| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 885377 = | 157 (0.820) | 31 (0.190) | 13/134 | NT | 19.5% | intergenic (+6/+67) | pspB/argO | Putative phosphoserine phosphatase 2/Arginine exporter protein ArgO |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 885422 = | 124 (0.780) | intergenic (+51/+22) | pspB/argO | Putative phosphoserine phosphatase 2/Arginine exporter protein ArgO | |||||
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
TAATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTT > USA300TCH1516_ALE/885287‑885467 | taataTCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATA > 2:1851997‑M1/1‑91 (MQ=255) aataTCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAA < 1:641502‑M1/91‑1 (MQ=255) tcaagcataataattattattgttgctctgatgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaaaa < 1:3108118‑M1/3‑1 (MQ=255) tcaagcataataattattattgttgctctgatgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaaaa > 1:3654727‑M1/89‑91 (MQ=255) atatCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAA > 2:1033547‑M1/1‑91 (MQ=255) atatCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAA < 1:918374‑M1/91‑1 (MQ=255) tatCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGTAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAG < 2:3406303‑M1/91‑1 (MQ=255) tatCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAG < 2:80688‑M1/91‑1 (MQ=255) caagcataataattattattgttgctctgatgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAg < 1:259280‑M1/4‑1 (MQ=255) caagcataataattattattgttgctctgatgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAg > 1:3411824‑M1/88‑91 (MQ=255) atCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGC < 1:1006688‑M1/91‑1 (MQ=255) atCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGC < 2:916488‑M1/91‑1 (MQ=255) aagcataataattattattgttgctctgatgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGc > 1:2487313‑M1/87‑91 (MQ=255) gcataataattattattgttgctctgatgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGt > 1:3841989‑M1/85‑91 (MQ=255) gcataataattattattgttgctctgatgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGt > 1:1358915‑M1/85‑91 (MQ=255) gcataataattattattgttgctctgatgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGt > 2:1998875‑M1/85‑91 (MQ=255) cGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGT < 1:2054924‑M1/91‑1 (MQ=255) ggTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTT > 1:1022040‑M1/1‑91 (MQ=255) cataataattattattgttgctctgatgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGtt < 1:1070207‑M1/8‑1 (MQ=255) aTTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATAC < 1:195390‑M1/91‑1 (MQ=255) ttGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACA < 2:438380‑M1/91‑1 (MQ=255) gTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATa < 2:847634/91‑1 (MQ=255) gTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACA > 1:2703610‑M1/1‑89 (MQ=255) aaTATCCTGAAATTTGAATATGACAATTGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGa > 1:2957373/1‑91 (MQ=255) aaTATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGa < 2:1282257/91‑1 (MQ=255) aaTATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATCTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGa > 2:123734/1‑91 (MQ=255) tatCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGaca < 2:2852299/91‑1 (MQ=255) tatCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGaca > 2:596021/1‑91 (MQ=255) tCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGAcaca < 2:3823116/91‑1 (MQ=255) cTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAg < 2:1126921/91‑1 (MQ=255) tGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGt < 2:3082162/91‑1 (MQ=255) tGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGt < 1:3275234/91‑1 (MQ=255) tGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGt > 1:1901477/1‑91 (MQ=255) gAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTa < 1:3392709/91‑1 (MQ=255) aaTTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATg < 1:1178066/91‑1 (MQ=255) ttGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAaaagacatacttgtgtc < 1:876328‑M1/91‑18 (MQ=255) ttGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCt > 2:2388917/1‑91 (MQ=255) tGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAaaagacatacttgtgtct < 1:3053056‑M1/91‑19 (MQ=255) atgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCtttt > 1:1762056‑M1/59‑91 (MQ=255) aaTATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTt < 2:3742713‑M2/91‑2 (MQ=255) tatGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAaaagacatacttgtgtctatgt < 2:3322472‑M1/91‑23 (MQ=255) tatGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgt > 2:325923‑M2/1‑88 (MQ=255) gatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATACATAGACACGAGTATGTCTTTTGt > 2:456604‑M1/57‑91 (MQ=255) atataacaaaatcttattcaattattattctaaagcgttatgtggttgtattttaAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGta > 2:841216‑M1/56‑91 (MQ=255) atGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgta > 1:1628718‑M2/1‑87 (MQ=255) atGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgta > 2:208747‑M2/1‑87 (MQ=255) tattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGtat > 1:1533317‑M1/55‑91 (MQ=255) gACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtata > 1:1354426‑M2/1‑85 (MQ=255) attacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGtata > 1:2445446‑M1/54‑91 (MQ=255) ttacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATaa > 1:1254458‑M1/53‑91 (MQ=255) aCAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAaaagacatacttgtgtctatgtataa < 2:65985‑M1/91‑27 (MQ=255) acaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACg > 1:729226‑M1/51‑91 (MQ=255) tGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgct < 1:3514005‑M2/91‑12 (MQ=255) tGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgct > 2:1803923‑M2/1‑80 (MQ=255) tGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgct > 1:2257703‑M2/1‑80 (MQ=255) aaagacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCt > 2:1730302‑M1/49‑91 (MQ=255) aaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCt > 2:672320‑M1/49‑91 (MQ=255) ggAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAaaagacatacttgtgtctatgtataacgctt < 1:3773722‑M1/91‑32 (MQ=255) ggAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTCATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACTCAAGTATGTCTTTtgtataccgctt < 1:3611158‑M2/91‑13 (MQ=255) aaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCtt > 1:1273858‑M1/48‑91 (MQ=255) aaCATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCtttt < 2:1636033/91‑1 (MQ=255) aCATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTa > 1:2613277/1‑91 (MQ=255) tttAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTaaaa > 2:1399835/1‑91 (MQ=255) tttAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTaaaa < 2:2571200/91‑1 (MQ=255) tttAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTaaaa < 1:1388574/91‑1 (MQ=255) tAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATGGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATa > 2:3513059/1‑91 (MQ=255) aTTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACaa > 1:3571476/1‑91 (MQ=255) aTTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACaa > 2:90314/1‑91 (MQ=255) gttgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTAc > 2:2932739/1‑91 (MQ=255) ttgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACa < 1:3635741/91‑1 (MQ=255) ttgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACa > 2:3178983/1‑91 (MQ=255) tgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACAt < 1:332149/91‑1 (MQ=255) tgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACAt > 1:1722003/1‑91 (MQ=255) tgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACAt < 2:3117039/91‑1 (MQ=255) gAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATa > 2:2765982/1‑91 (MQ=255) aGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATaa > 1:847793/1‑91 (MQ=255) aGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATaa > 2:2713634/1‑91 (MQ=255) aGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATaa > 2:1659311/1‑91 (MQ=255) ttAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACg > 1:2198779/1‑91 (MQ=255) aTTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCtt < 2:1526674/91‑1 (MQ=255) aTCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGa < 1:2334514/91‑1 (MQ=255) tCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaa > 1:567598/1‑91 (MQ=255) tCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaa < 2:3557732/91‑1 (MQ=255) tCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaa > 2:2699282/1‑91 (MQ=255) ccAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaat > 2:3341286/1‑91 (MQ=255) aaTTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaataat > 2:1814833/1‑91 (MQ=255) aaTTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaataat > 2:2253409/1‑91 (MQ=255) aTTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCGTTAGaataata > 2:2533223/1‑91 (MQ=255) ttATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaataataat > 2:1067396/1‑91 (MQ=255) tataATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaat < 1:3692583‑M2/91‑50 (MQ=255) ataataAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTg < 2:1984140/91‑1 (MQ=255) aataaataAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTCCATAACGCTTTAGAATAATAATTGaa < 2:2212944/91‑1 (MQ=255) aataaataAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGaa < 2:73165/91‑1 (MQ=255) aataaataAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGaa < 1:1121564/91‑1 (MQ=255) aataaataAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGaa < 1:2563214/91‑1 (MQ=255) taaataaaGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATa > 2:2749721/1‑91 (MQ=255) ataaaGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGt < 2:1929087/91‑1 (MQ=255) taaaGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGtt < 1:479829/91‑1 (MQ=255) AAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGttt < 1:407487‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGttt > 2:1197724‑M1/1‑91 (MQ=255) | TAATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTT > USA300TCH1516_ALE/885287‑885467 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |