| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 518607 | 161 (0.850) | 14 (0.080) | 8/142 | NT | 8.0% | intergenic (+6675/‑88) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 518622 | 180 (1.070) | intergenic (+6690/‑73) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase | |||||
ACTGCTGTTTTTAGATTTTATGTCTAATATCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/518509‑518607‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agtaacactTCTTTGACAAAAGTTAGTGTTACTTATGCAATAGCTTGTCTATTGTATAATAATTAATTTCCTTTTTGTACTTCGATTTAAAAGATAT < USA300TCH1516_ALE/518622‑518535 ACTGCTGTTTTTAGATTTTATGTCTAATATCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAA > 1:844972/1‑91ACTGCTGTTTTTAGATTTTATGTCTAATATCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAA > 1:844139/1‑91 TGCTGTTTTTAGATTTTATGTCTAATATCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGT > 1:2241771/1‑91 TGCTGTTTTTAGATTTTATGTCTAATATCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGT > 1:2241937/1‑91 GCTGTTTTTAGATTTTATGTCTAATATCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGTATAAtaa < 2:1367413/91‑4 TGTTTTTAGATTTTATGTCTAATATCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAAC < 2:2245562/91‑1 TGTTTTTAGATTTTATGTCTAATATCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAAC > 1:3843902/1‑91 TTTTTAGATTTTATGTCTAATATCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGCCAAGCTATTGCATAAGTAACAC > 2:3132851/1‑91 TTTTTAGATTTTATGTCTAATATCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACAC < 1:71703/91‑1 TTTTAGATTTTATGTCTAATATCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACT < 1:1138022/91‑1 TTTTAGATTTTATGTCTAATATCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACT < 2:3196512/91‑1 TTTTAGATTTTATGTCTAATATCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACT < 1:837359/91‑1 TTTTAGATTTTATGTCTAATATCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACT < 2:3145082/91‑1 TTTTAGATTTTATGTCTAATATCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACT < 1:376931/91‑1 AATATCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACTTCTTTGACAAAAGTTAG < 2:268017/91‑1 atagCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACTTCTTTGACAAAAGTTAGT < 1:3494091/87‑1 ATATCATTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACTTCTTTGACAAAAGTTAGT < 2:72602/91‑1 ATAGCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACTTCTTTGACAAAAGTTAGT < 1:3494683/91‑1 TATCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACTTCTTTGACAAAAGTTAGTG < 1:583262/91‑1 TATCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACTTCTTTGACAAAAGTTAGTG < 2:1576885/91‑1 ATCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACTTCTTTGACAAAAGTTAGTGT < 1:2463071/91‑1 CTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACTTCTTTGACAAAAGTTAGTGTTA < 1:2813351/91‑1 CTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACTTCTTTGACAAAAGTTAGTGTTA < 2:2090379/91‑1 TTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACTTCTTTGACAAAAGTTAGTGTTACT < 1:2162493/91‑1 TAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACTTCTTTGACAAAAGTTAGTGTTACTTA < 2:314680/91‑1 tagtGAAATACAAAAAGGAAATTAATTATTATACGATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACTTCTTTGATAAAAGGTAGTGTTACTTATG < 2:522401/87‑1 AATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACTTCTTTGATAAAAGTTAGTGTTACTTATGCAATAGCTTGTCTATTGTATAATAATTAATTTCC < 2:3684191/91‑1 TGCATAAGTAACACTTCTTTGACAAAAGTTAGTGTTACTTATGCAATAGCTTGTCTATTGTATAATAATTAATTTCCTTTTTGTACTTCGA < 2:774092/91‑1 AGTAACACTTCTTTGACAAAAGTTAGTGTTACTTATGCAATAGCTTGTCTATTGTATAATAATTAATTTCCTTTTTGTACTTCGATTTAAA < 2:1369556/91‑1 AGTAACACTTCTTTGACAAAAGTTAGTGTTACTTATGCAATAGCTTGTCTATTGTATAATAATTAATTTCCTTTTTGTACTTCGATTTAAA < 2:2848079/91‑1 AGTAACACTTCTTTGACAAAAGTTAGTGTTACTTATGCAATAGCTTGTCTACTGTATAATAATTAATTTCCTTTTTGTACTTCGACTTAAA > 1:3612262/1‑91 GTAACACTTCTTTGACAAAAGTTAGTGTTACTTATGCAATAGCTTGTCTATTGTATAATAATTAATTTCCTTTTTGTACTTCGATTTAAAA < 1:2909131/91‑1 GTAACACTTCTTTGACAAAAGTTAGTGTTACTTATGCAATAGCTTGTCTATTGTATAATAATTAATTTCCTTTTTGTACTTCGATTTAAAA < 1:2909105/91‑1 GTAACACTTCTTTGACAAAAGTTAGTGTTACTTATGCAATAGCTTGTCTATTGTATAATAATTAATTTCCTTTTTGTACTTCGATTTAAAA < 1:2909754/91‑1 TAACACTTCTTTGACAAAAGTTAGTGTTACTTATGCAATAGCTTGTCTATTGTATAATAATTAATTTCCTTTTTGTACTTCTATTTAAAAG > 2:183685/1‑91 TAACACTTCTTTGACAAAAGTTAGTGTTACTTATGCAATAGCTTGTCTATTGTATAATAATTAATTTCCTTTTTGTACTTCTATTTAAAAG > 2:185021/1‑91 TAACACTTCTTTGACAAAAGTTAGTGTTACTTATGCAATAGCTTGTCTATTGTATAATAATTAATTTCCTTTTTGTACTTCGATTTAAAAG > 2:988370/1‑91 TAACACTTCTTTGACAAAAGTTAGTGTTACTTATGCAATAGCTTGTCTATTGTATAATAATTAATTTCCTTTTTGTACTTCGATTTAAAAG > 1:1161733/1‑91 TAACACTTCTTTGACAAAAGTTAGTGTTACTTATGCAATAGCTTGTCTATTGTATAATAATTAATTTCCTTTTTGTACTTCGATTTAAAAG > 2:2167255/1‑91 AACACTTCTTTGACAAAAGTTAGTGTTACTTATGCAATAGCTTGTCTATTGTATAATAATTAATTTCCTTTTTGTACTTCGATTTAAAAGA < 2:1193317/91‑1 AACACTTCTTTGACAAAAGTTAGTGTTACTTATGCAATAGCTTGTCTATTGTATAATAATTAATTTCCTTTTTGTACTTCGATTTAAAAGA < 2:967455/91‑1 AACACTTCTTTGACAAAAGTTAGTGTTACTTATGCAATAGCTTGTCTATTGTATAATAATTAATTTCCTTTTTGTACTTCGATTTAAAAGA > 1:2190670/1‑91 CACTTCTTTGACAAAAGTTAGTGTTACTTATGCAATAGCTTGTCTATTGTATAATAATTAATTTCCTTTTTGTACTTCGATTTAAAAGATA < 2:2151743/91‑1 CACTTCTTTGACAAAAGTTAGTGTTACTTATGCAATAGCTTGTCTATTGTATAATAATTAATTTCCTTTTTGTACTTCGATTTAAAAGATA > 2:1322939/1‑91 CACTTCTTTGACAAAAGTTAGTGTTACTTATGCAATAGCTTGTCTATTGTATAATAATTAATTTCCTTTTTGTACTTCGATTTAAAAGATA > 1:3548550/1‑91 CACTTCTTTGACAAAAGTTAGTGTTACTTATGCAATAGCTTGTCTATTGTATAATAATTAATTTCCTTTTTGTACTTCGATTTAAAAGATA > 1:3468945/1‑91 ACTTCTTTGACAAAAGTTAGTGTTACTTATGCAATAGCTTGTCTATTGTATAATAATTAATTTCCTTTTTGTACTTCGATTTAAAAGATAT > 2:1665262/1‑91 ACTGCTGTTTTTAGATTTTATGTCTAATATCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/518509‑518607‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agtaacactTCTTTGACAAAAGTTAGTGTTACTTATGCAATAGCTTGTCTATTGTATAATAATTAATTTCCTTTTTGTACTTCGATTTAAAAGATAT < USA300TCH1516_ALE/518622‑518535 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |