| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 705329 | 171 (0.900) | 19 (0.110) | 10/142 | NT | 10.3% | intergenic (+1079/+81) | nhaK_1/mntA | Sodium, potassium, lithium and rubidium/H(+) antiporter/Manganese‑binding lipoprotein MntA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 705368 | 180 (1.070) | intergenic (+1118/+42) | nhaK_1/mntA | Sodium, potassium, lithium and rubidium/H(+) antiporter/Manganese‑binding lipoprotein MntA | |||||
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
CGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGCATCAACATCAATTCATCTTACTTCATTAAAACACAGCGTGTTATTTCATG > USA300TCH1516_ALE/705239‑705419 | aTCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGAtgtg < 1:727641/91‑1 (MQ=255) tggggAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGAtgtgt < 2:3798607/89‑1 (MQ=255) tCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGAtgtgt < 1:1032241/91‑1 (MQ=255) cGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGAtgtgtg > 2:2416/1‑91 (MQ=255) gAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGcc > 2:1906811/1‑91 (MQ=255) gAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGcc > 2:3791257/1‑91 (MQ=255) gAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTAAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGcc > 1:3284480/1‑91 (MQ=255) aaCGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCt < 2:713068/91‑1 (MQ=255) aaCGGTATATATATTAAGAGGAGGGTAATATAGATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCt < 1:3326488/91‑1 (MQ=255) aCGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTa < 1:1841459/91‑1 (MQ=255) cGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTaa < 1:2893900/91‑1 (MQ=255) cGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTaa < 1:2229342/91‑1 (MQ=255) ggTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTaaa < 2:2056532/91‑1 (MQ=255) ggTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTaaa > 2:32747/1‑91 (MQ=255) gTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTaaaa > 2:1880607/1‑91 (MQ=255) atatatatTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAata > 2:1601244/1‑91 (MQ=255) tatatatTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAatat < 2:2774646/91‑1 (MQ=255) tatatatTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAatat > 1:2341082/1‑91 (MQ=255) atatTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTgg < 1:1339611/91‑1 (MQ=255) ttAGTAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGgaga < 2:1251126/91‑1 (MQ=255) ttAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGgaga < 2:430495/91‑1 (MQ=255) tAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGAt < 2:453433/91‑1 (MQ=255) aggaggGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCa < 1:2473801/91‑1 (MQ=255) ggaggGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACCTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCaa > 2:3411888/1‑91 (MQ=255) gaggGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAat < 2:1785588/91‑1 (MQ=255) aggGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTaaaa > 1:2119620/1‑74 (MQ=255) aggGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAata > 2:114729/1‑91 (MQ=255) gggTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAatat < 1:1770426/91‑1 (MQ=255) gggTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAatat < 1:1770139/91‑1 (MQ=255) gggTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAatat > 1:1710601/1‑91 (MQ=255) tAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATAtttt < 2:2629802/91‑1 (MQ=255) tAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATAtttt < 2:750393/91‑1 (MQ=255) tAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATAtttt > 1:3647109/1‑91 (MQ=255) tAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATAtttt < 1:643135/91‑1 (MQ=255) aaTATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTa < 1:3173225/91‑1 (MQ=255) atatatatTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAg > 2:1481884/1‑91 (MQ=255) atatatTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGt > 1:512299/1‑91 (MQ=255) atatatTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGt < 1:3195187/91‑1 (MQ=255) atatTTAACGCGCGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGcaacctaaaatattggtatctccaatattttaggccaca < 2:3190672‑M1/91‑40 (MQ=255) atatTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTg > 1:2046330/1‑91 (MQ=255) atatTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTg < 1:3230244/91‑1 (MQ=255) tatTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATATTAGGTTGc < 1:3710470‑M2/91‑2 (MQ=255) atTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGcaacctaaaatattggtatctccaatattttaggccacaca < 1:2191693‑M1/91‑42 (MQ=255) tttAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGcat > 1:3456223‑M2/1‑88 (MQ=255) ttAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGcaacctaaaatattggtatctccaatattttaggccacacatc < 1:2503134‑M1/91‑44 (MQ=255) aaCGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGcaacctaaaatattggtatctccaatattttaggccacacatcaa < 1:417932‑M1/91‑46 (MQ=255) aCGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGcaacctaaaatattggtatctccaatattttaggccacacatcaac < 1:3025693‑M1/91‑47 (MQ=255) aCGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGcatcaac > 1:520711‑M2/1‑84 (MQ=255) cGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGcaacctaaaatattggtatctccaatattttaggccacacatcaaca < 1:3382065‑M1/91‑48 (MQ=255) cGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGcatcaaca > 1:3414807‑M2/1‑83 (MQ=255) cACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGcatcaacatc < 1:844657/91‑1 (MQ=255) cACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGcatcaacatc < 2:1552602/91‑1 (MQ=255) aCGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGcatcaacatca > 1:266955/1‑91 (MQ=255) cGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGcatcaacatcaa > 1:3559101/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |