| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 598632 = | 200 (1.050) | 12 (0.080) | 8/124 | NT | 8.4% | intergenic (+181/+101) | tuf/yxeP_2 | Elongation factor Tu/putative hydrolase YxeP |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 598687 = | 107 (0.730) | intergenic (+236/+46) | tuf/yxeP_2 | Elongation factor Tu/putative hydrolase YxeP | |||||
ATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/598724‑598632‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑actttgaagggagcatttCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAA > USA300TCH1516_ALE/598687‑598776 ATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCAT > 2:1213763/1‑91ATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCAT < 1:1827212/91‑1ATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCAT < 1:1827128/91‑1 TTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAGACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATT < 1:3113786/91‑1 TTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATT > 2:689967/1‑91 TTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATT > 1:43873/1‑91 TAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTT < 1:1110722/91‑1 TCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCA > 1:1069543/1‑91 CTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATG > 1:255863/1‑91 TTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTCAATGC > 2:3138491/1‑91 TTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGC > 2:1201120/1‑91 AAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAA > 1:1852772/1‑91 AGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAAT > 1:3382646/1‑91 AGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAAT > 2:3683618/1‑91 GTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATT > 2:889780/1‑91 GTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATT > 1:31485/1‑91 AGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTG > 1:1777395/1‑91 AGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTG > 2:2119436/1‑91 GACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGT > 2:2309475/1‑91 TTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATT > 2:3347865/1‑91 TTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATT > 2:3209760/1‑91 TTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATT > 2:3210331/1‑91 TTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTC < 1:1768733/91‑1 TGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCT < 1:3158887/91‑1 TGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCT < 2:90137/91‑1 TGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCT < 1:565575/91‑1 TGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAACTAATTTAAATGCTTAATTCGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCT > 2:3602993/1‑91 GAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTA < 1:2302490/91‑1 GAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTA < 1:1611449/91‑1 GAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTA > 1:289696/1‑91 GAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTA > 2:753984/1‑91 AAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTAT < 2:641715/91‑1 AAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTAT < 2:1577914/91‑1 AAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTAT > 1:1133299/1‑91 GGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGA > 2:3578565/1‑91 GGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGA < 1:3539861/91‑1 GGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCTGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGAT < 1:3599261/91‑1 GGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGAT > 2:3274138/1‑91 GAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATT > 2:675668/1‑91 GAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATT > 1:1842782/1‑91 GAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATT < 1:1975514/91‑1 GAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATT > 1:2231227/1‑91 AGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTT > 1:2099121/1‑91 AGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTT > 1:2251127/1‑91 AGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTT > 1:2885177/1‑91 AGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTT > 1:3209956/1‑91 AGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTT < 1:67405/91‑1 GCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTT < 2:2335363/91‑1 GCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTT > 1:2930953/1‑91 GCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTT < 2:1413909/91‑1 GCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTT < 2:1430033/91‑1 GCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTT < 2:2335132/91‑1 CATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTT > 2:3138277/1‑91 CATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTT > 2:2643505/1‑91 CATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTT < 1:1977760/91‑1 ATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTA > 2:2732548/1‑91 TTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAA > 2:1378214/1‑91 TTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAA > 2:1334180/1‑91 TTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAA > 2:3274647/1‑91 TTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAA > 2:3176737/1‑91 TTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAA > 2:306249/1‑91 TTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAA > 2:306063/1‑91 TCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAA > 1:661890/1‑91 TCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAA > 2:696692/1‑91 ATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/598724‑598632‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑actttgaagggagcatttCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAA > USA300TCH1516_ALE/598687‑598776 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |