| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 909572 = | 175 (0.920) | 11 (0.060) | 9/144 | NT | 6.6% | intergenic (‑495/‑539) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 909605 = | 155 (0.910) | intergenic (‑528/‑506) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD | |||||
TAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/909668‑909572‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtgtggttGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATA > USA300TCH1516_ALE/909605‑909694 TAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGT > 2:129155/1‑91 AATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTG < 1:473654/91‑1 AATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTG < 1:1970534/91‑1 TTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTTCCCTTTTAAACAACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTG > 2:3210957/1‑91 TTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAGATTATGCCCTTTATTTGCCCTTGAAGACAACCACAGTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGG < 1:3094525/91‑1 TTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGG < 2:2778868/91‑1 TTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGG < 1:2180592/91‑1 TTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGG < 1:2180610/91‑1 TATTATTGATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGT < 2:3452276/91‑1 TATTATTGATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGT < 2:3452175/91‑1 TATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGT < 1:2568030/91‑1 ATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTT > 1:655322/1‑91 ATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTT < 1:3736173/91‑1 ATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTT < 1:834070/91‑1 ATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTT > 2:2376514/1‑91 ATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTT > 2:1575220/1‑91 CAACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAA > 1:512730/1‑91 AACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAAT > 2:502689/1‑91 CCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAA > 1:1352666/1‑91 CACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAA > 1:758402/1‑91 ACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTA > 1:1175849/1‑91 ACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTA > 1:3332445/1‑91 ACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTCGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTA > 1:3070598/1‑91 CTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTAT > 2:2642989/1‑91 CCTAAATAAATAGGTGGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTAACT > 2:1906227/1‑91 CTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTT > 2:1127407/1‑91 AATAGGTGGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAAT > 1:876753/1‑91 GTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTCTAAAT > 2:3146612/1‑91 GTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAAT > 1:1400014/1‑91 TGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATG > 2:2727850/1‑91 TGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATG > 2:660485/1‑91 TGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATG > 1:2343290/1‑91 TGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATG > 1:2343289/1‑91 TGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATG > 1:2342547/1‑91 GTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGC > 1:575861/1‑91 GTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGC > 1:3225865/1‑91 GTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGC > 2:559889/1‑91 TGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCA > 2:2726582/1‑91 TGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCA > 1:1296999/1‑91 GGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCAT > 2:1141132/1‑91 GTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATA > 1:1193871/1‑91 TGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATA > 2:1310292/1‑91 TGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATA > 1:3025931/1‑91 TGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATA > 2:547383/1‑91 TAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/909668‑909572‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtgtggttGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATA > USA300TCH1516_ALE/909605‑909694 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |