New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 909572 = | 175 (0.920) | 11 (0.060) | 9/144 | NT | 6.6% | intergenic (‑495/‑539) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD |
? | USA300TCH1516_ALE | 909605 = | 155 (0.910) | intergenic (‑528/‑506) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD |
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
TACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATAT > USA300TCH1516_ALE/909515‑909695 | ttattcatacccttgccctttgtttcaaaattatgccctttttttgcccttgaaaacAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGgttg > 1:512730‑M1/58‑91 (MQ=255) tACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGgttg < 1:1476615/91‑1 (MQ=255) aCGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGgttgt > 1:2091183/1‑91 (MQ=255) ccACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGtttt > 1:2321361/1‑91 (MQ=255) ccACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGtttt > 1:1986561/1‑91 (MQ=255) cACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTACTTTAGGAGTGTGGTTGTTTTc > 1:2930523/1‑91 (MQ=255) cACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTc > 1:3829620/1‑91 (MQ=255) cACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTc > 2:1184716/1‑91 (MQ=255) cTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCaa < 2:2484011/91‑1 (MQ=255) aTACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAggg > 2:68460/1‑91 (MQ=255) aCTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAgggat > 2:2494552/1‑89 (MQ=255) aCTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑a < 2:1448896/91‑1 (MQ=255) cTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑aa < 1:1104339/91‑1 (MQ=255) tAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATATATGATCATACTATACTACCTATTATTTTAGGATTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑ata > 2:3404456/1‑89 (MQ=255) 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gggTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGc > 1:137107/1‑91 (MQ=255) tggtTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATa < 1:3804436/91‑1 (MQ=255) tggtTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATa < 1:1295692/91‑1 (MQ=255) gttTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAAtttt > 2:240329/1‑91 (MQ=255) gttTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑‑AAAAAAGGGCATAATTTTg > 2:1634923/1‑91 (MQ=255) tttttATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGA‑AAAAAAAGGGCATAATTTTg < 2:2188585/91‑1 (MQ=255) aTGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACa < 1:417976/91‑1 (MQ=255) aTGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACa > 1:2458370/1‑91 (MQ=255) aTGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACa > 2:2736168/1‑91 (MQ=255) tGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACaa < 1:2408889/91‑1 (MQ=255) tGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACaa < 1:3268943/91‑1 (MQ=255) tatattataAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAgg > 2:3825560/1‑91 (MQ=255) attataAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCa > 1:2466756/1‑91 (MQ=255) attataAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCa > 1:2250144/1‑91 (MQ=255) tataAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAg > 1:1517901/1‑91 (MQ=255) aaaTGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGt > 2:1360347/1‑91 (MQ=255) aaaTGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGt > 1:161855/1‑91 (MQ=255) aaTGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTa > 1:3465798/1‑91 (MQ=255) aTGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTAt > 1:2373821/1‑91 (MQ=255) aTGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTAt < 2:3643587/91‑1 (MQ=255) aTGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTAt > 1:2853455/1‑91 (MQ=255) tGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATg < 2:110397/91‑1 (MQ=255) tGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATg > 2:3176854/1‑91 (MQ=255) gATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCTAGGGTATGa > 1:3711685/1‑91 (MQ=255) 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aaccacactcctaaattaataggtggtgtggttGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGaataat > 2:502689‑M2/34‑91 (MQ=255) AACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGaataat > 1:655322‑M1/1‑91 (MQ=255) ACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATCAataata < 2:3452276‑M1/91‑1 (MQ=255) ccacactcctaaattaataggtggtgtggttGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAAtaataa > 1:1352666‑M2/32‑91 (MQ=255) CCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAAtaataa < 1:2180592‑M1/91‑1 (MQ=255) CCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAAtaataa < 2:2778868‑M1/91‑1 (MQ=255) CACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTAAAAGGGA‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATaaa > 2:3210957‑M1/1‑91 (MQ=255) actcctaaattaataggtggtgtggttGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTa > 1:1175849‑M2/28‑91 (MQ=255) actcctaaattaataggtggtgtggttGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTa > 1:3332445‑M2/28‑91 (MQ=255) actcctaaattaataggtggtgtcgttGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTa > 1:3070598‑M2/28‑91 (MQ=255) ACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTa > 2:129155‑M1/1‑91 (MQ=255) ctcctaaattaataggtggtgtggttGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTAt > 2:2642989‑M2/27‑91 (MQ=255) caccTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATc < 2:2930523/91‑1 (MQ=255) caccTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATc > 2:449243/1‑91 (MQ=255) cctaaataaataggtggtgtggttGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTAACt > 2:1906227‑M2/25‑91 (MQ=255) accTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGC‑AAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCt < 1:3632781/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |