| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 646656 = | 224 (1.180) | 23 (0.140) | 10/140 | NT | 11.5% | intergenic (+10/‑577) | lipL/galK | Octanoyl‑[GcvH]:protein N‑octanoyltransferase/Galactokinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 646692 = | 159 (0.960) | intergenic (+46/‑541) | lipL/galK | Octanoyl‑[GcvH]:protein N‑octanoyltransferase/Galactokinase | |||||
ATGATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/646755‑646656‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggggctgttaTTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGATGGA > USA300TCH1516_ALE/646692‑646781 ATGATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAG > 2:3857501/1‑91ATGATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAG > 2:2415248/1‑91 TGATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGG > 2:527474/1‑91 TGATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGG > 2:527427/1‑91 TGATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGG > 2:527356/1‑91 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AATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTA < 1:3534230/91‑1 AATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTA < 2:1278312/91‑1 AATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTA < 1:76076/91‑1 TTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATA > 2:854602/1‑91 TAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATT > 1:3824356/1‑91 ACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGA > 1:1224213/1‑91 CAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAA > 2:370710/1‑91 AGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAAC > 2:389616/1‑91 AGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAAC > 1:2520389/1‑91 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GTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGAT > 1:223335/1‑91 ATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGATGGA < 1:95122/91‑1 ATGATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/646755‑646656‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggggctgttaTTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGATGGA > USA300TCH1516_ALE/646692‑646781 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |