| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 909572 = | 175 (0.920) | 11 (0.060) | 9/144 | NT | 6.6% | intergenic (‑495/‑539) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 909605 = | 155 (0.910) | intergenic (‑528/‑506) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD | |||||
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
TATATCTTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAAT > USA300TCH1516_ALE/909482‑909662 | tatatgcatttataaaattttcaagataatttattattcatacccttgccctttgtttcaaaattatgccctttttttgcccttgaaaaca > 1:3025931‑M1/91‑91 (MQ=255)tatatgcatttataaaattttcaagataatttattattcatacccttgccctttgtttcaaaattatgccctttttttgcccttgaaaaca > 2:1310292‑M1/91‑91 (MQ=255) atatCTTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCaaa < 2:1773142/91‑1 (MQ=255) tatgcatttataaaattttcaagataatttattattcatacccttgccctttgtttcaaaattatgccctttttttgcccttgaaaacaac > 1:1193871‑M1/89‑91 (MQ=255) tatCTTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAac > 1:700733/1‑91 (MQ=255) tgcatttataaaattttcaagataatttattattcatacccttgccctttgtttcaaaattatgccctttttttgcccttgaaaacAacca > 2:2726582‑M1/87‑91 (MQ=255) tgcatttataaaattttcaagataatttattattcatacccttgccctttgtttcaaaattatgccctttttttgcccttgaaaacAacca > 1:1296999‑M1/87‑91 (MQ=255) tCTTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAacca > 1:607277/1‑91 (MQ=255) gcatttataaaattttcaagataatttattattcatacccttgccctttgtttcaaaattatgccctttttttgcccttgaaaacAaccac > 2:559889‑M1/86‑91 (MQ=255) gcatttataaaattttcaagataatttattattcatacccttgccctttgtttcaaaattatgccctttttttgcccttgaaaacAaccac > 1:575861‑M1/86‑91 (MQ=255) catttataaaattttcaagataatttattattcatacccttgccctttgtttcaaaattatgccctttttttgcccttgaaaacAaccaca > 1:2343290‑M1/85‑91 (MQ=255) catttataaaattttcaagataatttattattcatacccttgccctttgtttcaaaattatgccctttttttgcccttgaaaacAaccaca > 1:2342547‑M1/85‑91 (MQ=255) atttataaaattttcaagataatttattattcatacccttgccctttgtttcaaaattatgccctttttttgcccttgaaaacAaccacac > 1:1400014‑M1/84‑91 (MQ=255) atttagaaaattttcaagataatttattattcatacccttgccctttgtttcaaaattatgccctttttttgcccttgaaaacAaccacac > 2:3146612‑M1/84‑91 (MQ=255) gATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAaccacacc > 2:2258273/1‑91 (MQ=255) tAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAaccacaccac > 1:1949737/1‑91 (MQ=255) aaCATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGATGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACaccacc > 1:3095879/1‑91 (MQ=255) aCATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCGAACCACACCACCt > 1:3880646/1‑91 (MQ=255) cATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTa < 2:2061411/91‑1 (MQ=255) aTAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTAGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTAt < 2:1384045/91‑1 (MQ=255) tAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTAtt > 1:3201011/1‑91 (MQ=255) tAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTAtt > 2:3632781/1‑91 (MQ=255) attttcaagataatttattattcatacccttgccctttgtttcaaaattatgcccttttttttgcccttgaaaacAACCACACCACCTAtt > 1:876753‑M1/76‑91 (MQ=255) agagTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTa > 2:3629344/1‑91 (MQ=255) gagTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTaa > 1:1676770/1‑91 (MQ=255) gagTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGCTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTaa > 2:3196792/1‑91 (MQ=255) gttgttATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAAtt > 2:430644/1‑91 (MQ=255) gttgttATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAAtt > 2:118442/1‑91 (MQ=255) ttgttATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAAttt < 1:1850917/91‑1 (MQ=255) tgttATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTa > 2:1969548/1‑91 (MQ=255) tgttATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTa < 1:3814868/91‑1 (MQ=255) tgttATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTa < 2:599066/91‑1 (MQ=255) aagataatttattattcatacccttgccctttgtttcaaaattatgccctttttttgcccttgaaaacAACCACACCACCTATTAATTTAg > 2:1127407‑M1/69‑91 (MQ=255) ttATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAgg > 1:2660052/1‑91 (MQ=255) ttATAGTCGCTACGCCACACATACTAGTTACTGGGAGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAgg > 2:153080/1‑91 (MQ=255) tataGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGa < 2:1823730/91‑1 (MQ=255) ataGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAg < 1:1370934/91‑1 (MQ=255) ataGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAg < 1:3500442/91‑1 (MQ=255) ataGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAg > 1:295569/1‑91 (MQ=255) taGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAgt > 2:697016/1‑91 (MQ=255) taGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAga > 2:2117806/1‑90 (MQ=255) aGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAgtg > 2:2190408/1‑91 (MQ=255) aGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAgtg > 1:1392736/1‑91 (MQ=255) tttattattcatacccttgccctttgtttcaaaattatgccctttttttgcccttgaaaacAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGtgtg > 1:758402‑M1/62‑91 (MQ=255) tCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGtgtg < 2:2655552/91‑1 (MQ=255) ttattattcatacccttgccctttgtttcaaaattatgccctttttttgcccttgaaaacAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTgg > 1:1352666‑M1/61‑91 (MQ=255) cGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTgg < 1:3632561/91‑1 (MQ=255) gCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGgt > 1:1170300/1‑91 (MQ=255) gCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGgt > 1:2735498/1‑91 (MQ=255) gCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGgt < 1:1380175/91‑1 (MQ=255) cTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGgtt > 1:2898674/1‑91 (MQ=255) attattcatacccttgccctttgtttcaaaattatgccctttttttgcccttgaaaacAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGgtt > 2:502689‑M1/59‑91 (MQ=255) tACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGgttg < 1:1476614/91‑1 (MQ=255) tACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGgttg < 1:1331533/91‑1 (MQ=255) aCGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTGATTTAGGAGTGTGgttgt > 2:3686409/1‑91 (MQ=255) aCGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGgttgt > 2:3297142/1‑91 (MQ=255) ccACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGtttt > 1:1986561/1‑91 (MQ=255) ccACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGtttt > 1:2172904/1‑91 (MQ=255) cACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTc > 1:3829620/1‑91 (MQ=255) cTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCaa < 2:2484011/91‑1 (MQ=255) cTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCaa > 1:2794097/1‑91 (MQ=255) aCTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAgggat > 2:2494552/1‑89 (MQ=255) cTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCaa < 1:1104339/91‑1 (MQ=255) tAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCaaa < 1:2862154/91‑1 (MQ=255) ttACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCaaaaaa > 1:3587018/1‑91 (MQ=255) cTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAgg < 2:2321361/91‑1 (MQ=255) tGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAggg < 1:2510792/91‑1 (MQ=255) tGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAggg > 2:2364535/1‑91 (MQ=255) tGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTAAAAAAAAAAAAAAggg < 2:1440591/91‑1 (MQ=255) gggTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGc < 2:1433148/91‑1 (MQ=255) tggtTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATa > 2:2846255/1‑91 (MQ=255) tggtTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATa > 2:925600/1‑91 (MQ=255) ttgttTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAAtt > 2:1889237/1‑91 (MQ=255) tgttTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAAttt < 2:3027285/91‑1 (MQ=255) tttttATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTg < 2:752639/91‑1 (MQ=255) ttttATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGa > 1:2866547/1‑91 (MQ=255) aTGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACa < 1:417976/91‑1 (MQ=255) aTGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACa > 1:2461311/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |