| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 971394 = | 154 (0.810) | 25 (0.150) | 14/142 | NT | 16.1% | intergenic (+22/+149) | USA300HOU_RS04810/cdr | hypothetical protein/Coenzyme A disulfide reductase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 971435 = | 125 (0.740) | intergenic (+63/+108) | USA300HOU_RS04810/cdr | hypothetical protein/Coenzyme A disulfide reductase | |||||
TGGACTGGTACTACTATCCAGTCCATTTTTTATGTTTAACATTTTTAGAATCAAAAAAGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGT‑CCATG‑CCTTATGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/971492‑971394‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccttatgtcTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCAACATAATTCTAACCTAGACAATTAAGATTAGA > USA300TCH1516_ALE/971435‑971524 TGGACTGGTACTACTATCCAGTCCATTTTTTATGTTTAACATTTTTAGAATCAAAAAAGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGT‑CCATG‑C < 2:2208647/91‑1 GGACTGGTACTACTATCCAGTCCATTTTTTATGTTTAACATTTTTAGAATCAAAAAAGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGT‑CCATG‑CC < 1:3430200/91‑1 GACTGGTACTACTATCCAGTCCATTTTTTATGTTTAACATTTTTAGAATCAAAAAAGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGT‑CCATG‑CCT < 2:3490026/91‑1 GACTGGTACTACTATCCAGTCCATTTTTTATGTTTAACATTTTTAGAATCAAAAAAGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGT‑CCATG‑CCT < 2:3490000/91‑1 GACTGGTACTACTATCCAGTCCATTTTTTATGTTTAACATTTTTAGAATCAAAAAAGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGT‑CCATG‑CCT > 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2:107664/91‑1 GTACTACTATCCAGTCCATTTTTTATGTTTAACATTTTTAGAATCAAAAAAGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGT‑CCATG‑CCTTATGT < 1:102145/91‑1 GTACTACTATCCAGTCCATTTTTTATGTTTAACATTTTTAGAATCAAAAAAGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGT‑CCATG‑CCTTATGT > 1:2350433/1‑91 TACTACTATCCAGTCCATTTTTTATGTTTAACATTTTTAGAATCAAAAAAGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGT‑CCATG‑CCTTATGTC < 1:2389361/91‑1 TACTACTATCCAGTCCATTTTTTATGTTTAACATTTTTAGAATCAAAAAAGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGT‑CCATG‑CCTTATGTC < 1:2389419/91‑1 TACTACTATCCAGTCCATTTTTTATGTTTAACATTTTTAGAATCAAAAAAGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGT‑CCATG‑CCTTATGTC > 1:2912122/1‑91 CTACTATCCAGTCCATTTTTTATGTTTAACATTTTTAGAATCAAAAAAGACATAAGGTCTTGGACAATTATTAGT‑CCAAGACCTTATGTCT < 2:676584/91‑1 TTTAACATTTTTAGAATCAAAAAAGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGT‑CCATG‑CCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACA > 1:3051092/1‑91 TTTAGAATCAAAAAAGACATAAGGTCTCGGACTAATAATTGTCCCAGA‑CCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAAT > 1:2768350/1‑91 AAAAAGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGT‑CCATG‑CCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAG > 1:3294941/1‑91 AGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGT‑CCATG‑CCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGT > 2:2195914/1‑91 AGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGT‑CCATG‑CCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGT > 1:2502607/1‑91 AGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGT‑CCATG‑CCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGT > 2:1424557/1‑91 GACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGT‑CCATG‑CCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTA > 1:467102/1‑91 ACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGT‑CCATG‑CCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTAC > 1:3129804/1‑91 ACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGT‑CCATG‑CCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTAC > 2:1709380/1‑91 ACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGT‑CCATG‑CCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTAC > 2:1709262/1‑91 ACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGT‑CCATG‑CCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTAC > 1:895243/1‑91 ACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGT‑CCATG‑CCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTAC > 1:773662/1‑91 ATAAGGTCTTGGACTAATAATTGT‑CCATG‑CCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCA > 2:3262009/1‑91 TAAGGTCTTGGACTAATAATTGT‑CCATG‑CCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAG > 1:3049323/1‑91 TAAGGTCTTGGACTAATAATTGT‑CCATG‑CCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAG > 2:5075/1‑91 TAAGGTCTTCGACTAATAATTGT‑CCATG‑CCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAG > 1:1945560/1‑91 AAGGTCTTGGACTAATAATTGT‑CCATG‑CCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGT > 2:2238/1‑91 AAGGTCTTGGACTAATAATTGT‑CCATG‑CCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGT > 1:601006/1‑91 AAGGTCTTGGACTAATAATTGT‑CCATG‑CCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGT > 1:600894/1‑91 AAGGTCTTGGACTAATAATTGT‑CCATG‑CCTTATGTCTTTTTTGATTCAAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGT > 1:3880779/1‑91 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USA300TCH1516_ALE/971492‑971394‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccttatgtcTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCAACATAATTCTAACCTAGACAATTAAGATTAGA > USA300TCH1516_ALE/971435‑971524 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |