| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 494152 = | 175 (0.920) | 22 (0.130) | 11/142 | NT | 13.3% | intergenic (+101/+68) | bltD_1/USA300HOU_RS02360 | Spermine/spermidine acetyltransferase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 494194 = | 133 (0.790) | intergenic (+143/+26) | bltD_1/USA300HOU_RS02360 | Spermine/spermidine acetyltransferase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
AAAGCATCTTTACTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTT > USA300TCH1516_ALE/494062‑494242 | aaaGCATCTTTACTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTGCTATAGTaaaa > 1:3515476/1‑91 (MQ=255)aaaGCATCTTTACTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTaaaa > 1:12012/1‑91 (MQ=255)aaaGCATCTTTACTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTaaaa > 1:1211527/1‑91 (MQ=255)aaaGCATCTTTACTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTaaaa < 2:2075945/91‑1 (MQ=255) attacggcatttttaataaaaagaccatctcgacagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttaa > 2:1195199‑M1/90‑91 (MQ=255) aGCATCTTTACTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAg > 1:607439/1‑91 (MQ=255) gCATCTTTACTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGc > 1:100396/1‑91 (MQ=255) gCATCTTTACTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGc > 1:2708425/1‑91 (MQ=255) acggcctttttaataaaaagaccatctcgacagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttAAGCg > 2:3135503‑M1/87‑91 (MQ=255) tCTTTACTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGAc < 2:2687148/91‑1 (MQ=255) ggcatttttaataaaaagaccatctcgacagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttAAGCGAc > 1:2789267‑M1/85‑91 (MQ=255) gcatttttaataaaaagaccatctcgacagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttAAGCGAcc < 2:2280016‑M1/8‑1 (MQ=255) gcatttttaataaaaagaccatctcgacagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttAAGCGAcc > 2:3079719‑M1/84‑91 (MQ=255) cTTTACTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGAcc < 2:3462024/91‑1 (MQ=255) catttttaataaaaagaccatctcgacagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataactcaagttAAGCGACCt < 2:850847‑M1/9‑1 (MQ=255) tACTCATCGTCGACCACAACAATTATTGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAg < 1:3621040/91‑1 (MQ=255) tACTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAg < 2:23489/91‑1 (MQ=255) tACTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAg < 1:1660826/91‑1 (MQ=255) cTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTg < 2:2312822/91‑1 (MQ=255) cTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTg < 2:3326851/91‑1 (MQ=255) cATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGaa > 2:3548808/1‑91 (MQ=255) aTCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAAc < 1:2578384/91‑1 (MQ=255) tcgtcgACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACa < 1:2165612/91‑1 (MQ=255) aCCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGAc > 2:895427/1‑91 (MQ=255) aCCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGAc > 1:3706320/1‑91 (MQ=255) gaccatctcgacagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttAAGCGACCTAGTGAACAATTGACa > 1:1409797‑M1/68‑91 (MQ=255) gaccatctcgacagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttAAGCGACCTAGTGAACAATTGACa > 2:1271268‑M1/68‑91 (MQ=255) ccACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACa > 2:2430480/1‑91 (MQ=255) ccACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACAATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACa > 1:3294765/1‑91 (MQ=255) cacaACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACat > 1:188010/1‑91 (MQ=255) cacaACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACat > 1:3500384/1‑91 (MQ=255) acaacaATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACata > 2:1347886/1‑91 (MQ=255) aacaaTTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACatata > 1:2299841/1‑91 (MQ=255) acaaTTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACatatat > 1:996800/1‑91 (MQ=255) caaTTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATc > 1:1022253/1‑91 (MQ=255) cgacagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCca > 2:2491894‑M1/60‑91 (MQ=255) aTTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCca < 1:433067/91‑1 (MQ=255) aTTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCca > 1:943857/1‑91 (MQ=255) ttAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGACCACCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGaa < 2:1521718/73‑1 (MQ=255) gacagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttaa < 2:863497‑M1/2‑1 (MQ=255) gacagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttaa > 1:863497‑M1/59‑60 (MQ=255) gacagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttAAGTGACCTAGTGAACAATTGACATATATCcac > 2:183148‑M1/59‑91 (MQ=255) aaTGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAg < 2:493866/91‑1 (MQ=255) aaTGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAg > 2:364804/1‑91 (MQ=255) agcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAgg > 2:3646907‑M1/56‑91 (MQ=255) tgatgaATAAAGGTGCTTTTTTTTATATATTATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGt > 2:2879223/1‑91 (MQ=255) tgatgaATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGt > 1:67511/1‑91 (MQ=255) cgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTc > 1:2957385‑M1/54‑91 (MQ=255) gcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCg > 2:1740107‑M1/53‑91 (MQ=255) atgaATAAAGGTGGTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACGATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCg < 1:3871866/91‑1 (MQ=255) tgaATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGc < 1:538796/91‑1 (MQ=255) aaTAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGctt > 2:2410447/1‑91 (MQ=255) aTAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGctta < 2:3014826/91‑1 (MQ=255) tAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGcttaa > 2:197576/1‑91 (MQ=255) aaaGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGcttaac > 1:1503612/1‑91 (MQ=255) aaGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGcttaact < 1:2425/91‑1 (MQ=255) aGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGcttaactt < 2:3767858/91‑1 (MQ=255) ggTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGcttaactta > 1:2638041/1‑91 (MQ=255) gTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGcttaacttaa > 1:1078196/1‑91 (MQ=255) tGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAg < 1:3372647/91‑1 (MQ=255) tGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAg < 1:2910946/91‑1 (MQ=255) tGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACCATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAg > 2:3813919/1‑91 (MQ=255) gCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGt < 2:2086659/91‑1 (MQ=255) cTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGtt > 2:1460308/1‑91 (MQ=255) ttttGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTtat < 2:756431/91‑1 (MQ=255) tttGTTATACATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAATCTACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGCTCGCTTAACTTAAGTtata < 1:3694517/91‑1 (MQ=255) ttGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTatat > 1:2815483/1‑91 (MQ=255) tGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATAtt < 1:1679871/91‑1 (MQ=255) gTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTg > 1:1562105/1‑91 (MQ=255) gTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTg > 1:2765918/1‑91 (MQ=255) ataGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTa > 2:1747198/1‑91 (MQ=255) ataGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTa > 1:3087834/1‑91 (MQ=255) aGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGcttaacttaa > 1:2090515/1‑77 (MQ=255) aGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGt > 2:577809/1‑91 (MQ=255) tcatcGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGtt < 2:3223096/77‑1 (MQ=255) tcatcGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGtt > 1:3223096/1‑77 (MQ=255) atcGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGa > 1:319855/1‑91 (MQ=255) atcGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGa < 2:25968/91‑1 (MQ=255) tcGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGAt < 1:3591045/91‑1 (MQ=255) tcGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGAt < 1:1337189/91‑1 (MQ=255) cGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGAtt < 1:1891745/91‑1 (MQ=255) gACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTaa > 2:1842865/1‑91 (MQ=255) gACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTaa < 1:1518913/91‑1 (MQ=255) aCAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCg > 1:2472734/1‑85 (MQ=255) aCAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAAt > 2:3872719/1‑91 (MQ=255) aCAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAAt < 1:2635177/91‑1 (MQ=255) aCAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAAt > 1:2349220/1‑91 (MQ=255) cAATTTACTGTAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAAtt < 1:3718670/91‑1 (MQ=255) cAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAAtt < 1:1763160/91‑1 (MQ=255) cAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAAtt > 1:2202179/1‑91 (MQ=255) aTTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGa < 2:2467705/91‑1 (MQ=255) tttACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGAt < 2:3514954/91‑1 (MQ=255) aCTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGa > 1:7251/1‑91 (MQ=255) tataGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACt < 1:419985/91‑1 (MQ=255) ataGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACtc < 1:3874747/91‑1 (MQ=255) ataGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACtc < 2:516769/91‑1 (MQ=255) taGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACtca < 2:1613620/91‑1 (MQ=255) aaaaGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCAtt < 2:1213018/91‑1 (MQ=255) aaaGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCAttt > 1:755428/1‑91 (MQ=255) AAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCAtttt < 2:1086032‑M1/91‑1 (MQ=255) | AAAGCATCTTTACTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTT > USA300TCH1516_ALE/494062‑494242 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |