| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 932628 = | 220 (1.150) | 24 (0.140) | 14/142 | NT | 12.1% | intergenic (+174/+89) | USA300HOU_RS04635/nfuA | hypothetical protein/Fe/S biogenesis protein NfuA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 932675 = | 154 (0.910) | intergenic (+221/+42) | USA300HOU_RS04635/nfuA | hypothetical protein/Fe/S biogenesis protein NfuA | |||||
AGTATTCTAATATAAAGATATTAAGTTAACAGAACATATTATGAATAACAACAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/932726‑932628‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cctgtctttGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATATTAGAATACTTGTTCTACTTCTATTACACCAGGCACTTCTTCGTGTAA > USA300TCH1516_ALE/932675‑932764 AGTATTCTAATATAAAGATATTAAGTTAACAGAACATATTATGAATAACAACAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTAC < 1:1266103/91‑1AGTATTCTAATATAAAGATATTAAGTTAACAGAACATATTATGAATAACAACAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTAC < 1:3852091/91‑1AGTATTCTAATATAAAGATATTAAGTTAACAGAACATATTATGAATAACAACAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTAC > 2:2290323/1‑91AGTATTCTAATATAAAGATATTAAGTTAACAGAACATATTATGAATAACAACAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTAC < 1:3853824/91‑1 GTATTCTAATATAAAGATATTAAGTTAACAGAACATATTATGAATAACAACAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACC > 1:1715521/1‑91 GTATTCTAATATAAAGATATTAAGTTAACAGAACATATTATGAATAACAACAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACC > 2:545504/1‑91 ATTCTAATATAAAGATATTAAGTTAACAGAACATATTATGAATAACAACAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTG < 2:592056/91‑1 TTCTAATATAAAGATATTAAGTTAACAGAACATATTATGAATAACAACAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGT < 1:1668/91‑1 TCTAATATAAAGATATTAAGTTAACAGAACATATTATGAATCACAACAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTC > 2:2949807/1‑91 TCTAATATAAAGATATTAAGTTAACAGAACATATTATGAATAACAACAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACTTGTt > 2:593559/1‑90 TCTAATATAAAGATATTAAGTTAACAGAACATATTATGAATAACAACAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTC > 2:593571/1‑91 TCTAATATAAAGATATTAAGTTAACAGAACATATTATGAATAACAACAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTC > 1:263855/1‑91 TCTAATATAAAGATATTAAGTTAACAGAACATATTATGAATAACAACAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTC > 2:2007682/1‑91 CTAATATAAAGATATTAAGTTAACAGAACATATTATGAATAACAACAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCT < 2:3260365/91‑1 CTAATATAAAGATATTAAGTTAACAGAACATATTATGAATAACAACAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCT > 2:2642373/1‑91 CTAATATAAAGATATTAAGTTAACAGAACATATTATGAATAACAACAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCT > 2:2471285/1‑91 CTAATATAAAGATATTAAGTTAACAGAACATATTATGAATAACAACAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCT > 2:3696070/1‑91 CTAATATAAAGATATTAAGTTAACAGAACATATTATGAATAACAACAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCT < 1:3106027/91‑1 CTAATATAAAGATATTAAGTTAACAGAACATATTATGAATAACAACAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCT > 2:3696193/1‑91 CTAATATAAAGATATTAAGTTAACAGAACATATTATGAATAACAACAAAGACAGGAATACTGAATAATTTATAATGAGTTATTACCTGTCT > 2:3355521/1‑91 AATATAAAGATATTAAGTTAACAGAACATATTATGAATAACAACAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCTTT > 1:2140875/1‑91 TTATGAATAACAACAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCTTTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTT > 1:1441106/1‑91 TTATGAATAACAACAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCTTTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTT > 1:1441839/1‑91 CAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCTTTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATAT > 2:1458244/1‑91 AAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCTTTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATATT > 1:72329/1‑91 GACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCTTTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATATTAGA > 2:1700062/1‑91 ACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCTTTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATATTAGAA > 2:3397675/1‑91 ACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCTTTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATATTAGAA > 2:3397628/1‑91 CAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCTTTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATATTAGAAT > 1:379528/1‑91 CAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCTTTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATATTAGAAT > 1:2505105/1‑91 CAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCTTTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATATTAGAAT > 2:3086906/1‑91 CAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCTTTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATATTAGAAT > 1:1480312/1‑91 CAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCTTTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCT > 2:3676530/1‑79 CAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCTTTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCT < 1:1727396/79‑1 CAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCTTTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCT > 2:1727396/1‑79 CAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCTTTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCT < 1:3676530/79‑1 AGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCTTTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATATTAGAATA > 1:1036787/1‑91 AGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCTTTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATATTAGAATA > 1:1035792/1‑91 AGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCTTTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATATTAGAATA > 1:2468834/1‑91 GGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCTTTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATATTAGAATAC > 1:445957/1‑91 GAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCTTTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATATTAGAATACT > 1:588118/1‑91 TACTGAATTATTTATAATCAG‑TATT‑CCTGTCTCTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATATTAGAATACTTGTTC > 1:1395841/1‑91 TGAATTATTTATAATCAG‑TATT‑CCTGTCTTTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATATTAGAATACTTGTTCTAC > 2:3120601/1‑91 ATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCTTTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATATTAGAATACTTGTTCTACT > 2:1163347/1‑91 TAATCAGTTATTACCTGTCTTTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATATTAGAATACTTGTTCTACTTCTATTAC > 1:1063717/1‑91 CCTGTCTTTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATATTAGAATACTTGTTCTACTTCTATTACACCAGGCACTTCT < 1:3527431/91‑1 CTGTCTCTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATATTAGAATACTTGTTCTACTTCTATTACACCAGGCACTTCTT < 2:1540215/91‑1 TGTCTTTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATATTAGAATACTTGTTCTACTTCTATTACACCAGGCACTTCTTC < 2:2339496/91‑1 TGTCTTTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATATTAGAATACTTGTTCTACTTCTATTACACCAGGCACTTCTTC < 2:2898839/91‑1 GTCTTTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTACTATCTTTATATTAGAATACTTGTTCTACTTCTATTACACCAGGCACTTCTTCG > 1:3274321/1‑91 GTCTTTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATATTAGAATACTTGTTCTACTTCTATTACACCAGGCACTTCTTCG > 2:1968351/1‑91 TTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATATTAGAATACTTGTTCTACTTCTATTACACCAGGCACTTCTTCGTGTA < 2:2838607/91‑1 TTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATATTAGAATACTTGTTCTACTTCTATTACACCAGGCACTTCTTCGTGTA < 1:2581873/91‑1 TGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATATTAGAATACTTGTTCTACTTCTATTACACCAGGCACTTCTTCGTGTAA < 2:2091277/91‑1 TGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATATTAGAATACTTGTTCTACTTCTATTACACCAGGCACTTCTTCGTGTAA > 2:77692/1‑91 AGTATTCTAATATAAAGATATTAAGTTAACAGAACATATTATGAATAACAACAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/932726‑932628‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cctgtctttGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATATTAGAATACTTGTTCTACTTCTATTACACCAGGCACTTCTTCGTGTAA > USA300TCH1516_ALE/932675‑932764 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |