New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1114106 | 137 (0.720) | 17 (0.110) | 11/126 | NT | 13.8% | intergenic (+35/+47) | USA300HOU_RS05510/mntH_1 | hypothetical protein/Divalent metal cation transporter MntH |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1114131 | 104 (0.700) | intergenic (+60/+22) | USA300HOU_RS05510/mntH_1 | hypothetical protein/Divalent metal cation transporter MntH |
ATGATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1114000‑1114106 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaccattaaaatgttGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTCATCGTCCTTATG < USA300TCH1516_ALE/1114131‑1114042 ATGATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAA > 2:1002146/1‑91 ATGATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAA > 1:564240/1‑91 TGATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAA < 1:1768654/91‑1 ATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAA < 2:1511975/91‑1 ATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTAATAGCAAAAGAAAAA < 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |