| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 760026 = | 140 (0.730) | 31 (0.200) | 17/132 | NT | 21.3% | coding (1674/1674 nt) | USA300HOU_RS03705 | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 760070 = | 114 (0.730) | intergenic (+44/+83) | USA300HOU_RS03705/mgrA | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein/HTH‑type transcriptional regulator MgrA | |||||
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
TAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTT > USA300TCH1516_ALE/759980‑760160 | aGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTtaa > 1:2413339/1‑91 (MQ=255) gCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCACTATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTtaac > 2:3808440/1‑91 (MQ=255) cTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTtaact > 1:3391879/1‑91 (MQ=255) aTCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTtaactaac > 1:521901/1‑91 (MQ=255) tCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACa < 1:3350467/91‑1 (MQ=255) aGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGc > 1:1821155/1‑91 (MQ=255) ggTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGCTCGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGATTTTTAACTAACACGCt > 2:1049643/1‑91 (MQ=255) ggTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCt > 1:3205330/1‑91 (MQ=255) ggTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCt > 2:3341664/1‑91 (MQ=255) gTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCtt < 2:253497/91‑1 (MQ=255) gCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTAc < 2:591277/91‑1 (MQ=255) gCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTAc > 2:3136465/1‑91 (MQ=255) cTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTAcg > 1:3634231/1‑91 (MQ=255) tATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAATAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTCTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGt > 1:3442976/1‑91 (MQ=255) ggAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTACTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCt < 1:3177834/91‑1 (MQ=255) atatGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAAt > 1:3284901/1‑91 (MQ=255) atatGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAAt < 1:2586858/91‑1 (MQ=255) atGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTg > 2:491896/1‑91 (MQ=255) aTTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGttt < 1:792864/91‑1 (MQ=255) ttCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGtttt > 2:3683240/1‑91 (MQ=255) tCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGttttt > 2:791324/1‑91 (MQ=255) cAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTc < 1:2076413/91‑1 (MQ=255) aaTATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCt > 2:2271886/1‑91 (MQ=255) ataATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTAtt > 1:1587207/1‑91 (MQ=255) taATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTc < 1:705770/91‑1 (MQ=255) taATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTc < 1:1776671/91‑1 (MQ=255) aaTGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCt > 2:3036913/1‑91 (MQ=255) aaTGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCt > 2:1418074/1‑91 (MQ=255) aaTGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCt > 2:1296280/1‑91 (MQ=255) aaTGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCt < 1:1735867/91‑1 (MQ=255) aTGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCtt > 2:2857412/1‑91 (MQ=255) aTGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCtt > 1:1143413/1‑91 (MQ=255) aTGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCtt < 2:1213592/91‑1 (MQ=255) gCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTtaa < 1:2062531/91‑1 (MQ=255) cATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTtaat > 1:2887/1‑91 (MQ=255) AAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAAtt < 2:3349206‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAAtt < 2:369242‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTc > 1:2265898‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTACTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTc < 1:3115791‑M1/91‑1 (MQ=255) AAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTGACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCt > 1:3272155‑M1/1‑91 (MQ=255) AACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTa > 2:1357684‑M1/1‑91 (MQ=255) AACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTa < 1:1369806‑M1/91‑1 (MQ=255) ctgcttgaaaggtttcttagcctatcaagcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTaaa > 2:1931178‑M2/39‑91 (MQ=255) CTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTaaa < 1:2621615‑M1/91‑1 (MQ=255) CTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTaaa < 1:3453005‑M1/91‑1 (MQ=255) CTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTaaa > 2:113739‑M1/1‑91 (MQ=255) CTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTaaa < 2:1633357‑M1/91‑1 (MQ=255) GCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACa < 2:398642‑M1/91‑1 (MQ=255) GCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTCTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACa < 2:1320003‑M1/91‑1 (MQ=255) cttgaaaggtttcttagcctatcaagcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACAt > 2:1905276‑M2/36‑91 (MQ=255) CTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACAt > 1:1918034‑M1/1‑91 (MQ=255) CTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACAt < 2:2048830‑M1/91‑1 (MQ=255) tgaaaggtttcttagcctatcaagcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTa > 2:168744‑M2/34‑91 (MQ=255) tgaaaggtttcttagcctatcaagcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTa > 2:2494788‑M2/34‑91 (MQ=255) tgaaaggtttcttagcctatcaagcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTa > 2:1848985‑M2/34‑91 (MQ=255) TGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTCAACATTa < 1:1940515‑M1/91‑1 (MQ=255) TGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTa < 2:2641922‑M1/91‑1 (MQ=255) tAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACtt < 1:1804078/91‑1 (MQ=255) aGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACttt < 1:2835099/91‑1 (MQ=255) ggtttcttagcctatcaagcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTa > 1:2996562‑M2/29‑91 (MQ=255) ggCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTa < 1:1684125/91‑1 (MQ=255) gCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTaa < 1:1650803/91‑1 (MQ=255) 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agttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTaa < 1:3768738‑M2/83‑1 (MQ=255) ttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAattat < 1:859926‑M2/87‑1 (MQ=255) ttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTATTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAattat < 2:3413543‑M2/87‑1 (MQ=255) tttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAATATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAattatt > 2:2462222‑M2/4‑91 (MQ=255) tttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAattatt < 2:3634231‑M2/88‑1 (MQ=255) ttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTAttt > 1:3249073‑M2/3‑91 (MQ=255) ttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTAttt > 1:573337‑M2/3‑91 (MQ=255) ttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTAttt > 1:573818‑M2/3‑91 (MQ=255) tAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTAtttt > 1:824295‑M2/2‑91 (MQ=255) aactaacAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTAttttt < 1:1027625/91‑1 (MQ=255) aactaacAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTAttttt > 2:410719/1‑91 (MQ=255) aactaacAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTAttttt > 2:256650/1‑91 (MQ=255) aactaacAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTAttttt > 2:2318362/1‑91 (MQ=255) | TAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTT > USA300TCH1516_ALE/759980‑760160 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |