| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 971394 = | 154 (0.810) | 25 (0.150) | 14/142 | NT | 16.1% | intergenic (+22/+149) | USA300HOU_RS04810/cdr | hypothetical protein/Coenzyme A disulfide reductase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 971435 = | 125 (0.740) | intergenic (+63/+108) | USA300HOU_RS04810/cdr | hypothetical protein/Coenzyme A disulfide reductase | |||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
ATCATCACAATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTA > USA300TCH1516_ALE/971304‑971484 | tcatcaCAATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGA > 2:693018‑M1/1‑91 (MQ=255) catcaCAATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGAC < 1:3127535‑M1/91‑1 (MQ=255) atcaCAATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACA < 1:102552‑M1/91‑1 (MQ=255) tcaCAATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACAT < 1:1839873‑M1/91‑1 (MQ=255) atcttaattgtctaggttagaattatgttggactggtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACAt > 2:1602075‑M1/87‑91 (MQ=255) atcttaattgtctaggttagaattatgttggactggtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACAt > 1:389664‑M1/87‑91 (MQ=255) atcttaattgtctaggttagaattatgttggactggtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACAt > 1:2684924‑M1/87‑91 (MQ=255) tcttaattgtctaggttagaattatgttggactggtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATa > 1:2529193‑M1/86‑91 (MQ=255) ttaattgtctaggttagaattatgttggactggtactactatccagtcctttttttatgtttaaacatttttagaatcaaaaaaGACATaa > 2:2169105‑M1/85‑91 (MQ=255) ttaattgtctaggttagaattatgttggactggtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAg > 1:1340937‑M1/84‑91 (MQ=255) ttaattgtctaggttagaattatgttggactggtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAg > 1:2798167‑M1/84‑91 (MQ=255) aaTGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG < 1:1014687‑M1/91‑1 (MQ=255) aTGTTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACCTAAGGc < 1:3013422/91‑1 (MQ=255) ggTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCAt > 1:993808/1‑91 (MQ=255) ggTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCAt > 2:2836624/1‑91 (MQ=255) gTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATg > 2:2996072/1‑91 (MQ=255) tATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATgg > 2:926227/1‑91 (MQ=255) tATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATgg > 2:1226206/1‑91 (MQ=255) tAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACa < 1:3725032/91‑1 (MQ=255) aggttagaattatgttggactggtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGGCATGGACaa < 1:2195914‑M1/18‑1 (MQ=255) aGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACaa < 2:741482/91‑1 (MQ=255) aGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACaa > 2:2971779/1‑91 (MQ=255) tgtCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAatta < 2:2038713/91‑1 (MQ=255) cATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAAttatta < 2:1794862/91‑1 (MQ=255) aattatgttggactggtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGGCATGGACAATTATTAg > 1:43053‑M1/67‑91 (MQ=255) aTTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAg > 1:2419439/1‑91 (MQ=255) ttCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGt < 2:37109/91‑1 (MQ=255) ttCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGt < 2:3105926/91‑1 (MQ=255) tCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTc < 1:1236835/91‑1 (MQ=255) tCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTc < 2:2471408/91‑1 (MQ=255) cTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATCCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGt < 2:97163/89‑1 (MQ=255) cTACCATTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTcc < 2:3144377/91‑1 (MQ=255) tACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCa > 1:2303327/1‑91 (MQ=255) tACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCa > 1:1742817/1‑91 (MQ=255) aCCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCaa > 1:35181/1‑91 (MQ=255) aCCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCaa > 1:3072145/1‑91 (MQ=255) ccGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAg > 2:2814888/1‑91 (MQ=255) tggactggtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGAc > 2:2721615‑M1/59‑91 (MQ=255) ttAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGtcttggactaataattgtccatgcc < 2:515414‑M1/91‑26 (MQ=255) ttAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGAcc < 1:3866190‑M2/91‑3 (MQ=255) ttAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGAcc < 1:1292236‑M2/91‑3 (MQ=255) ttAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGAcc < 2:2254975‑M2/91‑3 (MQ=255) tAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGAcct > 2:2591211‑M2/1‑88 (MQ=255) actggtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCtt > 1:601006‑M1/56‑91 (MQ=255) gggCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGAcctta > 1:2879682‑M2/1‑86 (MQ=255) ctggtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCGAAGACCTTa > 1:1945560‑M1/55‑91 (MQ=255) tggtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTAt > 2:3262009‑M1/54‑91 (MQ=255) gtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGt > 2:1709380‑M1/52‑91 (MQ=255) gtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGt > 1:773662‑M1/52‑91 (MQ=255) gtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGt > 1:895243‑M1/52‑91 (MQ=255) ccTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGAccttatgt > 2:1575761‑M2/1‑83 (MQ=255) tactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTc > 1:467102‑M1/51‑91 (MQ=255) cTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGAccttatgtc < 2:1585454‑M2/91‑10 (MQ=255) tataTCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCt < 1:1570530/91‑1 (MQ=255) tataTCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCt < 2:2376702/91‑1 (MQ=255) actactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCt > 2:1424557‑M1/50‑91 (MQ=255) tatCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCttt < 1:1575651/91‑1 (MQ=255) tCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCttttt < 1:1617951/91‑1 (MQ=255) ctatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCttttt > 1:3294941‑M1/46‑91 (MQ=255) aaaTTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGtcttggactaataattgtccatgccttatgtcatatacta < 1:333474‑M1/91‑41 (MQ=255) tattCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCt < 1:3802605/91‑1 (MQ=255) tattCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCt < 1:2144142/91‑1 (MQ=255) ttCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTCTATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaa > 2:3809597/1‑91 (MQ=255) ttCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaa < 1:1063871/91‑1 (MQ=255) ttCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaa > 2:3831474/1‑91 (MQ=255) ttCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaa > 1:2331602/1‑91 (MQ=255) ttCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaa > 1:3178662/1‑91 (MQ=255) tCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGCCAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaa > 1:3664035/1‑91 (MQ=255) tCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaa > 1:3082952/1‑91 (MQ=255) cGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaaa < 2:1877925/91‑1 (MQ=255) 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aaGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAAt > 1:733207/1‑91 (MQ=255) gACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATgg < 1:587087/91‑1 (MQ=255) tataGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTg > 2:1132947/1‑91 (MQ=255) ataGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTCTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTgg > 2:3371362/1‑91 (MQ=255) taGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCGAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGa < 2:3056110/91‑1 (MQ=255) taGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTggt < 1:2910002/91‑2 (MQ=255) aGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGAt > 2:2009104/1‑91 (MQ=255) aGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGAt > 2:2765923/1‑91 (MQ=255) tataTGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGAtag > 1:2059219/1‑91 (MQ=255) atatGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGAtagt < 2:3215629/91‑1 (MQ=255) atGACATTAGGCATGGACAATCATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTCAACATAAAAAATGGACTGGAtagtag < 2:2619472/91‑1 (MQ=255) atGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGAtagtag > 2:1677884/1‑91 (MQ=255) gACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGAccttatgtcatatactatatgtcttatcaattagccaataccgaataattttgatatag < 1:631371‑M2/91‑60 (MQ=255) GACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGATAgtagta < 1:2389361‑M1/91‑1 (MQ=255) | ATCATCACAATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTA > USA300TCH1516_ALE/971304‑971484 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |