| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 971402 | 149 (0.780) | 9 (0.050) | 8/142 | NT | 6.5% | intergenic (+30/+141) | USA300HOU_RS04810/cdr | hypothetical protein/Coenzyme A disulfide reductase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 971425 | 125 (0.740) | intergenic (+53/+118) | USA300HOU_RS04810/cdr | hypothetical protein/Coenzyme A disulfide reductase | |||||
ATCATCACAATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/971304‑971402‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gacataaggTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATATACTATATGTCTTATCAATTAGCCAATACCGAATAATTTTGATATAGGCCCTAA < USA300TCH1516_ALE/971425‑971337 ATCATCACAATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATG > 1:2364202/1‑91 TCATCACAATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGA > 2:693018/1‑91 TCATCACAATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGA > 2:3127535/1‑91 CATCACAATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGAC < 2:2886073/91‑1 CATCACAATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGAC < 1:3127535/91‑1 ATCACAATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACA < 1:102395/91‑1 ATCACAATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACA < 1:102552/91‑1 TCACAATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACAT > 1:1517493/1‑91 TCACAATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACAT < 1:1839873/91‑1 CACAATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATA < 1:2096873/91‑1 ACAATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAA > 2:990370/1‑91 AATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG < 1:210953/91‑1 AATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG < 1:1014687/91‑1 TACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACGAATAATTGTCCA < 1:2981701/91‑1 ACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCA < 1:3546997/91‑1 CCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCAT > 2:660880/1‑91 TTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCC < 2:515414/91‑1 AGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTT < 1:404157/91‑1 GCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATG < 2:3194224/91‑1 CTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTC < 1:631371/91‑1 AAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATATACTA < 1:333474/91‑1 TCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATATACTATATGTCT < 1:660880/91‑1 GACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATATACTATATGTCTTATCAATTAGCCAATACCGAATAATTTTGATATAG < 2:1585454/91‑1 GACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATATACTATATGTCTTATCAATTAGCCAATACCGAATAATTTTGATATAG < 2:1585763/91‑1 ACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATATACTATATGTCTTATCAATTAGCCAATACCGAATAATTTTGATATAGG > 2:956945/1‑91 ACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATATACTATATGTCTTATCAATTAGCCAATACCGAATAATTTTGATATAGG > 2:1575761/1‑91 ACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATATACTATATGTCTTATCAATTAGCCAATACCGAATAATTTTGATATAGG < 2:548380/91‑1 ACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATATACTATATGTCCTATCAATTAGCCAATACCGAATAATTTTGATATAGG > 2:3054792/1‑91 CATAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATATACTATATGTCTTATCAATTAGCGAATACCGAATAATTTTGATATAGGC < 2:181209/91‑1 CATAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATATACTATATGTCTTATCAATTAGCCAATACCGAATAATTTTGATATAGGC < 2:3321516/91‑1 CATAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATATACTATATGTCTTATCAATTAGCCAATACCGAATAATTTTGATATAGGC < 1:2311129/91‑1 ATAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATATACTATATGTCTTATCAATTAGCCAATACCGAATAATTTTGATATAGGCC < 2:559197/91‑1 ATAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATATACTATATGTCTTATCAATTAGCCAATACCGAATAATTTTGATATAGGCC > 2:2451198/1‑91 TAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATATACTATATGTCTTATCAATTAGCCAATACCGAATAATTTTGATATAGGCCC > 1:1621367/1‑91 TAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATATACTATATGTCTTATCAATTAGCCAATACCGAATAATTTTGATATAGGCCC > 1:2879682/1‑91 TAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATATACTATATGTCTTATCAATTAGCCAATACCGAATAATTTTGATATAGGCCC > 1:2879815/1‑91 AGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATATACTATATGTCTTATCAATTAGCCAATACCGAATAATTTTGATATAGGCCCTA > 2:2591211/1‑91 AGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATATACTATATGTCTTATCAATTAGCCAATACCGAATAATTTTGATATAGGCCCTA < 1:1150034/91‑1 AGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATATACTATATGTCTTATCAATTAGCCAATACCGAATAATTTTGATATAGGCCCTA < 1:1960260/91‑1 AGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATATACTATATGGCTTATCAATTAGCCAATACCGAATAATTTTGATATAGGCCCTA < 2:2991193/91‑1 AGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATATACTATATGGCTTATCAATTAGCCAATACCGAATAATTTTGATATAGGCCCTA < 2:2990907/91‑1 GGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATATACTCTATGTCTTATCAATTAGCCAATACCGAATAATTTTGATATAGGCCCTAA < 2:3419631/91‑1 GGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATATACTATATGTCTTATCAATTAGCCAATACCGAATAATTTTGATATAGGCCCTAA < 1:1292236/91‑1 GGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATATACTATATGTCTTATCAATTAGCCAATACCGAATAATTTTGATATAGGCCCTAA < 2:2254975/91‑1 GGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATATACTATATGTCTTATCAATTAGCCAATACCGAATAATTTTGATATAGGCCCTAA < 1:3866190/91‑1 GGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATATACTATATGTCTTATCAATTAGCCAATACCGAATAATTTTGATATAGGCCCTAA > 1:3450164/1‑91 ATCATCACAATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/971304‑971402‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gacataaggTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATATACTATATGTCTTATCAATTAGCCAATACCGAATAATTTTGATATAGGCCCTAA < USA300TCH1516_ALE/971425‑971337 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |