| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 760026 = | 140 (0.730) | 31 (0.200) | 17/132 | NT | 21.3% | coding (1674/1674 nt) | USA300HOU_RS03705 | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 760070 = | 114 (0.730) | intergenic (+44/+83) | USA300HOU_RS03705/mgrA | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein/HTH‑type transcriptional regulator MgrA | |||||
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
GATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAAT > USA300TCH1516_ALE/759936‑760116 | gATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAA > 2:403394‑M1/1‑91 (MQ=255) aaataattaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttaa > 1:573394‑M1/90‑91 (MQ=255) aaataattaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttaa > 2:2851989‑M1/90‑91 (MQ=255) aTAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAA < 2:2155685‑M1/91‑1 (MQ=255) tAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATACTGCATAAAA < 1:1950622‑M1/91‑1 (MQ=255) tAAATGGTAAAATAGTTCAAAAGGGAAACTATTAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAA < 1:3317677‑M1/91‑1 (MQ=255) aataattaacttttgtcatgacaattaaagtaatatttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttaaa > 2:2462626‑M1/89‑91 (MQ=255) ataattaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttaaaa < 1:859926‑M1/4‑1 (MQ=255) aaTGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAA > 2:2612508‑M1/1‑91 (MQ=255) aattaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttaaaaaa > 1:49403‑M1/86‑91 (MQ=255) aTGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA < 1:2638860‑M1/91‑1 (MQ=255) aTGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA < 1:2365749‑M1/91‑1 (MQ=255) aTGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA < 1:1496056‑M1/91‑1 (MQ=255) ttaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAA‑Ct < 1:1069613‑M1/8‑1 (MQ=255) taacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAA‑CTg > 1:1809434‑M1/83‑91 (MQ=255) taacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAA‑CTg > 1:2815395‑M1/83‑91 (MQ=255) aacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAA‑CTGc < 2:44888‑M1/10‑1 (MQ=255) ttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAA‑CTGCTTg > 2:2977655‑M1/79‑91 (MQ=255) ttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAA‑CTGCTTg > 2:1169508‑M1/79‑91 (MQ=255) aaTAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTG > 2:336438‑M1/1‑91 (MQ=255) tttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAA‑CTGCTTGa > 2:1893635‑M1/78‑91 (MQ=255) aGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTGATa > 1:591278/1‑91 (MQ=255) ttGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTGATAgg < 1:2955247/91‑1 (MQ=255) ttGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTAAGGAATATGATTCAATATACGGCATAAAAAAA‑CTGCTTGATAgg > 2:3611284/1‑91 (MQ=255) tGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTGATAGGc > 1:1880126/1‑91 (MQ=255) tGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTGATAGGc > 1:717166/1‑91 (MQ=255) gAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCt > 1:3690014/1‑91 (MQ=255) tgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTa > 2:178966‑M1/71‑91 (MQ=255) aaaaGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTa > 2:2265898/1‑91 (MQ=255) aaaaGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTa > 2:437504/1‑91 (MQ=255) aaaGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTaa < 2:427520/91‑1 (MQ=255) caattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAg > 2:724674‑M1/68‑91 (MQ=255) aGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTAAGa < 2:3281856/91‑1 (MQ=255) gggAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTAAGaa < 1:3491578/91‑1 (MQ=255) ggAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTGAaaggtttcttag < 1:343802‑M1/91‑13 (MQ=255) gAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTAAGAAAc > 1:2905150/1‑91 (MQ=255) gAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTAAGAAAc > 2:1069613/1‑91 (MQ=255) taaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaataattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTAAGAAAcc > 2:3052245‑M1/64‑91 (MQ=255) taaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAAc > 1:1187864‑M1/64‑91 (MQ=255) taaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTAAGAAAcc > 1:534080‑M1/64‑91 (MQ=255) aCTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTAAGAAACCtt > 2:3411952/1‑91 (MQ=255) cTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTaa > 1:2864983/1‑82 (MQ=255) cTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTaa < 2:2864983/82‑1 (MQ=255) agtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCtt > 1:83831‑M1/61‑91 (MQ=255) tATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTtc < 1:310362‑M2/91‑3 (MQ=255) taatgtttagaatttattaagactagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCa > 2:3132778‑M1/59‑91 (MQ=255) taatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCa > 2:168744‑M1/59‑91 (MQ=255) taatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCa > 2:1848316‑M1/59‑91 (MQ=255) taatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCa > 2:2285863‑M1/59‑91 (MQ=255) aTCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTtca > 2:1449826‑M2/1‑88 (MQ=255) tCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTtcaa < 1:3033638‑M2/91‑5 (MQ=255) caacaaTTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTtcaag > 2:301061‑M2/1‑86 (MQ=255) caacaaTTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTtcaag > 2:1525056‑M2/1‑86 (MQ=255) aacaaTTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTtcaagc < 1:253497‑M2/91‑7 (MQ=255) gtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCa > 1:3266715‑M1/55‑91 (MQ=255) tttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAg > 2:1931178‑M1/54‑91 (MQ=255) caaTTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTtcaagcag > 1:1009358‑M2/1‑83 (MQ=255) aaTTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTGAaaggtttcttagcctatcaagcagt < 1:1969925‑M1/91‑26 (MQ=255) aaTTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTtcaagcagt > 2:532499‑M2/1‑82 (MQ=255) aTTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTtcaagcagtt > 1:2188170‑M2/1‑81 (MQ=255) aTTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTtcaagcagtt < 1:3753839‑M2/91‑11 (MQ=255) ttACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA‑CTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTtcaagcagttt < 1:1366855‑M2/91‑12 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |