| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 518607 | 161 (0.850) | 14 (0.080) | 8/142 | NT | 8.0% | intergenic (+6675/‑88) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 518622 | 180 (1.070) | intergenic (+6690/‑73) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase | |||||
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
TTTTAGATTTTATGTCTAATATCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACTAACTTTTGTCAAAGAAGTGTTACTATATAATTAATACTTTTGAAAGTAACTAATTCCAAAACAGTGTAAATAAAGGAAGCGTATATCATG > USA300TCH1516_ALE/518517‑518697 | ttttAGATTTTATGTCTAATATCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACT < 1:376931‑M1/91‑1 (MQ=255)ttttAGATTTTATGTCTAATATCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACT < 2:3196512‑M1/91‑1 (MQ=255)ttttAGATTTTATGTCTAATATCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACT < 2:3145082‑M1/91‑1 (MQ=255) aGATTTTATGTCTAATATCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACTAACt > 2:1534782/1‑91 (MQ=255) aGATTTTATGTCTAATATCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACTAACt < 2:2750103/91‑1 (MQ=255) gATTTTATGTCTAATATCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACTAACtt > 2:307562/1‑91 (MQ=255) 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cacTAACTTTTGTCAAAGAagtgttacttatgcaatagcttgtctattgtataataattaatttcctttttgtacttcgatttaaaagata < 2:1576885‑M2/91‑73 (MQ=255) cacTAACTTTTGTCAAAGAagtgttacttatgcaatagcttgtctattgtataataattaatttcctttttgtacttcgatttaaaagata < 1:583262‑M2/91‑73 (MQ=255) acTtctttgacaaaagttagtgttacttatgcaatagcttgtctattgtataataattaatttcctttttgtacttcgatttaaaagatat > 2:1665262‑M1/1‑3 (MQ=255) acTAACTTTTGTCAAAGAAGTGTTACTATATAATTAATACTTTTGAAAGTAACTAATTCCAAAACAGTGTAAATAAAGGAAGCGTATATCa < 1:3572502/91‑1 (MQ=255) cTAACTTTTGTCAAAGAagtgttacttatgcaatagcttgtctattgtataataattaatttcctttttgtacttcgatttaaaagatatt < 2:268017‑M2/91‑75 (MQ=255) | TTTTAGATTTTATGTCTAATATCTTTTAAATCGAAGTACAAAAAGGAAATTAATTATTATACAATAGACAAGCTATTGCATAAGTAACACTAACTTTTGTCAAAGAAGTGTTACTATATAATTAATACTTTTGAAAGTAACTAATTCCAAAACAGTGTAAATAAAGGAAGCGTATATCATG > USA300TCH1516_ALE/518517‑518697 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |