| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ? | USA300TCH1516_ALE | 885422 = | 124 (0.780) | intergenic (+51/+22) | pspB/argO | Putative phosphoserine phosphatase 2/Arginine exporter protein ArgO | |||||
ATGATATTACAAAAACTTATTCAATTATTATTCTAAAGCGTTATGTAGTTGTATTTTAAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/885479‑885377‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgtataacgctttTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGCAACAATAATAATTATTATGCTTGATA > USA300TCH1516_ALE/885422‑885511 ATGATATTACAAAAACTTATTCAATTATTATTCTAAAGCGTTATGTAGTTGTATTTTAAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTAT > 2:1726853/1‑91 TGATATTACAAACACTTATTCAATTATTATTCTAAAGCGTTATGTAGTTGTATTTTAAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATG > 1:2983302/1‑91 TGATATTACAAAAACTTATTCAATTATTATTCTAAAGCGTTATGTAGTTGTATTTTAAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATG < 1:1704327/91‑1 TGATATTACAAAAACTTATTCAATTATTATTCTAAAGCGTTATGTAGTTGTATTTTAAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATG > 2:1124860/1‑91 TGATATTACAAAAACTTATTCAATTATTATTCTAAAGCGTTATGTAGTTGTATTTTAAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATG < 1:1704440/91‑1 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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |