| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 760026 = | 140 (0.730) | 31 (0.200) | 17/132 | NT | 21.3% | coding (1674/1674 nt) | USA300HOU_RS03705 | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 760070 = | 114 (0.730) | intergenic (+44/+83) | USA300HOU_RS03705/mgrA | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein/HTH‑type transcriptional regulator MgrA | |||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
AGTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/760129‑760026‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcaagcag‑ttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTT > USA300TCH1516_ALE/760070‑760159 AGTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTAT < 1:323920/91‑1AGTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTAT > 2:129436/1‑91 GTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATC > 2:509356/1‑91 GTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATC > 2:2435184/1‑91 TAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCA > 2:227620/1‑91 TAATGTTGAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCA < 1:1940515/91‑1 ATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAG > 2:337422/1‑91 ATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAG < 2:2048830/91‑1 TGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGC < 2:398642/91‑1 TGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGC > 2:3671352/1‑91 TGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGC < 1:1688231/91‑1 TGTGTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGC < 2:1320547/91‑1 GTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCA > 2:1305024/1‑91 TTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCGCGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG < 2:1632895/91‑1 TTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG < 1:206941/91‑1 TTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG < 1:2621615/91‑1 TTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG < 1:3452710/91‑1 TTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG < 1:3453005/91‑1 TTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG < 1:208084/91‑1 TTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG > 2:113739/1‑91 TTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG < 1:1920290/91‑1 TTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG < 2:455824/91‑1 TTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG < 2:1633357/91‑1 TTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑T < 1:2321184/91‑1 TAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TT > 2:1357684/1‑91 TAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TT < 1:1369806/91‑1 TAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TT < 2:1396258/91‑1 AGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTT < 1:675328/91‑1 AGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTT > 2:2543788/1‑91 AGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTT < 1:1979904/91‑1 AGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTT < 2:373207/91‑1 GAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGTACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTT < 1:3115791/91‑1 GAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGGACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTT < 1:3115823/91‑1 GAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTT > 1:2265898/1‑91 AATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTT < 2:3349206/91‑1 AATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTT < 2:369242/91‑1 AATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTT < 1:3657948/91‑1 ATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTT > 1:2612508/1‑91 AAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGC > 1:36172/1‑91 AAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAAT > 1:2901403/1‑91 AACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTA > 1:1109774/1‑91 TGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAAC > 1:3266798/1‑91 TGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAAC > 1:3266715/1‑91 TGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTGTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAAC > 1:681830/1‑91 GCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTGTATTCTTAATAAATTCTAAACA > 2:3122196/1‑91 CTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACAT > 2:1905276/1‑91 TGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTA > 2:2494788/1‑91 TGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTA > 2:1848316/1‑91 TGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTA > 2:168744/1‑91 TGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTA > 1:1362492/1‑91 TGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTA > 2:2285863/1‑91 TGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTA > 2:2495321/1‑91 TGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTAGTCTTAATAAATTCTAAACATTA > 2:3132778/1‑91 GAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTAC > 2:2597229/1‑91 AAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACT > 1:83831/1‑91 AGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTT > 1:3052489/1‑91 GGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTA > 1:2996562/1‑91 GGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTA > 1:534080/1‑91 GGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTATTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTA > 2:3052245/1‑91 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USA300TCH1516_ALE/760070‑760159 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |