| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | USA300TCH1516_ALE | 1072073 = | 129 (0.860) | intergenic (‑545/+260) | USA300HOU_RS05290/folD | Pesticidal crystal protein Cry22Aa/Bifunctional protein FolD protein | |||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TATTTTGCAATTGCAATGAATAACAAGAAAAATCTGGGACATTAATCGATCAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAATAAATGAAGGCTTTGAAGGGAGCATTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1072123‑1072018‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctttgaagggagcatttGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAAATAATATTTAATGTGGGTTAAAAGACTTTATTAAAACTCAGT > USA300TCH1516_ALE/1072073‑1072162 TATTTTGCAATTGCAATGAATAACAAGAAAAATCTGGGACATTAATCGATCAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAATAAATGAAGGCT > 2:1226656/1‑91TATTTTGCAATTGCAATGAATAACAAGAAAAATCTGGGACATTAATCGATCAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAATAAATGAAGGCT > 2:1226655/1‑91 ATTTTGCAATTGCAATGAATAACAAGAAAAATCTGGGACATTAATCGATCAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAATAAATGAAGGCTT > 1:3659092/1‑91 TTTTGCAATTGCAATGAATAACAAGAAAAATCTGGGACATTAATCGATCAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAATAAATGAAGGCTTT < 1:3696562/91‑1 TTTTGCAATTGCAATGAATAACAAGAAAAATCTGGGACATTAATCGATCAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAATAAATGAAGGCTTT < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |