| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 971402 | 149 (0.780) | 9 (0.050) | 8/142 | NT | 6.5% | intergenic (+30/+141) | USA300HOU_RS04810/cdr | hypothetical protein/Coenzyme A disulfide reductase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 971425 | 125 (0.740) | intergenic (+53/+118) | USA300HOU_RS04810/cdr | hypothetical protein/Coenzyme A disulfide reductase | |||||
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
AATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCA > USA300TCH1516_ALE/971312‑971492 | aaTGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG < 1:1014687‑M1/91‑1 (MQ=255)aaTGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG < 1:210953‑M1/91‑1 (MQ=255) ggTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CAt > 2:2835502/1‑91 (MQ=255) gTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATg < 1:2584688/91‑1 (MQ=255) gTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATg > 2:2996072/1‑91 (MQ=255) tATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATgg > 2:1226206/1‑91 (MQ=255) tATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATgg > 2:926227/1‑91 (MQ=255) tATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATCGGCTAATTGATAAGCCATATAGTATATGACATAAGT‑CATgg > 2:3589206/1‑91 (MQ=255) aTTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGa > 1:1255068/1‑91 (MQ=255) ttAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGAc > 2:2638035/1‑91 (MQ=255) tAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACa < 2:2344106/91‑1 (MQ=255) aggttagaattatgttggactggtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGG‑CATGGACaa < 1:2195914‑M1/18‑1 (MQ=255) aGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACaa < 2:741482/91‑1 (MQ=255) aGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACaa > 2:2971779/1‑91 (MQ=255) 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tACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGcatggacgaataattgtcca < 1:2981701‑M1/91‑21 (MQ=255) tACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACAATTATTAGTCCa > 1:2303327/1‑91 (MQ=255) tACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACAATTATTAGTCCa > 1:1742817/1‑91 (MQ=255) aCCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACAATTATTAGTCCaa > 1:3072844/1‑91 (MQ=255) aCCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACAATTATTAGTCCaa < 2:3755599/91‑1 (MQ=255) ccGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACAATTATTAGTCCAAg > 2:2814888/1‑91 (MQ=255) ttAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACAATTATTAGTCCAAGAcc < 1:3866190‑M2/91‑3 (MQ=255) tAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACAATTATTAGTCCAAGAcct < 1:1960260‑M2/91‑4 (MQ=255) tAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACAATTATTAGTCCAAGAcct < 1:1150034‑M2/91‑4 (MQ=255) tAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACAATTATTAGTCCAAGAcct > 2:2591211‑M2/1‑88 (MQ=255) gggCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACAATTATTAGTCCAAGAcctta > 1:2879815‑M2/1‑86 (MQ=255) ctggtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGG‑CATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTa > 1:3049323‑M1/55‑91 (MQ=255) ggCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACAATTATTAGTCCAAGAccttat < 2:559197‑M2/91‑7 (MQ=255) gCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGtcttggactaataattgtccatgccttatg < 2:3194224‑M1/91‑31 (MQ=255) gCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACAATTATTAGTCCAAGAccttatg < 1:2311129‑M2/91‑8 (MQ=255) gtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGG‑CATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGt > 2:1709380‑M1/52‑91 (MQ=255) ccTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACAATTATTAGTCCAAGAccttatgt > 2:956945‑M2/1‑83 (MQ=255) cTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACAATTATTAGTCCAAGAccttatgtc < 2:1585454‑M2/91‑10 (MQ=255) tataTCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCt < 1:1570530/91‑1 (MQ=255) tataTCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCt > 2:2277946/1‑91 (MQ=255) actactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGG‑CATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCt > 2:2195914‑M1/50‑91 (MQ=255) atatCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCtt > 2:1943818/1‑91 (MQ=255) tCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCttttt > 2:3040777/1‑91 (MQ=255) aaaTTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGtcttggactaataattgtccatgccttatgtcatatacta < 1:333474‑M1/91‑41 (MQ=255) aaaTTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGa < 1:3512951/91‑1 (MQ=255) tattCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCt < 1:3802605/91‑1 (MQ=255) ttCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaa > 1:456443/1‑91 (MQ=255) ttCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaa < 1:1063871/91‑1 (MQ=255) tCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGCCAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaa > 1:3664035/1‑91 (MQ=255) tCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaa > 2:324803/1‑91 (MQ=255) cGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaaa < 2:1877925/91‑1 (MQ=255) cGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGG‑CATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaaa > 2:1296122/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |