAGGCCGT > 2:3135503/1‑91 CGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATAGTCTTTTTATTAAAAATGCCGT > 2:3135665/1‑91 CGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATAGTCTTTTTATTAAAAACGCCGT > 2:3135935/1‑91 CGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATAGTCTTTTTATTAAAAACGCCGT > 2:3135367/1‑91 GCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCGTA < 1:1676769/91‑1 GCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCGTA > 1:1018912/1‑91 CTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCGTAA < 2:100396/91‑1 CTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCGTAA < 1:15108/91‑1 TTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCGTAAT > 2:1195199/1‑91 TTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTC > 1:863497/1‑60 TTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTC < 2:863497/60‑1 ACAGCGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/494250‑494152‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aggtcgcttAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCGTAAT > USA300TCH1516_ALE/494194‑494282 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |