| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 932628 = | 220 (1.150) | 24 (0.140) | 14/142 | NT | 12.1% | intergenic (+174/+89) | USA300HOU_RS04635/nfuA | hypothetical protein/Fe/S biogenesis protein NfuA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 932675 = | 154 (0.910) | intergenic (+221/+42) | USA300HOU_RS04635/nfuA | hypothetical protein/Fe/S biogenesis protein NfuA | |||||
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
ATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAATAGTATAAAATAACTTTCCCATCAGTCCAATTTGACAGCGAAAAAAGACAGGTAATAACTGATTATAAATAATTCAGTATTCCTGTCTTTGTTGTTATTCATAATATGTTCTGTTAACTTAATATCTTTATATT > USA300TCH1516_ALE/932538‑932718 | ttacacgaagaagtgcctggtgtaatagaagtagaacaagtattctaatataaagatattaagttaacagaacatattatgaataacaaca > 2:77692‑M1/91‑91 (MQ=255)ttacacgaagaagtgcctggtgtaatagaagtagaacaagtattctaatataaagatattaagttaacagaacatattatgaataacaaca < 2:2091277‑M1/1‑1 (MQ=255)atatGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAATAGTATAAAATAACTTTCCCATCAGTCCAATTTGACAGCGaaaa > 2:3455412/1‑91 (MQ=255) tacacgaagaagtgcctggtgtaatagaagtagaacaagtattctaatataaagatattaagttaacagaacatattatgaataacaacaa < 2:2838607‑M1/2‑1 (MQ=255) atGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAATAGTATAAAATAACTTTCCCATCAGTCCAATTTGACAGCGaaaaaa > 2:1777982/1‑91 (MQ=255) atGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAATAGTATAAAATAACTTTCCCATCAGTCCAATTTGACAGCGaaaaaa > 1:2898839/1‑91 (MQ=255) 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taataaAATAATTAATCAGATAAATAGTATAAAATAACTTTCCCATCAGTCCAATTTGACAGCGAAAAAAGACAGGTAATAACTGATtata < 1:527892/91‑1 (MQ=255) ataaaataaTTAATCAGATAAATAGTATAAAATAACTTTCCCATCAGTCCAATTTGACAGCGAAAAAAGACAGGTAATAACTGATTataaa > 2:3382542/1‑91 (MQ=255) ataaaataaTTAATCAGATAAATAGTATAAAATAACTTTCCCATCAGTCCAATTCGACAGCGAAAAAAGACAGGTAATAACTGATTataac > 2:3834889/1‑90 (MQ=255) taaaataaTTAATCAGATAAATAGTATAAAATAACTTTCCCATCAGTCCAATTTGACAGCGAAAAAAGACAGGTAATAACTGATTataaat > 2:1958242/1‑91 (MQ=255) taaaataaTTAATCAGATAAATAGTATAAAATAACTTTCCCATCAGTCCAATTTGACAGCGAAAAAAGACAGGTAATAACTGATTataaat > 2:55709/1‑91 (MQ=255) taaaataaTTAATCAGATAAATAGTATAAAATAACTTTCACATAAGTCCAATTTGACAGCGAAAAAAGACAGGTAATAACTGATTataaat > 2:1554152/1‑91 (MQ=255) aaaataaTTAATCAGATAAATAGTATAAAATAACTTTCCCATCAGTCCAATTTGACGGCGAAAAAAGACAGGTAATAACTGATTataaata > 1:732480/1‑91 (MQ=255) aaataaTTAATCAGATAAATAGTATAAAATAACTTTCCCATCAGTCCAATTTGACAGCGAAAAAAGACAGGTAATAACTGATTataaataa > 1:2723153/1‑91 (MQ=255) 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aatCAGATAAATAGTATAAAATAACTTTCCCATCAGTCCAATTTGACAGCGAAAAAAGACAGGTAATAACTGATTATAAATAATTCAGTAt > 1:1764584/1‑91 (MQ=255) gtattctaatataaagatattaagttaacagaacatattatgaataacaacAAAGACAGGTAATAACTGATTATAAATAATTCAGTATTcc > 1:445957‑M1/52‑91 (MQ=255) tattctaatataaagatattaagttaacagaacatattatgaataacaacAAAGACAGGTAATAACTGATTATAAATAATTCAGTATTCCt > 1:1035792‑M1/51‑91 (MQ=255) aGATAAATAGTATAAAATAACTTTGCCATCAGTCCAATTTGACAGCGAAAAAAGACAGGTAATAACTGATTATAAATAATTCAGTATTCCt < 2:3609257/91‑1 (MQ=255) aGATAAATAGTATAAAATAACTTTCCCATCAGTCCAATTTGACAGCGAAAAAAGACAGGTAATAACTGATTATAAATAATTCAGTATTCCt < 2:950640/91‑1 (MQ=255) gATAAATAGTATAAAATAACTTTCCCATCAGTCCAATTTGACAGCGAAAAAAGACAGGTAATAACTGATTATAAATAATTCAGTATTCCTg > 2:3291940/1‑91 (MQ=255) attctaatataaagatattaagttaacagaacatattatgaataacaacAAAGACAGGTAATAACTGATTATAAATAATTCAGTATTCCTg > 1:379528‑M1/50‑91 (MQ=255) attctaatataaagatattaagttaacagaacatattatgaataacaacAAAGACAGGTAATAACTGATTATAAATAATTCAGTATTCCTg > 1:1480312‑M1/50‑91 (MQ=255) attctaatataaagatattaagttaacagaacatattatgaataacaacAAAGACAGGTAATAACTGATTATAAATAATTCAGTATTCCTg > 2:3086906‑M1/50‑91 (MQ=255) attctaatataaagatattaagttaacagaacatattatgaataacaacAAAGACAGGTAATAACTGATTATAAATAATTCAGTATTCCTg > 1:2505105‑M1/50‑91 (MQ=255) ttctaatataaagatattaagttaacagaacatattatgaataacaacAAAGACAGGTAATAACTGATTATAAATAATTCAGTATTCCTGt > 2:3397675‑M1/49‑91 (MQ=255) tAAATAGTATAAAATAACTTTCCCATCAGTCCAATTTGACAGCGAAAAAAGACAGGTAATAACTGATTATAAATAATTCAGTATTCCTGTc < 1:203976/91‑1 (MQ=255) aaTAGTATAAAATAACTTTCCCATCAGTCCAATTTGACAGCGAAAAAAGACAGGTAATAACTGATTATAAATAATTCAGTATTCCTGTCtt < 2:1805142/91‑1 (MQ=255) tAGTATAAAATAACTTTCCCATCAGTCCAATTTGACAGCGAAAAAAGACAGGTAATAACTGATTATAAATAATTCAGTATTCCTGTCTttg > 2:1124816/1‑91 (MQ=255) tAGTATAAAATAACTTTCCCATCAGTCCAATTTGACAGCGAAAAAAGACAGGTAATAACTGATTATAAATAATTCAGTATTCCTGTCTttg > 2:1730997/1‑91 (MQ=255) tAGTATAAAATAACTTTCCCATCAGTCCAATTTGACAGCGAAAAAAGACAGGTAATAACTGATTATAAATAATTCAGTATTCCTGTCTttg > 1:3043627/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |