| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 971394 = | 154 (0.810) | 25 (0.150) | 14/142 | NT | 16.1% | intergenic (+22/+149) | USA300HOU_RS04810/cdr | hypothetical protein/Coenzyme A disulfide reductase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 971435 = | 125 (0.740) | intergenic (+63/+108) | USA300HOU_RS04810/cdr | hypothetical protein/Coenzyme A disulfide reductase | |||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
TATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCAACATAATTCTAACCTAGACAATTAAGATTAGAT > USA300TCH1516_ALE/971345‑971525 | tataTCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCt < 1:1570530/91‑1 (MQ=255)actactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCt > 2:1424557‑M1/50‑91 (MQ=255) ctactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaagacataaggtcttggacaattattagtccaagaccttatgtct < 2:676584‑M2/1‑1 (MQ=255) tatCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCttt < 1:1575651/91‑1 (MQ=255) tCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCttttt < 1:1617951/91‑1 (MQ=255) ctatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCttttt > 1:3294941‑M1/46‑91 (MQ=255) aaaTTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGa < 1:3512951/91‑1 (MQ=255) attattCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGAtt < 1:246918/91‑1 (MQ=255) tattCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCt < 2:2420691/91‑1 (MQ=255) tattCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCt < 1:3802605/91‑1 (MQ=255) ttCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaa > 1:3334240/1‑91 (MQ=255) ttCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaa > 1:3178662/1‑91 (MQ=255) tCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaa > 2:324803/1‑91 (MQ=255) tCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaa > 1:3082952/1‑91 (MQ=255) cGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaaa > 1:401968/1‑91 (MQ=255) cGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaaa < 2:1877925/91‑1 (MQ=255) attttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGGTCTGGGACAATTATTAGTCCGAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaa > 1:2768350‑M1/35‑91 (MQ=255) ggTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaaaa > 2:386366/1‑91 (MQ=255) ggTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaaaa < 2:3030756/91‑1 (MQ=255) gCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTaaa > 2:2727847/1‑91 (MQ=255) gCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTaaa > 2:2576002/1‑91 (MQ=255) cTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAAc > 2:3062404/1‑91 (MQ=255) tAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACa < 1:874173/91‑1 (MQ=255) tAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACa > 2:1781330/1‑91 (MQ=255) tttaacatttttagaatcaaaaaagacataaggtcttggactaataattgtccatgccttatgtcTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACa > 1:3051092‑M2/66‑91 (MQ=255) aaTTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTTATTCTAAAAATG‑TTAAACAt > 2:1526555/1‑91 (MQ=255) aaTTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACAt > 1:2843781/1‑91 (MQ=255) aTTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATa < 2:2324670/91‑1 (MQ=255) tGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATaaa < 2:330752/91‑1 (MQ=255) gATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATaaaa < 2:1275153/91‑1 (MQ=255) aaGTCATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAAt < 1:3121049/91‑1 (MQ=255) aaGACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAAt > 1:733207/1‑91 (MQ=255) aGACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATg > 1:1125410/1‑91 (MQ=255) gACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATgg < 1:587087/91‑1 (MQ=255) aCATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGa > 1:59856/1‑91 (MQ=255) tataGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTg < 2:3560400/91‑1 (MQ=255) ataGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTgg > 2:1028623/1‑91 (MQ=255) ataGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTgg > 1:2856323/1‑91 (MQ=255) 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atGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGAtagtag > 2:1677884/1‑91 (MQ=255) tGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATagtagt > 2:202323/1‑91 (MQ=255) agacataaggtcttggactaataattgtccatgccttatgtcTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATagtagt > 2:2195914‑M2/43‑91 (MQ=255) agacataaggtcttggactaataattgtccatgccttatgtcTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATagtagt > 1:2502607‑M2/43‑91 (MQ=255) GACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAgtagta > 1:2912122‑M1/1‑91 (MQ=255) GACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAgtagta < 1:2389419‑M1/91‑1 (MQ=255) gacataaggtcttggactaataattgtccatgccttatgtcTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAgtagta > 1:467102‑M2/42‑91 (MQ=255) ACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTAc < 1:102145‑M1/91‑1 (MQ=255) ACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTAc < 2:107664‑M1/91‑1 (MQ=255) ACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTAc > 1:2350433‑M1/1‑91 (MQ=255) acataaggtcttggactaataattgtccatgccttatgtcTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTAc > 1:895243‑M2/41‑91 (MQ=255) acataaggtcttggactaataattgtccatgccttatgtcTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTAc > 2:1709380‑M2/41‑91 (MQ=255) TAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAg < 2:513344‑M1/91‑1 (MQ=255) taaggtcttcgactaataattgtccatgccttatgtcTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAg > 1:1945560‑M2/38‑91 (MQ=255) AAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGt < 2:863914‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGt > 1:990370‑M1/1‑91 (MQ=255) 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atgtcTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCAACATAATTCTAACCTAGACAATTAAGAt > 1:389836‑M2/6‑91 (MQ=255) tgtcTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCAACATAATTCTAACCTAGACAATTAAGAtt < 2:3397856‑M2/87‑1 (MQ=255) tgtcTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCAACATAATTCTAACCTAGACAATTAAGAtt > 2:1549471‑M2/5‑91 (MQ=255) gtcTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCAACATAATTCTAACCTAGACAATTAAGATTa < 2:1255068‑M2/88‑1 (MQ=255) ttttttGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCAACATAATTCTAACCTAGACAATTAagattagat < 1:2835502/91‑1 (MQ=255) ttttttGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCAACATAATTCTAACCTAGACAATTAagattagat > 2:1184205/1‑91 (MQ=255) | TATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCAACATAATTCTAACCTAGACAATTAAGATTAGAT > USA300TCH1516_ALE/971345‑971525 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |