| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 705329 | 171 (0.900) | 19 (0.110) | 10/142 | NT | 10.3% | intergenic (+1079/+81) | nhaK_1/mntA | Sodium, potassium, lithium and rubidium/H(+) antiporter/Manganese‑binding lipoprotein MntA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 705368 | 180 (1.070) | intergenic (+1118/+42) | nhaK_1/mntA | Sodium, potassium, lithium and rubidium/H(+) antiporter/Manganese‑binding lipoprotein MntA | |||||
ATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/705231‑705329‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgttgatgCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCGTTAAATA < USA300TCH1516_ALE/705368‑705279 ATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTA > 1:1332540/1‑91 TATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTAT > 1:1097664/1‑91 TATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTAT > 1:2168429/1‑91 TATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTAT > 2:3663635/1‑91 ATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATG < 1:1991977/91‑1 ATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATG < 2:1609585/91‑1 ATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATG > 2:3722694/1‑91 ATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTAGACTTTGTTATG > 2:3229911/1‑91 TCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGT > 2:280634/1‑91 TCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGT < 1:3386443/91‑1 TCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGT < 1:3386298/91‑1 TCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGT < 1:1028158/91‑1 TCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGT > 1:3164819/1‑91 CGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTT < 2:2631117/91‑1 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ACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAAC < 1:57635/91‑1 CGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACA < 1:3383246/91‑1 CGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACA < 1:3382065/91‑1 CGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACA < 1:3185795/91‑1 ATGTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGC > 2:1085500/1‑91 ATGTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGC < 2:2513895/91‑1 TGTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCG > 1:3414807/1‑91 GTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCGT > 1:520711/1‑91 GTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCGT < 1:3053851/91‑1 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GCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCGTTAAATA > 1:426182/1‑91 ATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/705231‑705329‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgttgatgCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCGTTAAATA < USA300TCH1516_ALE/705368‑705279 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |