| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 885377 = | 157 (0.820) | 31 (0.190) | 13/134 | NT | 19.5% | intergenic (+6/+67) | pspB/argO | Putative phosphoserine phosphatase 2/Arginine exporter protein ArgO |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 885422 = | 124 (0.780) | intergenic (+51/+22) | pspB/argO | Putative phosphoserine phosphatase 2/Arginine exporter protein ArgO | |||||
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
AACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGCAACAATAATAATTATTATGCTTGATAT > USA300TCH1516_ALE/885332‑885512 | aaCATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCtttt < 2:1636033/91‑1 (MQ=255)aaCATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCtttt < 1:1188379/91‑1 (MQ=255) tttAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTaaaa > 2:1399835/1‑91 (MQ=255) tttAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTaaaa < 1:530006/91‑1 (MQ=255) tttAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTaaaa > 2:3026812/1‑91 (MQ=255) aTTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACaa > 1:3571456/1‑91 (MQ=255) ttgttgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACt > 1:85398/1‑91 (MQ=255) ttgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACa > 2:333783/1‑91 (MQ=255) ttgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACa > 2:3178983/1‑91 (MQ=255) ttgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACa > 2:671629/1‑91 (MQ=255) ttgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACa < 1:3636030/91‑1 (MQ=255) gAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATa > 2:2764407/1‑91 (MQ=255) gAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATa < 2:2348040/91‑1 (MQ=255) aGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATaa > 1:847793/1‑91 (MQ=255) gTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAAc < 1:368287/91‑1 (MQ=255) gTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAAc > 1:3860857/1‑91 (MQ=255) gTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAAc > 2:2726393/1‑91 (MQ=255) ttAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACg > 1:2198779/1‑91 (MQ=255) ttAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGACTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACg < 1:3285446/91‑1 (MQ=255) aaTTGATCCAAATTTATAAGAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTATTTTGTATAAAGCTTTTAGAATACAACTACATAACGCt < 2:821548/91‑1 (MQ=255) ttGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCttt < 1:3037074/91‑1 (MQ=255) gATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAg < 2:105858/91‑1 (MQ=255) aTCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGa < 1:2334514/91‑1 (MQ=255) aTCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGa < 1:1873779/91‑1 (MQ=255) aTCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGa > 1:1713827/1‑91 (MQ=255) tCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaa < 2:3557732/91‑1 (MQ=255) aaTTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaataat > 2:1814833/1‑91 (MQ=255) ataataAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTg < 2:1984140/91‑1 (MQ=255) taataaATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGa > 1:2638644/1‑91 (MQ=255) taataaATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGa < 2:3468631/91‑1 (MQ=255) aataaataAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTCCATAACGCTTTAGAATAATAATTGaa < 2:2212944/91‑1 (MQ=255) aataaataAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGaa < 2:2418990/91‑1 (MQ=255) aataaataAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGaa < 2:2900069/91‑1 (MQ=255) aataaataAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGaa < 2:73165/91‑1 (MQ=255) aataaataAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGaa < 1:1121564/91‑1 (MQ=255) ataaataaAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAAt > 2:559493/1‑91 (MQ=255) taaataaaGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATa < 1:2301475/91‑1 (MQ=255) taaataaaGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATCGAATa > 1:1823804/1‑91 (MQ=255) ttaaaagcgttatacaacagacatacttgtgtctctgtataacgctttTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATCACTGAATCAg > 2:1637351‑M2/49‑91 (MQ=255) ataaaGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGt < 2:1929087/91‑1 (MQ=255) taaaGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGtt < 1:479829/91‑1 (MQ=255) AAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGttt > 2:1197724‑M1/1‑91 (MQ=255) aagcgttatacaaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGtttt > 1:1273747‑M2/45‑91 (MQ=255) AAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGtttt > 1:247783‑M1/1‑91 (MQ=255) agcgttatacaaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGtcttt > 2:1730302‑M2/44‑91 (MQ=255) AGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGttttt < 2:168790‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGttttt < 2:2566293‑M1/91‑1 (MQ=255) GCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTg > 1:2106458‑M1/1‑91 (MQ=255) GCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTg > 1:1991231‑M1/1‑91 (MQ=255) cgttatacaaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGt > 1:729226‑M2/42‑91 (MQ=255) CGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGt > 2:899302‑M1/1‑91 (MQ=255) gttatacaaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTa > 2:2250938‑M2/41‑91 (MQ=255) GTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTa > 1:974485‑M1/1‑91 (MQ=255) GTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTa > 2:3790067‑M1/1‑91 (MQ=255) TTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTaa < 2:2676064‑M1/91‑1 (MQ=255) TTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTaa < 1:1703072‑M1/91‑1 (MQ=255) tatacaaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAat > 1:2445446‑M2/39‑91 (MQ=255) TATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAat > 2:1440812‑M1/1‑91 (MQ=255) atacaaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAata > 1:1533185‑M2/38‑91 (MQ=255) tacaaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttTAAAATACAACTATATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAatat > 2:3405213‑M2/37‑91 (MQ=255) TACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAatat > 2:2835542‑M1/1‑91 (MQ=255) acaaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATatc > 2:3125152‑M2/36‑91 (MQ=255) acaaaagacatactcgtgtctatgtataacgctttTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATatc > 2:456604‑M2/36‑91 (MQ=255) ACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATatc < 1:357357‑M1/91‑1 (MQ=255) CATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATatca > 1:167991‑M1/1‑91 (MQ=255) CATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATatca > 2:1124860‑M1/1‑91 (MQ=255) CATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTGTTTGTAATatca > 1:2983302‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATatcat > 1:605525‑M2/34‑91 (MQ=255) aaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATatcat > 2:2647956‑M2/34‑91 (MQ=255) aaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATatcat > 1:1761707‑M2/34‑91 (MQ=255) agacatacttgtgtctatgtataacgctttTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCag > 1:2571237‑M2/31‑91 (MQ=255) aacacAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCag < 2:3858354/90‑1 (MQ=255) cacaAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCagag < 2:1509917/91‑1 (MQ=255) caAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGca > 1:132810/1‑91 (MQ=255) caAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGca > 1:3734401/1‑91 (MQ=255) aGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGcaac < 1:440130/91‑1 (MQ=255) gTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGcaaca > 1:1585240/1‑91 (MQ=255) tATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGcaacaa > 2:1708569/1‑91 (MQ=255) tATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGcaacaa > 2:673823/1‑91 (MQ=255) gTCTTTTGTATAACGCTTTTAAACTACAACTACGTAAGGCTTTAGAATAATAATTGAATCAGTTTTTGTAATATCATCAGAGCAACaataa > 1:3096303/1‑91 (MQ=255) tCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGCAACaataat > 1:259852/1‑91 (MQ=255) tCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGCAACaataat < 2:1208014/91‑1 (MQ=255) tCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGCAACaataat < 1:1227757/91‑1 (MQ=255) ttGTATAACGCTTTTAAAATTCGACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGCAACGATAATAatt < 2:1285660/91‑1 (MQ=255) ttGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGCAACAATAATAatt < 1:2749721/91‑1 (MQ=255) ttGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGCAACAATAATAatt < 1:718655/91‑1 (MQ=255) aacgctttTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGCAACAATAATAATTATTATg < 1:3411127‑M2/83‑1 (MQ=255) acgctttTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGCAACAATAATAATTATTATGc < 2:2701520‑M2/84‑1 (MQ=255) acgctttTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGCAACAATAATAATTATTATGc < 2:208942‑M2/84‑1 (MQ=255) acgctttTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGCAACAATAATAATTATTATGc > 1:1358955‑M2/8‑91 (MQ=255) acgctttTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGCAACAATAATAATTATTATGc > 2:1998723‑M2/8‑91 (MQ=255) ctttTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGCAACAATAATAATTATTATGCTTg > 1:3412351‑M2/5‑91 (MQ=255) tttTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGCAACAATAATAATTATTATGCTTGa < 1:3108118‑M2/88‑1 (MQ=255) tttTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGCAACAATAATAATTATTATGCTTGa > 1:25055‑M2/4‑91 (MQ=255) ttTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGCAACAATAATAATTATTATGCTTGat > 2:3311961‑M2/3‑91 (MQ=255) ttTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGCAACAATAATAATTATTATGCTTGat > 2:1537552‑M2/3‑91 (MQ=255) tgtAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATGATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGCAACAATAATAATTATTATGCTTGat < 2:3798021/89‑1 (MQ=255) tTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGCAACAATAATAATTATTATGCTTGata > 1:1904137‑M2/2‑91 (MQ=255) tAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGCAACAATAATAATTATTATGCTTGatat > 2:2479233/1‑91 (MQ=255) tAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGCAACAATAATAATTATTATGCTTGatat < 1:1040213/91‑1 (MQ=255) | AACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGCAACAATAATAATTATTATGCTTGATAT > USA300TCH1516_ALE/885332‑885512 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |