| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 681130 = | 171 (0.900) | 34 (0.210) | 18/136 | NT | 20.7% | intergenic (‑200/+8) | USA300HOU_RS03280/USA300TCH1516_00615 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 681182 = | 115 (0.710) | coding (310/354 nt) | USA300TCH1516_00615 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
TGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAATTTGTTTAAC > USA300TCH1516_ALE/681092‑681272 | tgtcctTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTc < 2:3563859/91‑1 (MQ=255) gtcctTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTca < 2:2241641/91‑1 (MQ=255) gtcctTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTca < 2:1124588/91‑1 (MQ=255) gaaatgctaaagtaccatgtaagcacacaaaattgtgAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTca > 1:3462502‑M1/38‑91 (MQ=255) cctTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTcaca > 2:2736539/1‑91 (MQ=255) aatgctaaagtaccatgtaagcacacaaaattgtgAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTcaca > 1:3678776‑M1/36‑91 (MQ=255) ttCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAAt > 2:1582954/1‑91 (MQ=255) tgctaaagtaccatgtaagcacacaaaattgtgaacctatattaaatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttCACAAt > 1:372356‑M2/86‑91 (MQ=255) tgctaaagtaccatgtaagcacacaaaattgtgaacctatattaaatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttCACAAt > 1:372330‑M2/86‑91 (MQ=255) ccGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAAttt > 2:2115796/1‑91 (MQ=255) ccGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAAttt < 1:1090860/91‑1 (MQ=255) cgcTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTtgt < 1:3277180/91‑1 (MQ=255) cgcTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTtgt > 2:487867/1‑91 (MQ=255) cgcTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTtgt < 1:2736539/91‑1 (MQ=255) gcTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTtgtg > 1:375131/1‑91 (MQ=255) ttGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCtt > 1:1717113/1‑91 (MQ=255) tGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTa > 1:2651545/1‑91 (MQ=255) aaaCCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACAt < 2:147745/91‑1 (MQ=255) aaaCCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACAt > 1:300719/1‑91 (MQ=255) aCCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATgg < 1:1862798/91‑1 (MQ=255) aCCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATgg > 1:3795839/1‑91 (MQ=255) aCCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATgg < 1:1861522/91‑1 (MQ=255) ccATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGt > 2:2946429/1‑91 (MQ=255) cATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTACTATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTa > 1:1409103/1‑91 (MQ=255) cATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTa > 1:1408151/1‑91 (MQ=255) cGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACttt > 1:787664/1‑91 (MQ=255) cGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACttt < 1:1528314/91‑1 (MQ=255) gCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTa > 2:2095970/1‑91 (MQ=255) cTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAg < 2:300719/91‑1 (MQ=255) cTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAg > 2:850737/1‑91 (MQ=255) ttAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGc < 1:2987772/91‑1 (MQ=255) tAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCa < 2:2386409/91‑1 (MQ=255) gATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCAtt < 2:3830733/91‑1 (MQ=255) aTTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCAttt > 2:2602870/1‑91 (MQ=255) tgaacctatattaaatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTc > 1:988844‑M2/55‑91 (MQ=255) gaacctatattaaatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTcc > 1:3843627‑M2/54‑91 (MQ=255) gaacctatattaaatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTcc > 1:3843244‑M2/54‑91 (MQ=255) aacctatattaaatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCt > 2:1396503‑M2/53‑91 (MQ=255) aacctatattaaatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCt > 1:2753885‑M2/53‑91 (MQ=255) AACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCt < 2:3633364‑M1/91‑1 (MQ=255) AACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCt > 2:250633‑M1/1‑91 (MQ=255) acctatattaaatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTc > 1:718839‑M2/52‑91 (MQ=255) ACCTATATTGATTGACGGATTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACGTTAGCATTGCCTc > 2:1183961‑M1/1‑91 (MQ=255) ACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTc > 1:292600‑M1/1‑91 (MQ=255) CCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCa > 1:1779830‑M1/1‑91 (MQ=255) tatattaaatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACt > 2:3410604‑M2/49‑91 (MQ=255) tatattaaatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACt > 1:3582445‑M2/49‑91 (MQ=255) TATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCa < 2:1294492‑M1/89‑1 (MQ=255) TATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCa > 1:1294492‑M1/1‑89 (MQ=255) tattaaatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCg > 1:3569273‑M2/47‑91 (MQ=255) taaatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGAtt > 2:3166463‑M2/44‑91 (MQ=255) taaatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGAtt > 2:2268922‑M2/44‑91 (MQ=255) aaatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGAttt > 2:2407780‑M2/43‑91 (MQ=255) AATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGAttt < 1:2611417‑M1/91‑1 (MQ=255) AATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGAttt > 1:1655707‑M1/1‑91 (MQ=255) AATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGAttt > 1:2210469‑M1/1‑91 (MQ=255) ATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTa < 1:1247865‑M1/91‑1 (MQ=255) ATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTa < 1:3688450‑M1/91‑1 (MQ=255) ttGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTtat > 2:2589617/1‑91 (MQ=255) tGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCAATTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTtata > 2:2207114/1‑91 (MQ=255) gACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAg > 2:1925947/1‑91 (MQ=255) actgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGt > 1:2896286‑M2/38‑91 (MQ=255) aCGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACAt < 2:588814/58‑1 (MQ=255) ctgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTta > 2:280494‑M2/37‑86 (MQ=255) cGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTc > 1:2057902/1‑91 (MQ=255) gggTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAACTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCa > 2:1035453/1‑91 (MQ=255) ttCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAat < 2:1078158/91‑1 (MQ=255) tgaggcacgaacccgtcaattaatataggttCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAata > 1:106975‑M2/32‑91 (MQ=255) cGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAatat < 2:739328/91‑1 (MQ=255) cGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAatat < 1:523313/91‑1 (MQ=255) cGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAatat < 1:3497994/91‑1 (MQ=255) tGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCa > 1:1531404/1‑91 (MQ=255) tGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCa < 2:3785544/91‑1 (MQ=255) ccTCACAGAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCAtt < 1:1944483/91‑1 (MQ=255) tCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCg > 1:3872050/1‑91 (MQ=255) acacaGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAg < 1:1806232/91‑1 (MQ=255) acaGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGc > 2:1359912/1‑91 (MQ=255) aGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCg < 1:820640/91‑1 (MQ=255) aGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCg < 1:447906/91‑1 (MQ=255) 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atataggttCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAAt > 1:1141997‑M2/10‑91 (MQ=255) tataggttCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAAtt > 2:3284242‑M2/9‑91 (MQ=255) aggttCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAATTTGt > 1:2339964‑M2/6‑91 (MQ=255) gttCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAATTTGttt > 2:1761294‑M2/4‑91 (MQ=255) tCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAATTTGTTTaa > 1:279906‑M2/2‑91 (MQ=255) | TGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAATTTGTTTAAC > USA300TCH1516_ALE/681092‑681272 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |