New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 646656 = | 224 (1.180) | 23 (0.140) | 10/140 | NT | 11.5% | intergenic (+10/‑577) | lipL/galK | Octanoyl‑[GcvH]:protein N‑octanoyltransferase/Galactokinase |
? | USA300TCH1516_ALE | 646692 = | 159 (0.960) | intergenic (+46/‑541) | lipL/galK | Octanoyl‑[GcvH]:protein N‑octanoyltransferase/Galactokinase |
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
AAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGATGGAA > USA300TCH1516_ALE/646602‑646782 | aaTGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTAttt < 1:298124/91‑1 (MQ=255) aTGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTAtttt < 1:2370138/91‑1 (MQ=255) aTGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTAtttt < 2:2012118/91‑1 (MQ=255) aTTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGa > 2:1653128/1‑91 (MQ=255) aTTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGa > 1:201849/1‑91 (MQ=255) aTTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGa < 1:70123/91‑1 (MQ=255) aTTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGATATTTTTGa > 1:3719925/1‑91 (MQ=255) gaaagaaaCAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAg > 2:227768/1‑91 (MQ=255) aagaaaCAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTa < 1:1891317/91‑1 (MQ=255) aagaaaCAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTa > 2:2627447/1‑91 (MQ=255) agaaaCAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTAt > 2:3823860/1‑91 (MQ=255) agaaaCAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTAt < 1:3286441/91‑1 (MQ=255) gaaaCAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATc > 2:2020855/1‑91 (MQ=255) gaaaCAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATc < 1:2729684/91‑1 (MQ=255) aaCAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCa < 2:2703941/91‑1 (MQ=255) cAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATa < 2:3263443/91‑1 (MQ=255) aaGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATaa > 2:1766768/1‑91 (MQ=255) aGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATaaa > 2:1293611/1‑91 (MQ=255) aGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATaaa > 1:2460106/1‑91 (MQ=255) aGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATaaa > 2:1445670/1‑91 (MQ=255) gAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATaaaa < 1:1277548/91‑1 (MQ=255) aaaaTGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATaaaaa > 2:105181/1‑91 (MQ=255) aaaTGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAg < 2:37218/91‑1 (MQ=255) aaTGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGc < 2:1500721/91‑1 (MQ=255) aaTGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGc < 2:1915916/91‑1 (MQ=255) aTGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCa > 2:494706/1‑91 (MQ=255) aTGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCa < 1:3340245/91‑1 (MQ=255) tGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCAt > 2:3685656/1‑91 (MQ=255) tGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCAt > 1:826250/1‑91 (MQ=255) aTAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATaa > 2:733675/1‑91 (MQ=255) tAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATaaa < 2:3468510/91‑1 (MQ=255) tAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATaaa < 1:2089276/91‑1 (MQ=255) aGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAat < 2:128268/91‑1 (MQ=255) gATCGAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAata < 1:3731196/91‑1 (MQ=255) gATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAata < 1:141533/91‑1 (MQ=255) aTCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAatat < 1:3030217/91‑1 (MQ=255) tCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTCTTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATg > 1:3177733/1‑91 (MQ=255) tCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATg < 2:3672525/91‑1 (MQ=255) aaaTGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGtt < 2:2828145/91‑1 (MQ=255) aTGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTAt > 1:1092390/1‑91 (MQ=255) tGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTAtt > 2:3602421/1‑91 (MQ=255) cAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGATAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGa > 2:1819065/1‑91 (MQ=255) cAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGa > 1:1750465/1‑91 (MQ=255) aaTAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGAc < 1:2356425/91‑1 (MQ=255) aaTAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGAc > 2:1330167/1‑91 (MQ=255) aGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTa > 2:2204692/1‑91 (MQ=255) 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ccccaaacgataacttgaaaggggctgttaTTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAAcat > 2:2654879‑M2/31‑91 (MQ=255) ccccaaacgataacttgaaaggggctgttaTTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAAcat > 1:43576‑M2/31‑91 (MQ=255) ccccaaacgataacttgaaaggggctgttaTTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCT‑ATATTTAAATTGAAcatc > 2:791686‑M2/31‑91 (MQ=255) CCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAAcat < 1:722847‑M1/91‑1 (MQ=255) CCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAAcatca > 1:1445670‑M1/1‑91 (MQ=255) CCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAAcatca > 2:527474‑M1/1‑91 (MQ=255) CTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAAcatcat > 2:2415248‑M1/1‑91 (MQ=255) tttCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCatt > 2:2398260/1‑91 (MQ=255) 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tgttaTTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAatgatatga > 1:1553782‑M2/6‑91 (MQ=255) tttttGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGATGGaa > 2:3757304/1‑91 (MQ=255) tttttGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGATGGaa < 1:2684545/91‑1 (MQ=255) tttttGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGATGGaa > 2:3488023/1‑91 (MQ=255) tttttGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGATGGaa > 1:1039823/1‑91 (MQ=255) tttttGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGATGGaa > 1:978627/1‑91 (MQ=255) | AAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGATGGAA > USA300TCH1516_ALE/646602‑646782 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |