| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 932460 = | 154 (0.810) | 17 (0.110) | 13/136 | NT | 10.6% | intergenic (+6/+257) | USA300HOU_RS04635/nfuA | hypothetical protein/Fe/S biogenesis protein NfuA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 932506 = | 155 (0.960) | intergenic (+52/+211) | USA300HOU_RS04635/nfuA | hypothetical protein/Fe/S biogenesis protein NfuA | |||||
ATTGCCACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/932561‑932460‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatgtgctatttTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAATAGTATAAAAT > USA300TCH1516_ALE/932506‑932595 ATTGCCACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTT > 2:524549/1‑91ATTGCCACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTT < 1:954536/91‑1ATTGCCACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTT < 1:955724/91‑1ATTGCCACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTT < 2:3376916/91‑1ATTGCCACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTT < 2:3346027/91‑1ATTGCCACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTT < 2:1823385/91‑1ATTGCCACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTT < 1:2734271/91‑1 TGCCACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAGTTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTAT < 2:3413573/91‑1 TGCCACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTAT > 1:2701445/1‑91 TGCCACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTAT > 2:1995095/1‑91 TGCCACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTAT < 2:2046714/91‑1 TGCCACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTAT < 1:3431876/91‑1 TGCCACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTAT < 1:3431530/91‑1 TGCCACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTAT > 1:221237/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |