| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 932460 = | 154 (0.810) | 17 (0.110) | 13/136 | NT | 10.6% | intergenic (+6/+257) | USA300HOU_RS04635/nfuA | hypothetical protein/Fe/S biogenesis protein NfuA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 932506 = | 155 (0.960) | intergenic (+52/+211) | USA300HOU_RS04635/nfuA | hypothetical protein/Fe/S biogenesis protein NfuA | |||||
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
GAAAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGA > USA300TCH1516_ALE/932370‑932550 | aaaGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATATAA > 1:1854037‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAA > 2:765976‑M1/1‑91 (MQ=255) attttatactatttatctgattaattattttattattgccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaa < 1:1441749‑M1/1‑1 (MQ=255) ttttatactatttatctgattaattattttattattgccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaaa > 1:1028948‑M1/90‑91 (MQ=255) aGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAAT < 2:2268006‑M1/91‑1 (MQ=255) gTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAG < 1:2441877‑M1/91‑1 (MQ=255) atactatttatctgattaattattttattattgccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAg > 1:2949807‑M1/86‑91 (MQ=255) gggTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCAC > 1:693866‑M1/1‑91 (MQ=255) gTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACAT > 2:1444330‑M1/1‑91 (MQ=255) gTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACAT < 1:1500777‑M1/91‑1 (MQ=255) gTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACAT < 1:2815613‑M1/91‑1 (MQ=255) gTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACAT > 1:260811‑M1/1‑91 (MQ=255) gTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACAT > 1:2079410‑M1/1‑91 (MQ=255) tttATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATA > 2:320216‑M1/1‑91 (MQ=255) atttatctgattaattattttattattgccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACAt > 2:3814938‑M1/81‑91 (MQ=255) atttatctgattaattattttattattgccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACAt < 2:2167836‑M1/11‑1 (MQ=255) tttatctgattaattattttattattgccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACATa > 2:1353389‑M1/80‑91 (MQ=255) tttatctgattaattattttattattgccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACATa < 1:1713413‑M1/12‑1 (MQ=255) tataTGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAAc < 1:100356/91‑1 (MQ=255) tataTGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAAc < 2:584543/91‑1 (MQ=255) tataTGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAAc < 2:661941/91‑1 (MQ=255) atatGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACt > 2:888298/1‑91 (MQ=255) tatGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTc > 1:1543448/1‑91 (MQ=255) gATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACg > 2:2858476/1‑91 (MQ=255) tGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGCACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGAt > 2:3383179/1‑91 (MQ=255) gAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGAtt < 2:1565584/91‑1 (MQ=255) cAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTttg > 2:3497169/1‑91 (MQ=255) attattttattattgccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACATAACTCAACGAttt > 2:60381‑M1/68‑91 (MQ=255) aaTTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTttgat < 1:765002/91‑1 (MQ=255) aaTTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTttgat > 2:629547/1‑91 (MQ=255) ttttattattgccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACATAACTCAACGATTttgat > 2:263855‑M1/64‑91 (MQ=255) ttGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTttgattg > 2:3565285/1‑91 (MQ=255) tGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAcgctcaatcaaaatcgttg < 2:2533766‑M1/91‑20 (MQ=255) tGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTttgattga < 2:1109766/91‑1 (MQ=255) gCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAcgctcaatcaaaatcgttga < 1:2967558‑M1/91‑21 (MQ=255) tatcattgccacatatccaagcacatattcctattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACATAACTCAACGATTttgattga > 1:3123386‑M1/61‑91 (MQ=255) cGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGc > 1:3695932/1‑91 (MQ=255) ttattgccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatacaaA‑‑TAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGt > 1:1176136‑M1/59‑91 (MQ=255) aaaCATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAcgctcaatcaaaatcgttgagtt < 1:634625‑M1/91‑24 (MQ=255) aaaCATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATACCTCAACGATTTTGATTGCGCGt < 1:593559‑M2/91‑2 (MQ=255) aaCATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGta < 2:1913222‑M2/91‑3 (MQ=255) cATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGtatg > 2:2794644‑M2/1‑87 (MQ=255) cATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGtatg > 2:2725277‑M2/1‑87 (MQ=255) atatGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGtatgt > 1:2165525‑M2/1‑86 (MQ=255) tatGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGtatgtg < 1:3043121‑M2/91‑7 (MQ=255) tatGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGtatgtg > 2:260811‑M2/1‑85 (MQ=255) gccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTAtg > 1:3794709‑M1/54‑91 (MQ=255) ccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTAtgt > 2:1681970‑M1/53‑91 (MQ=255) cacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTAtgtg > 1:3738681‑M1/52‑91 (MQ=255) gAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAcgctcaatcaaaatcgttgagttatgtgcta < 1:1961166‑M1/91‑32 (MQ=255) gAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGtatgtgcta < 2:2402963‑M2/91‑10 (MQ=255) aaaGGTGCACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAACATTAAA‑‑ATACCAATAGCACATAACTCAACACTTTTGATTGAGCGtatgtgctat < 2:3610864‑M2/91‑11 (MQ=255) aaaGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACt > 2:2392630/1‑62 (MQ=255) aaaGGTGAACCACAACATGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGtatgtgctat > 2:2971316‑M2/1‑81 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |