| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 920390 | 123 (0.650) | 12 (0.080) | 6/132 | NT | 10.2% | intergenic (+19/‑194) | USA300HOU_RS04555/USA300HOU_RS04565 | Putative monooxygenase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 920428 | 109 (0.700) | intergenic (+57/‑156) | USA300HOU_RS04555/USA300HOU_RS04565 | Putative monooxygenase/hypothetical protein | |||||
CCCGCGACTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAATCCACAAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/920287‑920390‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgcaatccacaaaaATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATTAATTTGATT < USA300TCH1516_ALE/920428‑920339 CCCGCGACTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACC > 2:2275881/1‑91CCCGCGACTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACC > 2:2276081/1‑91CCCGCGACTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACC < 1:1229730/91‑1CCCGCGACTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACC > 2:2465814/1‑91CCCGCGACTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACC > 1:2409147/1‑91 CGCGACTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGC < 1:2155000/91‑1 CGCGACTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGC > 1:560302/1‑91 CGCGACTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGC > 1:561949/1‑91 CGCGACTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGC > 2:1221337/1‑91 CGCGACTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGC > 2:1585848/1‑91 CGCGACTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGC > 2:1602449/1‑91 GCGACTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCA > 2:3099526/1‑91 CGACTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGTAATATAAATAATCGACCGCAA < 1:2314107/91‑1 GACTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAAT > 1:1610460/1‑91 GACTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAAT < 1:3622614/91‑1 GACTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAAT > 2:205168/1‑91 CTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAATCC > 1:1936423/1‑91 CTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAATCC < 1:371093/91‑1 CTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCAGTCAATATAAAGAATCGACCGCAATCC > 2:3355227/1‑91 TAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAATCCA > 2:1155443/1‑91 TAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAATCCA > 1:1416580/1‑91 AGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAATCCAC > 1:956949/1‑91 GCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAATCCACA > 1:2031620/1‑91 GCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAATCCACA < 2:1936423/91‑1 CAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAATCCACAA > 1:3572368/1‑91 CAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAATCCACAA > 1:1198972/1‑91 CCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAATCCACAAAAATGGCAAGC > 2:660962/1‑91 ATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAATCCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGT < 1:660962/91‑1 TCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAATCCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTT < 1:3207788/91‑1 TCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAATCCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTT < 2:1533896/91‑1 TCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAATCCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTT < 2:1535155/91‑1 TCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAATCCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTT < 2:1533913/91‑1 CAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAATCCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTT < 1:3099526/91‑1 CAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAATCCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTT < 1:2064685/91‑1 AATTAATCAAGTCATGCAATATAAATAATCGACCGCAATCCACAAAAATGGCAAGCACTGAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGT < 2:3557307/91‑1 AATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAATCCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGT < 2:467459/91‑1 AATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAATCCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGT < 2:1542463/91‑1 ATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAATCCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTG < 1:1180885/91‑1 CGCAATCCACAAAAATGGCAAGCACTAGAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTT < 2:1341541/91‑1 CGCAATCCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTT > 2:2417226/1‑91 CGCAATCCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTT < 2:2798146/91‑1 CGCAATCCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTT > 2:178826/1‑91 CGCAATCCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTT < 2:1341442/91‑1 GCAATCCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTG > 2:3656728/1‑91 CAATCCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGA < 1:1114531/91‑1 CAATCCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGA < 2:850971/91‑1 AATCCACAAAACTGGCAAGCACTGAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATAGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGAT < 2:2969191/91‑1 AATCCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGAT > 2:65449/1‑91 ATCCACAAAAATGGCAAGCACTAAATTAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATT < 2:526132/91‑1 ATCCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATT < 2:972009/91‑1 ATCCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATT < 1:2062668/91‑1 ATCCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATT < 1:755332/91‑1 ATCCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATT < 1:2062700/91‑1 ATCCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATT < 1:2955943/91‑1 ATCCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATT < 1:2955944/91‑1 ATCCACAAAAATGACAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATT > 2:2799548/1‑91 CCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATTAA < 1:305977/91‑1 CCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATT > 2:2159829/1‑89 CCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATT < 1:2159829/89‑1 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AAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATTAATTTGAT > 1:2525811/1‑91 AAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATTAATTTGAT < 1:185887/91‑1 AATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATTAATTTGATT < 1:65449/91‑1 AATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCGTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATGATTTATATTGCATGATTTGATTAATTTGATT < 1:3448703/91‑1 CCCGCGACTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAATCCACAAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/920287‑920390‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgcaatccacaaaaATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATTAATTTGATT < USA300TCH1516_ALE/920428‑920339 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |