| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 681130 = | 171 (0.900) | 34 (0.210) | 18/136 | NT | 20.7% | intergenic (‑200/+8) | USA300HOU_RS03280/USA300TCH1516_00615 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 681182 = | 115 (0.710) | coding (310/354 nt) | USA300TCH1516_00615 | hypothetical protein | |||||
TAAATCGAGTGAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/681231‑681130‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttaatataggttCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAATTTGTTTAA > USA300TCH1516_ALE/681182‑681271 TAAATCGAGTGAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAAT < 1:3688450/91‑1TAAATCGAGTGAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAAT < 1:1158258/91‑1TAAATCGAGTGAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAAT < 1:1247865/91‑1TAAATCGAGTGAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAAT < 1:3688451/91‑1 AAATCGAGTGAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATT > 1:1655707/1‑91 AAATCGAGTGAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATT < 1:2611417/91‑1 AAATCGAGTGAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATT > 1:2210469/1‑91 AAATCGAGTGAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATT < 1:2611418/91‑1 AAATCGAGTGAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATT > 1:1655087/1‑91 AAATCGAGTGAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATT > 1:3624570/1‑91 AAATCGAGTGAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATT < 2:3093475/91‑1 TCGAGTGAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAAT < 1:1338982/91‑1 TCGAGTGAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAAT > 1:3001831/1‑91 TCGAGTGAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAAT > 1:3001029/1‑91 CGAGTGAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATA > 2:2300902/1‑91 GAGTGAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATAT < 2:168191/91‑1 GAGTGAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATAT < 1:2596761/91‑1 TGAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGG > 1:1779830/1‑91 TGAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATA > 1:1294492/1‑89 TGAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATA < 2:1294492/89‑1 GAGGCAATGCTAACGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAATCCGTCAATCAATATAGGT > 2:1183961/1‑91 GAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGT > 1:292600/1‑91 GAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGT > 1:14455/1‑91 GAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGT > 1:14048/1‑91 GAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGT < 1:306584/91‑1 AGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCATTTAATATAGGTT > 2:1005497/1‑91 AGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTT < 2:2981775/91‑1 AGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTT < 2:3633364/91‑1 AGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTT > 2:2295140/1‑91 AGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTT > 2:250633/1‑91 TGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAAT > 1:372330/1‑91 TGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAAT > 1:372356/1‑91 TGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATT > 1:3678776/1‑91 TGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTC > 1:3462502/1‑91 TGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTC > 1:988844/1‑91 TGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTC > 1:2919424/1‑91 GAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCC > 1:3843244/1‑91 GAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCC > 1:3843627/1‑91 AACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCT > 2:1396503/1‑91 AACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCT > 1:2754551/1‑91 AACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCT > 1:2753885/1‑91 AACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCT > 1:2753884/1‑91 AACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCT > 2:2889152/1‑91 ACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTC > 1:719421/1‑91 ACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTC > 1:718839/1‑91 TATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACT > 1:3582445/1‑91 TATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACT > 2:3410604/1‑91 TATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACT > 1:1736740/1‑91 TATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCG > 2:3530325/1‑91 TATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCG > 1:3569273/1‑91 ATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGA > 2:83404/1‑91 TTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGAT > 2:14924/1‑91 TTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGAT > 2:2608789/1‑91 TTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGAT > 2:544142/1‑91 TAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATT > 2:2268922/1‑91 TAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATT > 2:3166463/1‑91 AAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTT > 2:2407780/1‑91 ACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGT > 2:1909048/1‑91 ACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGT > 1:2896286/1‑91 CTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTA > 2:280494/1‑86 CTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTA < 1:280494/86‑1 TGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAA > 1:2156072/1‑91 GTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAAT > 2:3061115/1‑91 TGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATA > 1:106975/1‑91 TTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATT < 2:1196493/91‑1 TTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATT < 2:1195828/91‑1 TTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATT < 2:2448203/91‑1 TAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTA > 2:1261393/1‑91 TAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTA > 2:1261346/1‑91 TAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTA > 1:2530552/1‑91 TAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTA > 1:2276655/1‑91 TAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTA > 1:2243594/1‑91 AATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAA > 1:3749020/1‑91 AATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAA < 1:3663130/91‑1 AATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAA < 2:1140145/91‑1 AATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAA < 2:3073435/91‑1 ATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAAT < 1:1071846/91‑1 ATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAAT > 1:1141997/1‑91 ATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAAT > 1:882702/1‑91 TATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAATT < 1:2733384/91‑1 TATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAATT > 2:3284242/1‑91 ATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAATTT < 1:3855533/91‑1 ATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAATTT < 2:3491234/91‑1 TAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAATTTG < 1:184410/91‑1 AGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAATTTGT < 2:2491158/91‑1 AGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAATTTGT < 2:978027/91‑1 AGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAATTTGT > 1:2339964/1‑91 AGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAATTTGT > 2:2580543/1‑91 GGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAATTTGTT > 2:290997/1‑91 GGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGCTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAATTTGTT > 2:3213691/1‑91 GGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGCTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAATTTGTT > 2:2219166/1‑91 GTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAATTTGTTT > 2:1761294/1‑91 TTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAATTTGTTTA < 2:3554768/91‑1 TCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAATTTGTTTAA > 1:279906/1‑91 TCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAATTTGTTTAA < 2:3021728/91‑1 TCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAACATCATTCGAGGCCGTGCATTAATTTGTTTAA < 1:3138031/91‑1 TAAATCGAGTGAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/681231‑681130‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttaatataggttCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAATTTGTTTAA > USA300TCH1516_ALE/681182‑681271 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |