New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 932460 = | 154 (0.810) | 17 (0.110) | 13/136 | NT | 10.6% | intergenic (+6/+257) | USA300HOU_RS04635/nfuA | hypothetical protein/Fe/S biogenesis protein NfuA |
? | USA300TCH1516_ALE | 932506 = | 155 (0.960) | intergenic (+52/+211) | USA300HOU_RS04635/nfuA | hypothetical protein/Fe/S biogenesis protein NfuA |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
GTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAATAGTATAAAAT > USA300TCH1516_ALE/932417‑932595 | gTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTCTGATTGAGCGTATGTGCTAttttt < 1:495108/91‑1 (MQ=255) tGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTta < 2:2111787/91‑1 (MQ=255) aagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTta > 2:1768345‑M1/43‑91 (MQ=255) gcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTtata > 1:1017868‑M1/41‑91 (MQ=255) aaCCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTtata < 2:648970/91‑1 (MQ=255) aCCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTatat < 2:3297530/91‑1 (MQ=255) aCCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTatat > 2:2013546/1‑91 (MQ=255) ccACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATAtt > 2:2429935/1‑91 (MQ=255) ccACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATAtt < 2:1644722/91‑1 (MQ=255) catattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATAttt > 1:1454197‑M1/38‑91 (MQ=255) catagtactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATAttt > 2:3527431‑M1/38‑91 (MQ=255) cacaACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATAttt < 1:1829311/91‑1 (MQ=255) caACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTa < 1:705091/91‑1 (MQ=255) caACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTa < 1:1128544/91‑1 (MQ=255) 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cTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAgaatagaata > 2:1960841/1‑91 (MQ=255) aaaaaTTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGt > 1:2339496/1‑91 (MQ=255) aaaaaTTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGt < 2:1295483/91‑1 (MQ=255) aaTTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGCTTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAACAGAATAGTAat > 2:2961918/1‑91 (MQ=255) aaTTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAat > 1:950885/1‑91 (MQ=255) aaTTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAat < 1:1574724/91‑1 (MQ=255) aTTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAata < 1:1207651/91‑1 (MQ=255) aaaaTACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATAtgt > 2:1017592/1‑91 (MQ=255) aaaTACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATAtgtg > 1:1487002/1‑91 (MQ=255) tataaaaatagcacatacgctcaatcaaaatcgttgagttatgtgctatttGTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGc > 1:1464693‑M2/52‑91 (MQ=255) aaTACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGc > 1:551762/1‑91 (MQ=255) ataaaaatagcacatacgctcaatcaaaatcgttgagctatgtgctatttTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCt > 2:1450440‑M2/51‑91 (MQ=255) aTACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCt > 1:1805198/1‑91 (MQ=255) aTACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCt < 1:79039/91‑1 (MQ=255) taaaaatagcacatacgctcaatcaaaatcgttgagttatgtgctatttTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCtt > 2:1770641‑M2/50‑91 (MQ=255) aCAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTg < 1:1778463/91‑1 (MQ=255) aCAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTg > 2:3103692/1‑91 (MQ=255) aCAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTg < 1:3188284/91‑1 (MQ=255) AAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGa > 2:1543448‑M1/1‑91 (MQ=255) AATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGat > 2:2569071‑M1/1‑91 (MQ=255) AATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGat > 2:546448‑M1/1‑91 (MQ=255) GCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATAtgt < 1:125685‑M1/91‑1 (MQ=255) GCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATAtgt > 2:2334980‑M1/1‑91 (MQ=255) acatacgctcaatcaaaatcgttgagttatgtgctatttTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTgg > 2:1681970‑M2/40‑91 (MQ=255) ACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTgg > 2:263684‑M1/1‑91 (MQ=255) catacgctcaatcaaaatcgttgagttatgtgctatttTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGc > 1:3794709‑M2/39‑91 (MQ=255) CATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGc > 1:2840720‑M1/1‑91 (MQ=255) CATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGc > 1:2013049‑M1/1‑91 (MQ=255) CATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGc > 1:597333‑M1/1‑91 (MQ=255) ATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCa > 1:221237‑M1/1‑91 (MQ=255) ATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCa < 1:3431876‑M1/91‑1 (MQ=255) ATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAACTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCa < 2:3413573‑M1/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |