| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 971402 | 149 (0.780) | 9 (0.050) | 8/142 | NT | 6.5% | intergenic (+30/+141) | USA300HOU_RS04810/cdr | hypothetical protein/Coenzyme A disulfide reductase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 971425 | 125 (0.740) | intergenic (+53/+118) | USA300HOU_RS04810/cdr | hypothetical protein/Coenzyme A disulfide reductase | |||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
GTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCAACATAATTCTAACCTAGACAA > USA300TCH1516_ALE/971336‑971513 | tggactggtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGAc > 2:2721615‑M1/59‑91 (MQ=255) ttAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGAcc < 2:2254975‑M2/91‑3 (MQ=255) ttAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGAcc < 1:3866190‑M2/91‑3 (MQ=255) ttAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATAGAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGAcc < 2:3419631‑M2/91‑3 (MQ=255) tAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGCCATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGAcct < 2:2990907‑M2/91‑4 (MQ=255) tAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGAcct < 1:1150034‑M2/91‑4 (MQ=255) tAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGAcct < 1:1960260‑M2/91‑4 (MQ=255) actggtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCtt > 1:600894‑M1/56‑91 (MQ=255) gggCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGAcctta > 1:1621367‑M2/1‑86 (MQ=255) gggCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGAcctta > 1:2879682‑M2/1‑86 (MQ=255) ctggtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTa > 2:5075‑M1/55‑91 (MQ=255) gCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGAccttatg < 2:3321516‑M2/91‑8 (MQ=255) gCCTATATCAAAATTATTCGGTATTCGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGAccttatg < 2:181209‑M2/91‑8 (MQ=255) gtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGt > 2:1709380‑M1/52‑91 (MQ=255) gtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGt > 1:895243‑M1/52‑91 (MQ=255) ccTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAGGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGAccttatgt > 2:3054792‑M2/1‑83 (MQ=255) ccTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGAccttatgt < 2:548380‑M2/91‑9 (MQ=255) ccTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGAccttatgt > 2:1575761‑M2/1‑83 (MQ=255) cTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGAccttatgtc < 2:1585763‑M2/91‑10 (MQ=255) actactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCt > 2:1424557‑M1/50‑91 (MQ=255) tatCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCttt < 1:1575651/91‑1 (MQ=255) aaaTTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGa < 1:3512951/91‑1 (MQ=255) attattCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGAtt < 1:246918/91‑1 (MQ=255) tattCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCt < 2:2420691/91‑1 (MQ=255) tattCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCt < 1:2144142/91‑1 (MQ=255) ttCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTCTATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaa > 2:3809597/1‑91 (MQ=255) ttCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaa > 1:456443/1‑91 (MQ=255) ttCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaa > 1:3335555/1‑91 (MQ=255) ttCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaa > 1:3334240/1‑91 (MQ=255) ttCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaa > 1:3178662/1‑91 (MQ=255) ttCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaa < 1:1063871/91‑1 (MQ=255) tCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑CCAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaa > 1:3664035/1‑91 (MQ=255) tCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaa > 1:3082952/1‑91 (MQ=255) cGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaaa < 2:1877925/91‑1 (MQ=255) cGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaaa > 1:401403/1‑91 (MQ=255) attttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGG‑TCTGGGACAATTATTAGTCCGAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaa > 1:2768350‑M1/35‑91 (MQ=255) ggTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaaaa < 2:3030756/91‑1 (MQ=255) aTTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGt < 2:915022/91‑1 (MQ=255) tgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTaaa > 1:3051092‑M1/27‑91 (MQ=255) gCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTaaa > 2:2576002/1‑91 (MQ=255) gCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTaaa < 2:2806149/91‑1 (MQ=255) gtagttGGTAAGACATATAGTATATGTCATAAGG‑TATGG‑TTAATTATTAGTGCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTATACAAATGTTAAAc < 2:1624826/87‑1 (MQ=255) cTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAAc > 2:598330/1‑91 (MQ=255) cTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAAc < 1:2683331/91‑1 (MQ=255) cTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAAc > 2:3062404/1‑91 (MQ=255) tAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACa < 1:874173/91‑1 (MQ=255) aaTTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACAt > 1:2843781/1‑91 (MQ=255) aaTTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACAt > 2:1526449/1‑91 (MQ=255) aTTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATa < 2:2324670/91‑1 (MQ=255) tGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATaaa > 2:1254151/1‑91 (MQ=255) gATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATaaaa < 2:1275153/91‑1 (MQ=255) aTAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATaaaaa > 2:105268/1‑91 (MQ=255) tAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATaaaaaa < 1:1307084/91‑1 (MQ=255) tAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTACGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATaaaaaa > 2:3830569/1‑91 (MQ=255) aaGTCATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAAt < 1:3121049/91‑1 (MQ=255) aaGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAAt > 1:733207/1‑91 (MQ=255) aGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATg < 2:2932333/91‑1 (MQ=255) gACATATAGTATATGACATCAGT‑CATGG‑ACAATTATTAGTCTAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAACTGTTAAACATAAAAAAtac > 2:3849707/1‑89 (MQ=255) tataGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTg > 2:1132947/1‑91 (MQ=255) ataGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTgg > 1:2292461/1‑91 (MQ=255) taGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTggt < 1:2910002/91‑2 (MQ=255) taGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGa > 1:3774721/1‑91 (MQ=255) 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attaGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTTTTTTTTTTTATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCAACATAATTCTaa > 2:2842303/1‑91 (MQ=255) aGTCCAATACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCAACATAATTCTAACCt < 1:1943818/91‑1 (MQ=255) gTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCAACATAATTCTAACCTa < 1:830668/91‑1 (MQ=255) cAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCAACATAATTCTAACCTAGAc < 2:2303327/91‑1 (MQ=255) cAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCAACATAATTCTAACCTAGAc > 2:3522543/1‑91 (MQ=255) cAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCAACATAATTCTAACCTAGAc > 2:3522086/1‑91 (MQ=255) | GTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGG‑ACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCAACATAATTCTAACCTAGACAA > USA300TCH1516_ALE/971336‑971513 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |