| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 681130 = | 171 (0.900) | 34 (0.210) | 18/136 | NT | 20.7% | intergenic (‑200/+8) | USA300HOU_RS03280/USA300TCH1516_00615 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 681182 = | 115 (0.710) | coding (310/354 nt) | USA300TCH1516_00615 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
TAGTATGCTTCTTTTTAGATTATGCATTTTACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCT > USA300TCH1516_ALE/681041‑681220 | aaacaaattaatgcacggcctcgaatgatatttgactataaatcgagtgaggaaatgctaaagtaccatgtaagcacacaaaattgtgAAc > 2:1761294‑M1/89‑91 (MQ=255) aacaaattaatgcacggcctcgaatgatatttgactataaatcgagtgaggaaatgctaaagtagcatgtaagcacacaaaattgtgAAcc > 2:3213691‑M1/88‑91 (MQ=255) aacaaattaatgcacggcctcgaatgatatttgactataaatcgagtgaggaaatgctaaagtaccatgtaagcacacaaaattgtgAAcc > 2:290997‑M1/88‑91 (MQ=255) acaaattaatgcacggcctcgaatgatatttgactataaatcgagtgaggaaatgctaaagtaccatgtaagcacacaaaattgtgAACCt > 1:2339964‑M1/87‑91 (MQ=255) acaaattaatgcacggcctcgaatgatatttgactataaatcgagtgaggaaatgctaaagtaccatgtaagcacacaaaattgtgAACCt < 2:2491158‑M1/5‑1 (MQ=255) aTGCTTCTTTTTAGATTATGCATTTTACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCta > 1:1411287/1‑91 (MQ=255) aaattaatgcacggcctcgaatgatatttgactataaatcgagtgaggaaatgctaaagtaccatgtaagcacacaaaattgtgAACCtat < 2:3491234‑M1/7‑1 (MQ=255) aattaatgcacggcctcgaatgatatttgactataaatcgagtgaggaaatgctaaagtaccatgtaagcacacaaaattgtgAACCtata < 1:2733384‑M1/8‑1 (MQ=255) attaatgcacggcctcgaatgatatttgactataaatcgagtgaggaaatgctaaagtaccatgtaagcacacaaaattgtgAACCTatat < 1:1071846‑M1/9‑1 (MQ=255) taatgcacggcctcgaatgatatttgactataaatcgagtgaggaaatgctaaagtaccatgtaagcacacaaaattgtgAACCTATATTa > 2:1261393‑M1/81‑91 (MQ=255) taatgcacggcctcgaatgatatttgactataaatcgagtgaggaaatgctaaagtaccatgtaagcacacaaaattgtgAACCTATATTa > 1:2530552‑M1/81‑91 (MQ=255) taatgcacggcctcgaatgatatttgactataaatcgagtgaggaaatgctaaagtaccatgtaagcacacaaaattgtgAACCTATATTa > 1:2276655‑M1/81‑91 (MQ=255) taatgcacggcctcgaatgatatttgactataaatcgagtgaggaaatgctaaagtaccatgtaagcacacaaaattgtgAACCTATATTa > 1:2243594‑M1/81‑91 (MQ=255) aatgcacggcctcgaatgatatttgactataaatcgagtgaggaaatgctaaagtaccatgtaagcacacaaaattgtgAACCTATATTaa < 2:1195828‑M1/12‑1 (MQ=255) tttttAGATTATGCATTTTACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAAt > 2:1782784/1‑91 (MQ=255) tttAGATTATGCATTTTACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTg > 2:1216651/1‑91 (MQ=255) tttAGATTATGCATTTTACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTg < 2:3173920/91‑1 (MQ=255) aGATTATGCATTTTACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACg < 1:2789492/91‑1 (MQ=255) gATTATGCATTTTACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACgg > 2:2700159/1‑91 (MQ=255) ttATGCATTTTACATACAAAATTTATTCGTCTTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGCTTAACCTATATTAATTGACGGGt > 2:2969002/1‑91 (MQ=255) ttATGCATTTTACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCTCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGt > 1:3360121/1‑91 (MQ=255) tATGCATTTTACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGtt < 1:353764/91‑1 (MQ=255) aTGCATTTTACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTc < 2:2827839/91‑1 (MQ=255) gCATTTTACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGt < 2:395743/91‑1 (MQ=255) cATTTTACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTg < 1:622116/91‑1 (MQ=255) aTTTTACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGc > 2:1401632/1‑91 (MQ=255) ttttACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGcc < 2:3619676/91‑1 (MQ=255) tttACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAACCCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCt < 2:457651/91‑1 (MQ=255) tttACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCt > 1:3066540/1‑91 (MQ=255) ttACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTc < 1:1162820/91‑1 (MQ=255) atttgactataaatcgagtgaggaaatgctaaagtaccatgtaagcacacaaaattgtgAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTcac > 2:3061115‑M1/60‑91 (MQ=255) acatacaAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTcac < 1:3792077/91‑1 (MQ=255) catacaAAATTTAGTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTACCCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTcaca < 2:3323504/91‑1 (MQ=255) atacaAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGACTcacac > 2:3448554/1‑91 (MQ=255) tacaAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTcacaca > 1:739328/1‑91 (MQ=255) tacaAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTcacaca > 1:2163977/1‑91 (MQ=255) tacaAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTcacaca > 1:1140145/1‑91 (MQ=255) aaaaTTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTc > 1:3246432/1‑91 (MQ=255) aaTTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCAt < 1:1695496/91‑1 (MQ=255) aTTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCg < 1:2357717/74‑1 (MQ=255) aTTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCg > 2:2357717/1‑74 (MQ=255) aTTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCAtt < 1:1114719/91‑1 (MQ=255) tttATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCAttt > 1:195418/1‑91 (MQ=255) tttATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCAttt > 1:1615995/1‑91 (MQ=255) aaatcgagtgaggaaatgctaaagtaccatgtaagcacacaaaattgtgAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCAttt > 2:2407780‑M1/50‑91 (MQ=255) ttATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTa > 1:672940/1‑91 (MQ=255) aatcgagtgaggaaatgctaaagtaccatgtaagcacacaaaattgtgAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTa > 2:2268922‑M1/49‑91 (MQ=255) tATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACgg < 2:3113690/66‑1 (MQ=255) tATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACgg > 1:3113690/1‑66 (MQ=255) tATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTaa > 1:38357/1‑91 (MQ=255) tATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTaa > 1:812837/1‑91 (MQ=255) atcgagtgaggaaatgctaaagtaccatgtaagcacacaaaattgtgAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTaa > 2:14924‑M1/48‑91 (MQ=255) atcgagtgaggaaatgctaaagtaccatgtaagcacacaaaattgtgAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTaa > 2:544142‑M1/48‑91 (MQ=255) tcgagtgaggaaatgctaaagtaccatgtaagcacacaaaattgtgAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAat > 2:83404‑M1/47‑91 (MQ=255) aTTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAat > 1:2160457/1‑91 (MQ=255) ttCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAata > 1:864145/1‑91 (MQ=255) cgagtgaggaaatgctaaagtaccatgtaagcacacaaaattgtgAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAata > 1:3569273‑M1/46‑91 (MQ=255) tCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAatat > 1:3327817/1‑91 (MQ=255) tCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAatat > 1:1840006/1‑91 (MQ=255) gtcctgtcctTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAg > 2:2196045/1‑91 (MQ=255) gtcctgtcctTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAg < 2:3377350/91‑1 (MQ=255) tcctgtcctTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAgg < 2:160319/91‑1 (MQ=255) cctgtcctTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGt < 1:1782784/91‑1 (MQ=255) ctgtcctTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGtt < 2:1994099/91‑1 (MQ=255) ctgtcctTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGtt < 2:913663/91‑1 (MQ=255) ctgtcctTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGtt < 1:2763625/91‑1 (MQ=255) ctgtcctTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGtt < 1:2805174/91‑1 (MQ=255) aggaaatgctaaagtaccatgtaagcacacaaaattgtgAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGtt > 1:2753884‑M1/40‑91 (MQ=255) tgtcctTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTc < 2:3563859/91‑1 (MQ=255) ggaaatgctaaagtaccatgtaagcacacaaaattgtgAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTc > 1:3843627‑M1/39‑91 (MQ=255) gtcctTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTca < 2:2241641/91‑1 (MQ=255) gaaatgctaaagtaccatgtaagcacacaaaattgtgAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTca > 1:3462502‑M1/38‑91 (MQ=255) gaaatgctaaagtaccatgtaagcacacaaaattgtgAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTca > 1:2919424‑M1/38‑91 (MQ=255) gaaatgctaaagtaccatgtaagcacacaaaattgtgAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTca > 1:988844‑M1/38‑91 (MQ=255) tcctTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTcac < 1:3580952/91‑1 (MQ=255) aatgctaaagtaccatgtaagcacacaaaattgtgAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTcaca > 1:3678776‑M1/36‑91 (MQ=255) ttCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAAt > 2:1062158/1‑91 (MQ=255) ccGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAAttt > 2:61186/1‑91 (MQ=255) ccGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAAttt < 1:1039907/91‑1 (MQ=255) cgcgCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAAtttt > 1:2418189/1‑91 (MQ=255) cgcTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTtgt > 2:487815/1‑91 (MQ=255) gcTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTtgtg > 1:375131/1‑91 (MQ=255) aTTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCt > 1:3296624/1‑91 (MQ=255) ttGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCtt > 1:2206769/1‑91 (MQ=255) ttGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCtt > 1:1717113/1‑91 (MQ=255) tGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTa > 1:2651545/1‑91 (MQ=255) tGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTa > 2:1381710/1‑91 (MQ=255) aaCCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATg < 2:2518380/91‑1 (MQ=255) aCCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATgg < 1:1264396/91‑1 (MQ=255) aCCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATgg < 1:1861967/91‑1 (MQ=255) cATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTa > 1:1409089/1‑91 (MQ=255) cATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTa > 2:3683635/1‑91 (MQ=255) cGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACttt > 1:787664/1‑91 (MQ=255) cGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACttt > 2:2147594/1‑91 (MQ=255) gCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTa > 2:2096944/1‑91 (MQ=255) attgtgAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCa > 1:372356‑M1/7‑91 (MQ=255) gATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCAtt < 2:1151055/91‑1 (MQ=255) aTTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCAttt > 2:2602870/1‑91 (MQ=255) tAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTcc < 1:1471764/91‑1 (MQ=255) AACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCt < 2:2981775‑M1/91‑1 (MQ=255) | TAGTATGCTTCTTTTTAGATTATGCATTTTACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCT > USA300TCH1516_ALE/681041‑681220 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |