| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 646656 = | 224 (1.180) | 23 (0.140) | 10/140 | NT | 11.5% | intergenic (+10/‑577) | lipL/galK | Octanoyl‑[GcvH]:protein N‑octanoyltransferase/Galactokinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 646692 = | 159 (0.960) | intergenic (+46/‑541) | lipL/galK | Octanoyl‑[GcvH]:protein N‑octanoyltransferase/Galactokinase | |||||
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
CAAGAAGAATGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATT > USA300TCH1516_ALE/646566‑646746 | cAAGAAGAATGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATAttt < 2:3334917/91‑1 (MQ=255) aagaagAATGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTa > 2:3030441/1‑91 (MQ=255) aagaagAATGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTa > 1:1492780/1‑91 (MQ=255) aagaagAATGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTa > 2:2582198/1‑91 (MQ=255) aagaaTGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACa < 2:2786073/91‑1 (MQ=255) catatcattacttttaatttaatgatgttcaatgtaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAg > 1:3452047‑M1/86‑91 (MQ=255) gaaTGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGc < 1:517259/91‑1 (MQ=255) gaaTGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGc < 2:3006386/91‑1 (MQ=255) gaaTGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGc < 2:1169145/91‑1 (MQ=255) atatcattacttttaatttaatgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGc < 2:926053‑M1/7‑1 (MQ=255) tatcattacttttaatttaatgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGcc < 1:1558380‑M1/8‑1 (MQ=255) aaTGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGcc > 2:2557863/1‑91 (MQ=255) aTGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTGACAGccc > 1:1936075/1‑91 (MQ=255) ggCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCt > 1:1885650/1‑91 (MQ=255) 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atacgatacgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGt < 1:818781/91‑1 (MQ=255) cgatacgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTAt < 1:267048/91‑1 (MQ=255) cgatacgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTAt > 2:722773/1‑91 (MQ=255) cgatacgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTAt > 1:2126031/1‑91 (MQ=255) gatacgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATc < 1:295337/91‑1 (MQ=255) atacgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCg > 2:323949/1‑91 (MQ=255) ttaatgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatgtatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGt > 1:3271568‑M1/68‑91 (MQ=255) ttaatgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGt > 1:1401149‑M1/68‑91 (MQ=255) ttttGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTgggg < 1:390040/91‑1 (MQ=255) atgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTgggg > 2:2654879‑M1/62‑91 (MQ=255) atgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTgggg > 1:948225‑M1/62‑91 (MQ=255) atgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTgggg > 1:1263366‑M1/62‑91 (MQ=255) atgttcaatttaaatattaggtcaataacatatatatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTgggg > 1:3177498‑M1/62‑91 (MQ=255) tttGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGc > 2:238127/1‑91 (MQ=255) tgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGc > 2:3879098‑M1/61‑91 (MQ=255) tgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGc > 1:3590853‑M1/61‑91 (MQ=255) 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tAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTa > 1:2164512/1‑91 (MQ=255) tAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTa > 2:1050033/1‑91 (MQ=255) tAAAATGACTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGGCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTa < 2:3373537/91‑1 (MQ=255) aatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTa > 1:3824356‑M1/56‑91 (MQ=255) aaTGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTAttt < 1:298124/91‑1 (MQ=255) aTGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTAtttt < 2:2012057/91‑1 (MQ=255) aTGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTAtttt < 2:3788904/91‑1 (MQ=255) gATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTTGGGCTGTTATTTTTg < 1:3301590/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |