| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 893176 = | 213 (1.120) | 13 (0.080) | 9/136 | NT | 7.2% | intergenic (+177/‑73) | trxA_1/metN2 | Thioredoxin/Methionine import ATP‑binding protein MetN 2 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 893212 = | 153 (0.950) | intergenic (+213/‑37) | trxA_1/metN2 | Thioredoxin/Methionine import ATP‑binding protein MetN 2 | |||||
TCTTTAACAACTTCTTTTAATTCAATCACGTTGATTCCTCCCTGTGTTGCTTAATAAAATAAAAAATGCTTTCTCAATATCGATAGAAAAATTGAGAAAGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/893277‑893176‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑attgagaaagcaTTTTTTATTTTATTAAGCAACACAGGGAGGAATCAACGTGATTGAATTAAAAGAAGTTGTTAAAGAATATCGGACTAAAAATAAAGAAGT > USA300TCH1516_ALE/893212‑893301 TCTTTAACAACTTCTTTTAATTCAATCACGTTGATTCCTCCCTGTGTTGCTTAATAAAATAAAAAATGCTTTCTCAATATCGATAGAAAAA < 1:251252/91‑1TCTTTAACAACTTCTTTTAATTCAATCACGTTGATTCCTCCCTGTGTTGCTTAATAAAATAAAAAATGCTTTCTCAATATCGATAGAAAAA < 2:2674539/91‑1TCTTTAACAACTTCTTTTAATTCAATCACGATGATTCCTCCCTGTGTTGCTTAATAAAATAAAAAATGCTTTCTCAATATCGATAGAAAAA < 2:2239524/91‑1TCTTTAACAACGTCTTTTAATTCAATCACGTTGATTCCTCCCTGTGTTGCGTAATAAAATAAAAAATGCTTTCTCAATATCGATAGAAAAA < 2:3187201/91‑1 TTTAACAACTTCTTTTAATTCAATCACGTTGATTCCTCCCTGTGTTGCTTAATAAAATAAAAAATGCTTTCTCAATATCGATAGAAAAATT > 2:1484252/1‑91 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CATTTTTTATTTTATTAAGCAACACAGGGAGGAATCAACGTGATTGAATTAAAAGAAGTTGTTAAAGAATATCGGACTAAAAATAAAGAAG < 1:2563577/91‑1 CATTTTTTATTTTATTAAGCAACACAGGGAGGAATCAACGTGATTGAATTAAAAGAAGTTGTTAAAGAATATCGGACTAAAAATAAAGAAG < 1:510489/91‑1 CATTTTTTATTTTATTAAGCAACACAGGGAGGAATCAACGTGATTGAATTAAAAGAAGTTGTTAAAGAATATCGGACTAAAAATAAAGAAG < 2:2496305/91‑1 CATTTTTTATTTTATTAAGCAACACAGGGAGGAATCAACGTGATTGAATTAAAAGAAGTTGTTAAAGAATATCGGACTAAAAATAAAGAAG < 2:2495711/91‑1 CATTTTTTATTTTATTAAGCAACACAGGGAGGAATCAACGTGATTGAATTAAAAGAAGTTGTTAAAGAATATCGGACTAAAAATAAAGAAG < 1:1679358/91‑1 CATTTTTTATTTTATTAAGCAACACAGGGAGGAATCAACGTGATTGAATTAAAAGAAGTTGTTAAAGAATATCGGACTAAAAATAAAG < 1:521086/88‑1 CATTTTTTATTTTATTAAGCAACACAGGGAGGAATCAACGTGATTGAATTAAAAGAAGTTGTTAAAGAATATCGGACTAAAAATAAAG > 2:521086/1‑88 CATTTTTTATTTTATCAAGCAACACAGGGAGGAATCAACGTGATTGAATTAAAAGAAGTTGTTAAAGAATATCGGACTAAAAATAAAGAAG > 2:3147805/1‑91 ATTTTTTATTTTATTAAGCAACACAGGGAGGAATCAACGTGATTGAATTAAAAGAAGTTGTTAAAGAATATCGGACTAAAAATAAAGAAGT > 1:767361/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |