| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 671388 = | 211 (1.110) | 11 (0.070) | 8/140 | NT | 6.1% | intergenic (+13/‑375) | argS/nth_1 | Arginine‑‑tRNA ligase/Endonuclease III |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 671434 = | 152 (0.910) | intergenic (+59/‑329) | argS/nth_1 | Arginine‑‑tRNA ligase/Endonuclease III | |||||
TCTTAACCTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/671487‑671388‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gttggagtgtTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCATAAGA > USA300TCH1516_ALE/671434‑671523 TCTTAACCTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACG < 2:2414176/91‑1TCTTAACCTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACG < 2:1325162/91‑1TCTTAACCTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACG < 1:2608375/91‑1 CTTAACCTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGT < 2:2492665/91‑1 CTTAACCTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGT > 1:380459/1‑91 CTTAACCTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGT < 2:2200248/91‑1 TAACCTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTG > 1:3325559/1‑91 AACCTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGG < 2:2544528/91‑1 AACCTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGG < 2:2262052/91‑1 CCTTATTCACATACTAAGCATTGCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAG < 2:3123083/91‑1 CTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGT > 2:471657/1‑91 CTTATTCACATACTAAGCATTACCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGT > 2:1579687/1‑91 TTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTG < 2:380459/91‑1 TTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTG > 1:1485584/1‑91 TTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTG < 1:2979594/91‑1 AAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATG > 1:2638439/1‑91 AAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAA > 1:194383/1‑91 ACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATA > 1:1472189/1‑91 CACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAA > 2:91461/1‑91 CACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATACTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAA > 1:3601347/1‑91 ACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAG > 1:606214/1‑91 ACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAG > 1:2458842/1‑91 CCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTT > 2:2563939/1‑91 CCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTT > 2:167115/1‑91 ACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAG > 2:984987/1‑91 CTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGT < 2:194383/91‑1 GTTGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAAC < 2:1512867/91‑1 GTTGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAAC > 1:1519185/1‑91 GTTGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAAC < 2:3143249/91‑1 GTTGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATGGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAAC < 2:2611615/91‑1 TTGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACT < 1:1302275/91‑1 TGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTG > 2:2082176/1‑91 TGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTG < 1:1408131/91‑1 TGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTG < 2:622089/91‑1 TGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTG < 2:621912/91‑1 GGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGC < 1:1830634/91‑1 GAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCA > 2:2232770/1‑91 GAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCA < 1:1171204/91‑1 AGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCAT < 2:581628/91‑1 AGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCAT < 1:2946183/91‑1 AGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTCAGTATGTGAATAACGTTAAGAGGAACATAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCAT > 1:3611878/1‑91 GTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCATA < 1:112467/91‑1 GTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCATA < 1:2031071/91‑1 GTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCATA < 1:111673/91‑1 GTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCATAtt > 2:2231029/1‑89 GTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCATAAG < 2:2621209/91‑1 GTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCATAAG < 2:486831/91‑1 GTTCTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGACTGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCATAAG < 1:3123083/91‑1 TTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCATAAGA > 1:3438681/1‑91 TTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCATAAGA < 1:2710545/91‑1 TTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCATAAGA > 2:624663/1‑91 TTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCATAAGA > 1:1870907/1‑91 TTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAACGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGCTGGATGCTCTGCACAACTGCATAAGA > 2:14587/1‑91 TCTTAACCTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/671487‑671388‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gttggagtgtTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCATAAGA > USA300TCH1516_ALE/671434‑671523 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |