| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 668580 = | 197 (1.030) | 15 (0.080) | 9/152 | NT | 7.7% | coding (565/1011 nt) | adh | Alcohol dehydrogenase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 668601 = | 172 (0.950) | coding (586/1011 nt) | adh | Alcohol dehydrogenase | |||||
CAACTGGATCAACATCTTTAGAATTAATAATAGCATCAGCACCTAATTCTTTCGCGAATGCTAATTTATCATCATTGATGTCGAAGGCAACAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/668673‑668580‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caatGATGATAAATTAGCATTCGCGAAAGAATTAGGTGCTGATGCTATTATTAATTCTAAAGATGTTGATCCAGTTGCAGAAGTTATGAAATTA > USA300TCH1516_ALE/668601‑668690 CAACTGGATCAACATCTTTAGAATTAATAATAGCATCAGCACCTAATTCTTTCGCGAATGCTAATTTATCATCATTGATGTCGAAGGCAAC < 2:2252538/91‑1CAACTGGATCAACATCTTTAGAATTAATAATAGCATCAGCACCTAATTCTTTCGCGAATGCTAATTTATCATCATTGATGTCGAAGGCAAC > 2:1918449/1‑91CAACTGGATCAACATCTTTAGAATTAATAATAGCATCAGCACCTAATTCTTTCGCGAATGCTAATTTATCATCATTGATGTCGAAGGCAAC > 1:1848865/1‑91CAACTGGATCAACATCTTTAGAATTAATAATAGCATCAGCACCTAATTCTTTCGCGAATGCTAATTTATCATCATTGATGTCGAAGGCAAC > 1:3803530/1‑91CAACTGGATCAACATCTTTAGAATTAATAATAGCATCAGCACCTAATTCTTTCGCGAATGCTAATTTATCATCATTGATGTCGAAGGCAAC > 1:3802662/1‑91CAACTGGATCAACATCTTTAGAATTAATAATAGCATCAGCACCTAATTCTTTCGCGAATGCTAATTTATCATCATTGATGTCGAAGGCAAC > 1:3802357/1‑91CAACTGGATCAACATCCTTAGAATTAATAATAGCATCAGCACCTAATTCTTTCGCGAATGCTAATTTATCATCATTGATGTCGAAGGCAAC < 1:1966276/91‑1 AACTGGATCAACATCTTTAGAATTAATAATAGCATCAGCACCTAATTCTTTCGCGAATGCTAATTTATCATCATTGATGTCGAAGGCAACA < 2:1249345/91‑1 ACTGGATCAACATCTTTAGAATTAATAATAGCATCAGCACCTAATTCTTTCGCGAATGCTAATTTATCATCATTGATGTCGAAGGCAACAA > 2:2577152/1‑91 ACTGGATCAACATCTTTAGAATTAATAATAGCATCAGCACCTAATTCTTTCGCGAATGCTAATTTATCATCATTGATGTCGAAGGCAACAA > 2:1347662/1‑91 ACTGGATCAACATCTTTAGAATTAATAATAGCATCAGCACCTAATTCTTTCGCGAATGCTAATTTATCATCATTGATGTCGAAGGCAACAA < 1:96026/91‑1 CTGGATCAACATCTTTAGAATTAATGATAGCATCAGCACCTAATTCTTTCGCGAATGCTAATTTATCATCATTGATGTCGAAGGCAACAAT < 1:2303603/91‑1 CTGGATCAACATCTTTAGAATTAATGATAGCATCAGCACCTAATTCTTTCGCGAATGCTAATTTATCATCATTGATGTCGAAGGCAACAAT < 1:2303801/91‑1 CTGGATCAACATCTTTAGAATTAATAATAGCATCAGCACCTAATTCTTTCGCGAATGCTAATTTATCATCATTGATGTCGAAGGCAACAAT < 1:1252814/91‑1 CTGGATCAACATCTTTAGAATTAATAATAGCATCAGCACCTAATTCTTTCGCGAATGCTAATTTATCATCATTGATGTCGAAGGCAACAAT < 2:2023434/91‑1 CTGGATCAACATCTTTAGAATTAATAATAGCATCAGCACCTAATTCTTTCGCGAATGCTAATTTATCATCATTGATGTCGAAGGCAACAAT < 1:3218733/91‑1 CTGGATCAACATCTTTAGAATTAATAATAGCATCAGCACCTAATTCTTTCGCGAATGCTAATTTATCATCATTGATGTCGAAGGCAACAAT > 1:1258517/1‑91 ATAATAGCATCAGCACCTAATTCTTTCGCGAATGCTAATTTATCATCATTGATGTCGAAGGCAACAATGATGATAAATTAGCATTCGCGAA > 1:29963/1‑91 ATAATAGCATCAGCACCTAATTCTTTCGCGAATGCTAATTTATCATCATTGATGTCGAAGGCAACAATGATGATAAATTAGCATTCGCGAA > 1:29942/1‑91 ATAATAGCATCAGCACCTAATTCTTTCGCGAATGCTAATTTATCATCATTGATGTCGAAGGCAACAATGATGATAAATTAGCATTCGCGAA > 1:29926/1‑91 ATAATAGCATCAGCACCTAATTCTTTCGCGAATGCTAATTTATCATCATTGATGTCGAAGGCAACAATGATGATAAATTAGCATTCGCGAA > 1:1623831/1‑91 GCGAATGCTAATTTATCATCATTGATGTCGAAGGCAACAATGATGATAAATTAGCATTCGCGAAAGAATTAGGTGCTGATGCTATTATTAA > 1:2840279/1‑91 ATCATCATTGATGTCGAAGGCAACAATGATGATAAATTAGCATTCGCGAAAGAATTAGGTGCTGATGCTATTATTAATTCTAAAGATGTTG > 1:3217981/1‑91 TCATCATTGATGTCGAAGGCAACAATGATGATAAATTAGCATTCGCGAAAGAATTAGGTGCTGATGCTATTATTAATTCTAAAGATGTTGA > 1:2004682/1‑91 CATCATTGATGTCGAAGGCAACAATGATGATAAATTAGCATTCGCGAAAGAATTAGGTGCTGATGCTATTATTAATTCTAAAGATGTTGAT > 2:265285/1‑91 CATCATTGATGTCGAAGGCAACAATGATGATAAATTAGCATTCGCGAAAGAATTAGGTGCTGATGCTATTATTAATTCTAAAGATGTTGAT > 2:1989436/1‑91 CATCATTGATGTCGAAGGCAACAATGATGATAAATTAGCATTCGCGAAAGAATCAGGTGCTGATGCTATTATTAATTCTAAAGATGTTGtt > 2:611853/1‑89 ATCATTGATGTCGAAGGCAACAATGATGATAAATTAGCATTCGCGAAAGAATTAGGTGCTGATGCTATTATTAATTCTAAAGATGTTGATC > 1:885267/1‑91 ATTGATGTCGAAGGCAACAATGATGATAAATTAGCATTCGCGAAAGAATTAGGTGCTGATGCTATTATTAATTCTAAAGATGTTGATCCAG > 1:3031147/1‑91 GATGTCGAAGGCAACAATGATGATAAATTAGCATTCGCGAAAGAATTAGGTGCTGATGCTATTATTAATTCTAAAGATGTTGATCCAGTTG > 1:321818/1‑91 GATGTCGAAGGCAACAATGATGATAAATTAGCATTCGCGAAAGAATTAGGTGCTGATGCTATTATTAATTCTAAAGATGTTGATCCAGTTG > 1:1371329/1‑91 GTCGAAGGCAACAATGATGATAAATTAGCATTCGCGAAAGAATTAGGTGCTGATGCTATTATTAATTCTAAAGATGTTGATCCAGTTGCAG > 2:418992/1‑91 CAATGATGATAAATTAGCATTCGCGAAAGAATTAGGTGCTGATGCTATTATTAATTCTAAAGATGTTGATCCAGTTGCAGAAGTTATGAAA > 1:2085806/1‑91 CAATGATGATAAATTAGCATTCGCGAAAGAATTAGGTGCTGATGCTATTATTAATTCTAAAGATGTTGATCCAGTTGCAGAAGTTATGAAA < 2:2085806/91‑1 CAATGATGATAAATTAGCATTCGCGAAAGAATTAGGTGCTGATGCTATTATTAATTCTAAAGATGTTGATCCAGTTGCAGAAGTTATGAAA < 1:3544934/91‑1 CAATGATGATAAATTAGCATTCGCGAAAGAATTAGGTGCTGATGCTATTATTAATTCTAAAGATGTTGATCCAGTTGCAGAAGTTATGAAA < 2:1221069/91‑1 AATGATGATAAATTAGCATTCGCGAAAGAATTAGGTGCTGATGCTATTATTAATTCTAAAGATGTTGATCCAGTTGCAGAAGTTATGAAAT > 1:3243693/1‑91 AATGATGATAAATTAGCATTCGCGAAAGAATTAGGTGCTGATGCTATTATTAATTCTAAAGATGTTGATCCAGTTGCAGAAGTTATGAAAT > 1:604560/1‑91 ATGATGATAAATTAGCATTCGCGAAAGAATTAGGTGCTGATGCTATTATTAATTCTAAAGATGTTGATCCAGTTGCAGAAGTTATGAAATT < 2:2551366/91‑1 ATGATGATAAATTAGCATTCGCGAAAGAATTAGGTGCTGATGCTATTATTAATTCTAAAGATGTTGATCCAGTTGCAGAAGTTATGAAATT < 2:3470890/91‑1 ATGATGATAAATTAGCATTCGCGAAAGAATTAGGTGCTGATGCTATTATTAATTCTAAAGATGTTGATCCAGTTGCAGAAGTTATGAAATT < 2:3470963/91‑1 ATGATGATAAATTAGCATTCGCGAAAGAATTAGGTGCTGATGCTATTATTAATTCTAAAGATGTAGATCCAGTTGCAGAAGTTATGAAATT < 2:3470920/91‑1 ATGATGATAAAGTAGCATGCGCGAAAGAATTAGGTGCTGATGCTATTATTAATTCTAAAGATGTTGATCCAGTTGCAGAAGTTATGAAATT < 1:1192371/91‑1 TGATGATAAATTAGCATTCGCGAAAGAATTAGGTGCTGATGCTATTATTAATTCTAAAGATGTTGATCCAGTTGCGGAAGTTATGAAATTA < 2:212567/91‑1 TGATGATAAATTAGCATTCGCGAAAGAATTAGGTGCTGATGCTATTATTAATTCTAAAGATGTTGATCCAGTTGCAGAAGTTATGAAATTA < 2:212549/91‑1 TGATGATAAATTAGCATTCGCGAAAGAATTAGGTGCTGATGCTATTATTAATTCTAAAGATGTTGATCCAGTTGCAGAAGTTATGAAATTA < 2:1252814/91‑1 CAACTGGATCAACATCTTTAGAATTAATAATAGCATCAGCACCTAATTCTTTCGCGAATGCTAATTTATCATCATTGATGTCGAAGGCAACAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/668673‑668580‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caatGATGATAAATTAGCATTCGCGAAAGAATTAGGTGCTGATGCTATTATTAATTCTAAAGATGTTGATCCAGTTGCAGAAGTTATGAAATTA > USA300TCH1516_ALE/668601‑668690 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |